1，哲学史、思想史与学术史
中国历史上以诸子学、经学、玄学、佛学、理学等为代表的传统学术体系本来没有一个总名，所以对这套学术体系的研究，有人称之为“中国思想史”，有人称之为“中国哲学史”。其实，“思想史”、“哲学史”这些范畴都是舶来品。严格地说，就象中国没有西方意义上的哲学与宗教一样（说详下文），中国也没有西方意义上的哲学史。因而，用这个概念研究中国学术，应该以超越的态度处之，重新界定和解释它，就象我们应该超越地理解哲学一样。
然而，思想史和哲学史的内涵并非完全相同。我们或许可以把从事学术研究的人分为三个层面。第一个层面是哲学家，他提出了一套关于世界的根本看法和关于存在问题的独到见解，并为之建构了一个超验的形上学体系。第二个层面是思想家，他虽然没有建构出一套形上学体系，甚至没有提出一套关于世界的根本看法，但他提出了自己独特的思想，并对现实或历史发生了重要影响。第三个层面是学者，泛指所有从事学术研究的人。这三个层面依次存在着包容和被包容的关系。也就是说，哲学家首先是思想家，思想家首先是学者。而这三个层面正分别是哲学史、思想史和学术史研究的对象。就哲学史、思想史和学术史的关系而言，哲学史是思想史的核心，思想史又是学术史的主体。虽然我们可以作出这种划分，但在实际研究中，这三个方面是相互关联、不可分割的。
本书的研究对象包括哲学史、思想史和学术史这三个层面。除了第一卷为竹简原文考释外，第二卷侧重于学术史，第三卷侧重于思想史和哲学史而尤其强调哲学史。
2，西学与中学
运用西方的理论和方法是整个二十世纪中国思想史和哲学史研究的主要趋势。诚然，西方的理论和方法确实时中国思想史和哲学史的研究焕然一新。但是，我们也应该注意到，如果处理不好西学和中学的关系，一味地生搬硬套西方的理论和方法，反而看不清中国思想史和哲学史的真相，这种研究也变得没有意义。这正是二十世纪中国思想史和哲学史研究的最大弊病。中国哲学本来是生动的，是活泼的，诸家之学各具特色。曾几何时，中国历代哲学家被强制划分为唯物主义和唯心主义两大阵营，并用一些僵死的概念肢解之，将相同的面具套在不同的哲学家脸上，中国哲学几成木乃伊矣！这不禁使人想起那个关于混沌的故事。人皆有七窍，浑沌独无；日凿一窍，七日而浑沌死！
下文将讨论到，中国的学术思想有自己的特点，在许多方面迥异于西方。如果进一步了解各个具体的哲学家就不难发现，他们有一套独特的范畴系统和思想体系。因此，完全套用西方哲学的理论与方法来研究中国哲学，无异缘木求鱼。
事实上，每个哲学家都有自己要解决的核心问题，其哲学体系便是为了解决这个问题而建立起来的。因此，中国哲学史研究的首要任务，就是实事求是，因其固然，以探讨各家的核心问题及其解决方式。诸家的核心问题不同，其解决方式亦异。
当然，这并不是说要摈弃西方的理论和方法。关键在于，要时刻记住，我们所研究的对象是中国的学术思想，它与西方有巨大差异，我们运用西方的理论和方法的目的只是为了更正确地了解中国学术思想的真相，更深入地挖掘它的意蕴。也就是说，在研究态度上，要以中国学术思想为本位，切不可在引进西学的同时，支解中学，取消自我。
3，价值观与方法论
中国古代思想流派的划分，尤其先秦诸子百家的学派归属，是一个见仁见智的问题。我以为各派的思想大致可以分为两个层面，一是价值观的层面，二是方法论的层面。判断学派性质，主要应该根据价值观，而不是方法论。就价值观而言，各派之间的界限是比较分明的。这是因为，某一学派之所以成立，就是因为它有自己独特的宗旨，这种宗旨，就是它的价值观。思想家本人也是根据其价值观来认同自己的学统的。就方法论而言，各派之间是相互贯通的。这是因为，一方面，为了同一个目的，可以采取不同的方法；另一方面，为了不同的目的，也可以采取相同的方法。
