章炳麟在《菌说》提出手本体论命题。意即以太形成各原质，各原质形成万物。首先，他肯定了物质的客观存在，即肯定了构成万物的基本单位是原子，他说：“盖凡物之物，只有阿屯（Atom）。”针对当时流行的以太说，章炳麟指出，以太实质也是一种原子，只不过以太比原子更细小，“原质有，即以太亦有至微之形。”万物的形成过程就是：以太→原子→万物。他根据当时自然科学的知识，坚持了物质的客观实在性这一唯物主义的观点。
他还进一步指出客观事物是不依赖人的意识而存在的。他说人们感受咸味的程度虽有不同，淡和咸仍有客观上的差别，从而肯定了感觉是客观事物的主观映象，其内容具有客观性，不是主观自生的东西，坚持了从物到感觉的唯物主义路线，驳斥了把事物的性质归之于感觉的主观唯心主义。
