由传统的整合式的、以人文思想为核心的知识体系向现代的分科式的以科学思想为特性的分科方式变化，从价值上，本身就是要推翻传统的宗教性的劝慰，代之以自然科学和社会科学来对应原先为神学和经学垄断的知识领域。说到底，现代学术的产生是因为人们相信可以通过某种可以验证的方式发展出一种系统的世俗的知识，在这样的转变中，中国原有的以经学为核心的知识体系便要经受“理性化”的洗礼。

在经验性的对照之下，传统的体会式的经学思维便显得缺乏可验证的方法的支持。实证化的科学成为建立普遍性原则的基础。在这样的要求之下，传统学术缺乏规则和可验证性的特性就成为一种方法上的“缺陷”。刘师培十分重视“方法”对于学术的意义，他认为传统的学术缺乏纯用理论之规则，比如，中国论文法之书，没有上乘之作，他甚至认为中国无一人知国文。

但是，在引入新的方法之后，内在的问题也随之而产生。传统的国学所提供的是关于宇宙、社会和人生的整体性思考，它既包含可验证的理性知识，也包含价值性的信念。当我们开始接受科学公理来取代以前的“天理”的时候，我们需要接受新的学科体系和实证方法。但是新学科则导致中国传统思想的意义系统被分解，而最终难以突显自身的独特性。比如，当中国的传统的经典系统被归入哲学、历史和文学等不同的学科之后，这些西方化的学科方式完全剥离了经典的语境，经典原先所承载意义和价值便难以呈现。这样的矛盾在20世纪20年代激化。有人因忧虑中国价值的解体而拒绝新的学科，而有人则想通过学科的变革而完全否定原有的价值系统。

的确，学科变革的背后是价值的重构。西方文化的出现解构了中国固有的天下国家观念，并将中国带入了现代化的进程之中。为了理解这个新的世界秩序，便需要寻找一种新的“共同语言”，这个语言便是“科学”，在人们的观念中，科学因为其客观性和普遍性，很大程度上甚至体现了“公理”。“是故科学定理，以人类为公。人惟于此有所浸润，而后服从公理之心切。”这可以避免把“私见”看做“公理”或者根本不承认有公理存在的错误认识，从而“社会团合之力强。”[20]

在许多人眼里，科学代表着最大的普遍性，其“公理”性特质意味着中西学术之间所揭示的并不是不同的真理，至多是真理的不同面向而已。因此，有人断言，学不应分中西，差别只是“广狭疏密”。王国维在给《国学丛刊》写的序言中说：“世界学问，不出科学、史学、文学，故中国之学，西国类皆有之；西国之学，我国亦类皆有之。所异者，广狭疏密耳。……且居今日之世，讲今日之学，未有西学不兴，而中学能兴者；亦未有中学不兴，西学能兴者。”他认为学问之事之所以为古今中西所重视，主要是因为其提振道德和利用厚生，“非徒一国之名誉与光辉而已。”[21]

在政治立场上趋于保守的刘师培、王国维，在学术立场却相对激进，他们与后来的科学主义者有一种逻辑上的承继关系，在胡适看来，他所提倡的“整理国故”的运动，不过是他的“大胆假设、小心求证”的科学方法的一种运用。他说自己做的关于《红楼梦》等小说和古史考证的文字，“都只是思想学问的方法的一些例子。在这些文字里，我要读者学得一点科学精神，一点科学态度，一点科学方法。科学精神在于寻求事实，寻求整理。科学态度在于撇开成见，搁起感情，只认得事实，只跟着证据走。”[22]

所以，“整理国故”运动表面上看是新文化运动的一种收缩，实际上代表着启蒙派人士对于科学方法的自信，他们试图通过科学方法的整理来证明先前国粹派和守旧派固守传统文化价值的错误。站在公理的基点上，他们认定中西之间并非是一种建立在地域基础上的不同，根本的就在于他们是属于不同时代的知识体系。

虽然钱玄同和顾颉刚等人都是以传统的学术作为他们的研究重点，但是，他们所发扬的“疑古”精神，所要解构的则是沉淀在历史文化之上的文化价值理想。所以他们自觉地要与晚清的国粹派、甚至章太炎式的国学划清界线。顾颉刚说：“至于老学究们所说的国学，他们要把过去的文化作为现代人的生活规律，要把古圣贤遗言看做‘国粹’而强迫青年们去服从，他们的眼光全注在应用上，他们原是梦想不到什么叫做研究的，当然说不到科学。”[23]

资本主义的内在矛盾在第一次世界大战被集中展现出来之后，科学主义及其所关联的全盘西化的思潮在中国同时受到了来自传统和同样是西方背景的知识群体的批评，首先是梁漱溟从文化的不同路向的方式来阐发东西文化的发展前景，后来又有胡适与张君劢之间关于“科学与人生观”的争论，核心是科学是否对于价值领域仍然有效。而以吴宓和梅光迪等人为代表的学衡派，则从白璧德的人文主义来批评科学主义和浪漫主义，认为新的文明则是应该兼取中西之长。“则今欲造成中国之新文化，自当兼取中西文明之精华，而熔铸之，贯通之。吾国古今之学术德教，文艺典章，皆当研究之、保存之、昌明之、发挥而光大之。而西洋古今之学术德教，文艺典章，亦当研究之、吸取之、译述之、了解而受用之。”[24]

从1920年代激进和保守之间的争议通过无数次全社会的辩论而沉淀为重要的思想模式，这些看上去有些非此即彼的矛盾冲突局面是由近代知识阶层的内在困境所造成的，就科学主义的立场来说，一方面他们都是民族国家的坚定的支持者，希望有一个富强的中国，另一方面他们却坚信要实现中国的富强必须舍弃自己的文化。这就出现了国学大师反国学的奇怪现象。就守成主义者而言，他们坚信中国传统资源的重要性，但是他们同样认定民主和科学是中国必须接受的，所以他们的重心在于论证民主和科学为中国文化所本有。

作为面对西方学术体系的挑战的一种回应，“国学”的观念呈现出这样内在的矛盾。一方面，国学是中国现代学术体系完善之前一种对于西方学术分类方式的吸收和借鉴。另一方面，出于对文明存续的忧虑，“国学”又是对学术本土性的强调，试图通过强化本国价值和外来价值之间的差异来确立其存在的必要性。在这样的矛盾中，中西文化的差异在有的人那里被看作是新、旧或进步、落后的差异；在另一部分的人看来则是文化类型的不同，并不能简单以进步、落后视之。经常我们可以看到的情况则是有些学者两种立场共持。