如前所述，近代中国“国家”意识确立的原因主要并不来自于中国社会发展的内在要求，而是来自西方政治和军事的侵凌，也正因为如此，国家认同所要面对的最大的挑战是如何对待西方的政教体系和文化价值的问题。

伴随着工业社会和资本主义经济模式的发展而形成的民族国家体系，在其形成之时，就存在着以欧美为中心和以其他地区为边缘的差序格局。欧洲资本主义国家依靠军事和行政组织能力，通过不断扩张的方式来推进其市场的逻辑，这样就把中国这样的处于市场边缘的国家置于两难的困境。一方面，以寻求国家独立为目的的追求富强的冲动，需要我们接受新的生产组织方式和市场为导向的机制来适应社会生产方式的变化，因为依靠传统的方式已经难以维持国家的主权和保持竞争力；另一方面，要通过承续传统的符号体系来激发国民的凝聚力和创造力。更为深层的问题在于，这时的东西文化之争，并不完全是一个文化认同的问题，而是一种以世界市场为基础的新的生产方式对于农耕社会的挑战，也是建立在平等基础上的社会组织方式对于以血缘和家族制度基础上的中国社会的挑战。

所以从国粹派开始的国学研究者，一直在申辩提倡国学并不是要阻碍“欧化”。国粹派提出文化发展需要中西互通，他们所要反对的是两种极端的倾向，一是“醉心欧化”，认为中国万事不如人；另一种就是“盲信己国”，依然以夷夏的观念来看待外国。而国粹派所提倡的是以中国为本位的兼收并取的态度。

在1911年中华民国成立之后，现代意义上的国家正式成立，并颁布了新的法律体系。不过，模仿西方政体而建立新体制并没有带来预想中的社会繁荣，反而是在新的市场机制下乡村社会的破产和在新旧转移过程中国民道德的崩溃。面对这样的社会现状，一部分人将道德的崩溃视为制度变革的失误，试图通过提倡传统价值来重建社会道德系统。而在以陈独秀和胡适等为代表的新文化运动的提倡者看来，现代中国落后的根源在于传统中国建立在专制和迷信基础上的文化观念，而观念的落后的基础则是以自然经济为主要特征的传统的生产方式，因此面对新的世界政治和经济的发展阶段，以儒家为代表的思想文化已经成为中国发展的阻碍性力量。很显然民国初年袁世凯和张勋等政治人物假借通过传统文化来装点他们的政治行为和康有为、严复等人对于新的共和政体的批评，都导向了启蒙运动以一种激烈的反传统的方式来展开。

而吊诡的是，1920年代以后，一向以反传统形态出现的新文化运动出现分化，一部分人转入“整理国故”，并将之纳入新思潮，引发了新文化运动内部的质疑。

“国故”这个词本是章太炎对于传统中国学术的称呼，用以取代“国粹”这个带有价值评判色彩的名称，但是章太炎的立场是明确的，中国的精神存在于中国的历史和典章制度中。而启蒙思想的倡导者毛子水、胡适和傅斯年等人在沿用“国故”这个词的时候，则是试图通过整理国故的过程，来宣扬“科学”精神，批评一部分人对于国故的追慕心态，从而“再造文明”。

胡适给“国故”下了这样的定义：“中国一切过去的文化历史，都是我们的‘国故’，研究这一切过去的文化历史的学问，就是‘国故学’，省称‘国学’。”[11]胡适在这篇文章中认为，国故这个名称最为妥当，因为其中立，不含褒贬，所以他不愿意用国粹之类的词。在这篇文章中，胡适特别强调国学的研究方法，所以他反对康有为将儒家孔教化的做法，也并不认为古文古诗的保存就是国学，而是强调一种系统的整理。面对着新文化阵营的质疑，胡适的解释虽然多有变化，但是其基调则是认为，“故”可以理解为“过去”“死亡”。他在1928年回答一个人的来信时，甚至把“整理国故”比喻成“打鬼”，就是要让人知道“国故”也就“不过如此”。[12]

这个时期的“国学热”，获得广泛的体制性的支持，比如北京大学研究所国学门在1921年创建，1923年4月，东南大学国文系议决设立国学院，并制定了系统整理国学的计划书。1925年清华国学研究院成立，1926年厦门大学国学院成立。

与晚清国粹派的国学观来比较，这个时期的国学讨论出现了一些重要的转折。首先，中华民国建立之后，现代民族国家的建立已经成为事实。由此，“国学”研究者的思考重心逐渐从国家意识的确立转变为对于什么是现代中国的讨论。即要关注说什么样的思想能够成为民族国家体系下中国的立国之本。对此，不同的学者认识尖锐对立。有人认为中国之为中国主要在于历史文化和经典传承。而启蒙派的学者则认为中国的精神不在经典之中，而是存在于民众的生活世界中。北京大学研究院国学门侧重于民间歌谣的收集和习俗的调查，即意在于此。更为关键的是，他们认定科学所代表的普遍意义的公理超越了国家之间的区域局限而成为民族精神的向度，从而解构了传统价值与民族精神之间的血缘性、地域性联系。在这样的改变中，国恰好成为公理的对立面。何炳松说：“国学的国字，显然表现出一种狭小的国家主义精神。这不但违反我国先贤所主张的‘大道之行也，天下为公’这种大同精神，而且亦违反西洋学者所主张的‘知识无国界’那种学术公开的精神。”[13]

作为这个时期国学研究的代表人物的顾颉刚等人对于历史的态度的转变，有人认为是“革命性”的，“大概在1920年至1930年，中国一群领导性的史学家不约而同地提出新的反省，他们对史料的态度有一个革命性的变化。这些人包括胡适、傅斯年、顾颉刚、李济等。他们的文字分散各处，如果稍加比辑，可以发现一个认识论上的改变。首先，对这一代人而言，传统的权威已经几乎倒塌了，所以六经在他们看来都只是史料了——是供人研究的材料，而不是让人寻求治国平天下大道理之所在。在这个前提下，他们同时也提倡一种历史发展的观点，也就是平等看待每一时代学术思想材料的价值，不再以为只有那最高点才有价值。”[14]

傅斯年开始筹建中山大学历史语言研究所的时候，就是要把历史和语言从传统的学术谱系中“解放”出来，在科学公理面前，地域的差异对于国家认同的意义被看作是一种固步自封，因此，即使连“国故”这个概念也成为他攻击的目标。认为要建立一种真正的“科学”的态度，必须将“国故”的概念也抛弃。