郑成功在厦门袭杀郑联之后，吞并了他的部队，并于后来召回郑彩，这样，原属于郑芝龙旗号下的海上力量，基本重归郑成功管辖，因此，厦门事件的发生，对于郑成功的崛起是有重要意义的。在这一过程中施琅所献计策，应是郑成功轻易取胜的重要原因。
但从明清政治对立的态势来看，施琅为郑成功攻打潮州及袭取厦门，都没有违背清朝在东南的利益，事实上，也是清朝乐于看到的。而从大局来说，这些军事行动都不利于南明，南明史专家顾诚先生为此批评郑成功不顾抗清“大局”[28]。确实，从当时郑成功军队的政治动向来看，有点“不清不明”的含糊。不过，郑成功部队之所以出现这种混沌的政治态度，与施琅这支“清军”加入有关系。而郑成功并非真要为清朝效力，一旦巩固了后方，他便要南下勤王了。
永历四年（顺治七年、1650年）闰十一月，郑成功“传令各镇官兵在船听令，南下勤王”[29]。次年正月，郑成功南下勤王之兵抵达闽粤交界处的南澳岛，“左先锋施郎入告曰：‘勤王臣子职分，但郎昨夜得一梦，甚然不利，乞复细思’。藩知来意，心含许之。遂令将左先锋印并兵将令副将苏茂管辖，其后营万礼吊入戎旗亲随协将”[30]。郑成功拒绝施琅的建议而坚持南下勤王，今人多从军事上评论这一事件，认为施琅的建议是对的。其实，若从政治的角度分析这一事件，就会对施琅的建议另有看法。长期作为清军将领的施琅，不论是出于什么因素考虑，他对南明的政治前途已经丝毫不感兴趣，他之所以谏阻郑成功南下，是不愿与清军作战。郑成功读懂了施琅的意思，所以爽快地将其免职，而令其回厦门驻守。
从施氏家族的政治态度看，施福不愿参加郑军作战；而施琅乐于南明内战，不愿勤王，二人的态度都有亲清朝的倾向，这不能不使郑成功感到疑虑。
第三，施琅兄弟在郑军中欺凌众将，动摇了郑成功的权威。郑成功在明末以招讨大将军的称号号令部众，在他的部下，有来自各方面的势力，而郑成功一概授以“总兵”的称号，简称为“镇”。大的镇有数千人，小的镇只有数百人，其中以施琅、施显兄弟二镇的兵力最强。施琅是一个天生不安分的人物，他做过黄道周的部下，但与黄道周所部因争夺一名伪官俘虏，大打出手，被黄道周告到隆武帝处，这在现存的黄道周奏疏中尚能看到。投入清朝后，他与李成栋关系不顺，不过，其中原因并不在他。施琅晚年与姚启圣合作收复台湾，也与姚启圣发生冲突，所以，一般人都认为施琅是一个不好合作的人。施氏兄弟投入郑成功部下之初，郑成功对其十分优渥，“凡军事必咨商”[31]。由于郑成功的信任，施氏兄弟在郑军权势很大。他利用这一点作威作福，也是众所周知的。杨英评道：“时施郎兄弟俱握兵权，每有跋扈之状，动多倚兵凌人，各镇俱受下风。惟后劲陈斌每与之抗，曰：彼恃兵力，吾兵足与敌；若彼手段，虽兄弟，吾用只手蹂躏之”[32]。但是，最终陈斌还是无法在郑军中立足，永历四年闰十一月，“陈斌与施琅相抗不睦，率兵而逃，具禀陈所逃缘由。后斌据潮阳归清”[33]。陈斌所为，对郑成功震动甚大。后来又发生了黄廷事件。“一日，家丁与右先锋黄廷兵争竞小故，郎径率数猛直至黄廷行营辱骂，并碎其家器。廷忍避之，密启藩”[34]。从这些事件来看，施氏兄弟欺凌众将是有其内在原因的。施琅的企图是建立自己“一人之下，万人之上”的地位。若他这一目的达到，施氏兄弟便会成为郑军中的霸主，诸将要看其脸色行事，这就不能不动摇郑成功在军内的权威。永历五年在厦门发生的郑成功与施琅冲突的事件，已经为大家所熟悉。其起因是南明战将曾德在厦门得罪了施琅，躲入郑成功家中。而施琅不顾一切，带兵冲入郑成功家中，将曾德捉去杀害。郑成功因此大怒，下令拘捕施琅、施显及其父施大宣。其后，施琅逃走，而施显与施大宣被郑成功处死。施琅逃到安海之后，对自己的去向尚在犹豫中，但郑成功所派刺客又来到安海，施琅无法安身，只好投奔清朝。