施琅第一次背叛郑成功。在隆武后期，郑成功的政治态度与郑芝龙发生对立。郑芝龙业已暗地里决定降清，而郑成功仍然忠于隆武帝。郑芝龙为了给清军入闽扫清道路，下令从前线撤军，郑成功抗命不从，仍然在杉关前线坚持到最后一刻。在郑氏父子冲突中，施氏叔侄选择了郑芝龙，“芝龙既回安海，守关将施福声言缺饷，亦撤回安海。仙霞岭二百里间，空无一兵，惟所遣守关主事及内臣数员侦探敌信以上闻耳”[10]。按，施福与施琅作为郑成功直接管辖的部将，他们却不听郑成功的号令，直接退至安海，依附郑芝龙，这说明在施氏叔侄眼里，郑芝龙比乳臭未干的郑成功重要得多。施福与施琅从崇安前线撤军，不仅是对明朝的背叛，也是对郑成功的第一次背叛。
郑成功下海与施琅的动向。隆武二年八月，清军从仙霞关及分水关分路入闽，郑成功后路被抄，从杉关前线溃退，他冲破道路上清军的封锁，东下福州。不久，郑成功再退安海。在这里，他与郑芝龙发生争论。郑芝龙不顾郑成功的反对，决定降清。在这场争论中，施氏叔侄再次站到了郑芝龙的一边，由于他们的立场，尽管郑成功反对郑芝龙降清，却无济于事。郑成功只好带少数人下海起兵。有一些书以为施琅是随郑成功下海的早期骨干之一，这是错的。总之，受郑芝龙的影响，施氏叔侄的政治态度是亲清朝的，在郑氏军队中，他们长期是郑成功的对立面。
二、为清廷而战的施福与施琅
施福与施琅降清。明隆武二年、清顺治三年（1646年）十一月，郑芝龙在清军统帅博洛的利诱之下，赴福州降清，随后被清军扣留，送至北京软禁。而泉州的清军突袭安海，大掠而去。其后，郑芝龙的军队分作二部，一部分在郑鸿逵、郑成功及郑彩、郑联等人的率领下，转至沿海岛屿抗清；但另一部分主力却在郑芝龙命令之下降清，他们便是施福、施琅所部。被改编为清军后，施福与施琅随李成栋所部清军南下攻打广东。后任两广提督李成栋在其奏疏中提到福建来兵：“及入闽所带未食粮者，除职启过贝勒凑足五千之数随职征剿”。他又说：“虽各府镇守官兵蒙贝勒原发职带来者，每府七八百名不等，俱系闽地土著之众，脆弱不堪，无资战守” [11]。看来李成栋所讲的即为施福所部闽军，他们约有5000之数，但李成栋对他们评价不高，清朝也没有正式给他们颁发粮饷。顾诚先生指出：李成栋即要利用施福、施琅他们为其冲锋陷阵，“又在给清廷的奏疏里把他们贬得一钱不值”[12]。其目的大约是李成栋要将闽军的功劳纳为己有而已。
事实上，施福与施琅率部南下广东后，为清朝屡立战功，《清世祖实录》记载：顺治四年冬十月初三日（庚午），“初，投诚武毅伯施福同澄济伯郑芝豹率十镇官军，持投诚平国公郑芝龙牌札，招抚白沙。至甲子等处，驱散巨寇苏成，降伪总兵林榆等。别遣总兵施琅、梁立同提督李成栋、监军戚元弼等援剿顺德县海寇，多所斩获”[13]。可见，施福所部对清军顺利南下广东是有一定功绩的。
明永历二年（清顺治四年、1647年），广东发生了以张家玉、陈邦彦、陈子壮三人为首的反清大起义。施福与施琅所部，不得不与昔日的战友——张家玉所部作战。张家玉为广东人，曾在隆武帝帐下任大臣，作为监军，他曾与施福等人联手，向江西的清军攻击，取得浒湾镇大捷。后来，隆武帝与郑芝龙、郑彩等人发生矛盾，张家玉愤慨郑彩消极作战，受隆武帝之命，到广东重组军队。清军入粤后，迅速消灭继隆武政权之后的绍武政权，并将永历帝迫入广西境内。就在清军将要穷追永历帝之时，张家玉与陈邦彦、陈子壮等人联络，不顾一切地在广东举兵反清，他们攻陷东莞、龙门、乳源、归善、博罗、长宁、河源等县，及连平一州[14]。张家玉等人的行动使李成栋清军不得不放弃入桂计划，而将主要力量用于对张家玉作战。这对于延长永历王朝的寿命是有重要意义的。
顺治四年二月，李成栋率施福等人回兵顺德县，首先击败陈邦彦，陈邦彦被迫退入高明县；其后，李成栋发兵直扑攻占东莞的张家玉，双方大战。《清世祖实录》记载：“会谍报贼首张家玉陷东莞，遂遣黄廷、成陞等以舟师二千击败之，家玉走匿新安县之西乡。是时三水新宁等县并来告急，复遣投诚都督戴忠等率水师抵九江追击，斩获甚多” [15]。《清世宗实录》对此事的记载比较平淡，实际上，双方作战十分激烈，施福的副将成陞即在战役中被张家玉部击杀[16]，张家玉部最终不胜而退。以上多次战役，其中虽未提施琅，实际上，施琅参加了以上诸场战役。《清史稿·施琅传》记载：施琅“从征广东，戡定顺德、东莞、三水、新宁诸县”[17]。《清史稿·施琅传》所提到施琅平定诸县，恰与这一时期施福军队作战区域一致。