该年十月，张家玉部猛攻增城县，李成栋部赶来救援，双方大战，李成栋发动四面围攻，其中“总兵施郎、黄廷、副将洪习山从南面接应”，张家玉在战斗中中箭后投水而死，义军大败；十月二十五日，李成栋“亲督水陆官兵暨武毅伯施福、监军兵巡道戚元弼各带部兵由九江陆路直趋高明县”[18]，在这里，李成栋击败了广东义军中的又一支武装——陈子壮部。
由此可见，在广东抗清活动风起去涌的永历元年（清顺治四年、公元1647年），施福与施琅作为清军参加了镇压广东义军的战斗，不惜与自己昔日的袍泽作战。此时的施福甚至没有名份，还是以明朝所封的武毅伯指挥作战，施福所率闽军也未列入清军正式行列，没有正式军饷。按，施福所部在脱离郑芝龙直接控制之后，仍然为清廷作战，反映了施福与施琅等人降清后忠于清朝的立场。从施福一直是郑芝龙的谋士来看，郑芝龙降清，他应是其中的策划者之一，所以，即使郑芝龙被掳至北京，其他将领纷纷下海抗清，但施福与施琅依然故我为清军作战。为什么施氏叔侄如此坚定地为清朝而战？这是由于：施氏叔侄在政治上倾向于清朝，在他们看来，南明军队是没有出路的。施琅在晚年对李光地评说当时的郑芝龙部闽军，“所带海兵，习水战而不习陆地，父母妻子悉在海上，乌合之众，动辄离心。本朝兵初下，兵势锐，先声已厉，如何能敌”[19]？可见，施氏叔侄在当时已经看出清朝取得最后胜利的必然结果，所以，死心塌地为清廷服务。
三、再次投入郑成功部下的施琅
然而，南方形势的变化迫使施琅再一次投入郑成功部下。时为明永历二年（清顺治五年、公元1648年）正月，降清的金声桓、王得仁在江西南昌反清归明，三月十七日，李成栋在广州反清，南明的局势一时大有好转。施福与施琅也被卷入反清浪潮中，随李成栋反清复明。于是，施福被永历改封为延平伯，“敕仍回闽恢剿”[20]。
李成栋起兵反清，正当用人之时，为何允许施福所部离开自己远赴福建？顾诚先生分析：“反正之后，李成栋意气发舒，把广东看成自己的势力范围，奏请永历帝核准把施福等福建兵将遣送回籍”[21]。更深的原因是：施福所部与李成栋一直不协调，李成栋反清，未必有与施福这些人商量，而是利用形势，迫使施福等人跟他走。但在正式反清之后，李成栋将施福所部视为异己，与其日夜提防，不如将其打发到福建。而在这时期，郑成功又一直设法将施福军重新纳入麾下。
郑成功于隆武二年下海之后，以明朝招讨大将军为号召，郑芝龙旧部多来归附。但是，这一时期郑氏诸将带来的军队，多非正规军，作战能力很差，郑成功起兵的头二年，几乎是屡战屡败，因此，他非常盼望施福所率的闽军回归帐下。施琅随清军南下时，嘱咐原为明朝军官的弟弟施显留在家中，在反清浪潮遍及江南的永历二年，施显率家人投入郑成功的根据地——厦门。从情理分析，施显进入厦门，应与郑成功招揽有关。施琅回忆这一段历史时说：“郑氏素知弟英勇冠诸军，侦其至，深相结纳。当是时，永历犹建号粤东西，即剡奏，授职总兵”[22]。收揽施显，是郑成功招揽施福与施琅的第一步。
二施回归郑成功部下。施福所部闽军应有水陆两支，永历二年施氏叔侄与李成栋分手后，施福与施琅分率水陆两军归闽。施琅率陆军转战千里，历经险难，途中受到南明军队郝尚久的袭击，幸有郑成功在广东潮州的黄岗镇接应，施琅所部才最终脱离了危险。从当时形势看，施琅所部已经陷于南明军队的包围中，北有郑成功，南有郝尚久，西面是李成栋，所率部下多为闽南人，回乡心切，在这一背景下，除了投入郑成功帐下，其实施琅已经没有其他的出路。其后，施福所部水师也回归郑成功部下。不过，施琅所部投入郑成功部下是在永历三年二月[23]，而施福要迟到于永历三年十一月才在潮州晋见郑成功，比施琅归入郑成功部下，迟了11个月。施福率领闽军水师沿海北上，他的道路应当更好走，却比施琅迟了近一年才与郑成功会合。看来他是在海上流浪多时，一直无法确定去向，最后因为施琅、施显的因素，最终决定回归郑军。但是，他的政治态度显然有所保留。《先王实录》记载：“时武毅伯施天福同黄海如来见，藩令天福典兵柄，辞以老，从之”[24]。施福不愿为郑成功部下，看来与他的经历有关。施福原来就是郑芝龙降清的支持者，降清后，又为清朝作战多时，这一经历，已经足以改变他的政治态度。他不愿投入郑成功的部下，实际上是与清朝藕断丝连，保持了继续做清朝官员的可能性。施福后来回到安海养老，与郑芝龙、郑鸿逵保持关系。其时，郑芝龙在北京，已是清朝的官员，而郑鸿逵因为郑芝龙的因素，对清朝多有让步，这也是众所周知的。当然，这一切并非一心拥明的郑成功所愿见到的。