但是，人类作为自然界唯一能够进行反思和思维的动物又不能没有一种能够进行最高概括性、最高抽象性的思维活动的科学。随着人类社会生产力的发展，在14世纪以后，人类社会各地区先后进入了资本主义社会，封建神学的统治开始动摇其绝对的权威。随着欧洲文艺复兴的兴起，经院哲学的衰败和崩溃，“思辨的形而上学”建构性的特征又开始复苏。首先是法国哲学家笛卡尔为促进生产力和科学认识的发展，建构了一种包罗万象的“实践哲学”体系。这种“实践哲学”由三个部分组成：1．形而上学、2．物理学、3．其它各种具体科学。笛卡尔自己则把他建立的新的哲学体系比喻为一棵树，树根是“形而上学”，树干是“物理学”；树枝是其它各门科学。为了满足人类精神的最高需要，笛卡尔特别强调“形而上学”在他新建的哲学体系中的基础和骨干作用，因为笛卡尔已经意识到只有把形而上学建构起来，才能为具体科学的发展构筑坚实的基础和指引发展的方向。

但遗憾的是，笛卡尔和亚里士多德一样，并没有提出和论证“形而上学”作为科学如何可能的问题。虽然笛卡尔在他的哲学体系中主张诉诸理性的权威，要求把一切迷误“放在理性的尺度上校正”，但笛卡尔对理性的能力和它所能达到的认识高度并没有明确的界定，其“形而上学部分”仍然笼罩着神学的光环。作为二元论哲学的始作俑者，“精神实体”和“物质实体”在笛卡尔那里形同虚设，最后的决定者仍然是“上帝”。人们如果仔细研读笛卡尔的著作，不仅可以发现他关于上帝存在的“本体论证明”完全是对中世纪经院哲学家安瑟伦证明的抄袭，而“形而上学”作为“树根”、“物理学”作为树干，又是亚里士多德“形而上学”“在物理学之后”的翻版。亚里士多德“思辨形而上学”的“解构性质”不仅全部保存在笛卡尔的“形而上学”之中，而且更加被增设了重重迷津。

迷津之一：“我思故我在”。虽然这个命题曾被很多哲学家称赞，例如谢林说它是哲学上“一个奇迹的发生”，萨特在宣传他的“存在主义”思想时，也宣称存在主义哲学必须从笛卡尔“我思故我在”出发(参阅萨特《存在主义是一种人道主义》)。但是，“我思故我在”也遭到许多哲学家的反对，因为“我思”中的“我”实际上只是一个没有存在基础的“自我意识”。马克思曾经指出：“在法国以笛卡尔为代表的17世纪的形而上学，从诞生之日起就遇上了唯物主义这一对抗者。唯物主义通过伽桑狄(他恢复了伊壁鸣鲁的唯物主义)来反对笛卡儿。”[6](161页)伊壁坞鲁哲学体系中的“自我”是一个物质实体，因此他主张的“幸福观”是“身体的无痛苦和灵魂的无纷扰”，这与亚里士多德和笛卡尔主张的“思辨”的幸福相距十分遥远，以致多年以后伊壁鸿鲁的后继者费尔巴哈提出了“我欲故我在”来与笛卡尔思辨哲学的遗风抗衡。当年的伽桑狄反对“自我”是纯粹精神实体，认为心灵、灵魂也是一种物质的东西，只不过是一种“非常精细、非常稀疏”的物质而已。

迷津之二：怀疑一切。笛卡尔为了建立他的“形而上学”体系，向人们反复鼓吹“怀疑一切”。他在《哲学原理》第一章《论人类知识原理》中说：“要想追求真理，我们必须在一生中尽可能地把所有事物都来怀疑一次”[8](1页)。“还要怀疑我们一向认为最确定的其它事物”[8](2页)。笛卡尔“、怀疑一切”的思想虽然对宗教神学起到了一定的打击作用，但其本身无疑是错误的。，正如伽桑狄在诘难笛卡尔时所说：“对事情直截了当、老老实实、实事求是地加以说明，而不是象人们将会反对你的那样，借助于装腔作势，捏造那些幻觉，追求那些拐弯抹角、稀奇古怪的东西，岂不更适合于一个哲学家的坦率精神，更适合于追求真理的热诚态度吗?”[9](5页)他针对笛卡尔的“怀疑一切”争辩道：“你因此就真能够使你自己相信……你眼前所有的和所发生的一切事物都是假的、骗人的吗?”[9](4页)伽桑狄是正确的，因为笛卡尔的“怀疑一切”并没有消除亚里士多德《形而上学》思辨哲学体系中的“解构”本质，反而加深和加强了这一本质，促使近代和现代、欧洲哲学掀起了拒斥《形而上学》的狂风巨浪。