这样，一条由柏拉图所指示，中世纪有其痕迹，后由伽利略、笛卡尔等人深挖的将观察者的意识同被观察的世界分隔开来的形而上学鸿沟，产生了以后哲学家们努力解决的全部认识论问题：这就是主客符合或二元统一的问题。客体是作为凝固的现成的切合数量关系的物质世界。主体是心灵：它有理性的内在能力，能作数学化推理；有外部感官，能表象。后者作为知识的载体如果能够和前者一致起来，新兴科学就完全能够达到神学所标榜的确定无误性的真理标准。并且宗教改革后的思想家们倾向于认为，《圣经》讲述的更主要是人类灵魂的拯救及其精神方面的知识，而对自然知识，《圣经》只是表达了适应古代读者的通俗性认识，“而它的不清晰段落将由新兴科学的‘清晰后果’来解释。” [7]
二
宗教神学家们也讨论过类似认识论的问题，即如何获取上帝的真理或者说基督徒如何真实领会上帝的话语。要想获取来自上帝的真理，有三种渠道：一是通过圣灵的直接感动来和上帝沟通，但这种情况是很少见的，也很短暂；因此，第二，遵循一种程序化的宗教礼仪被认为是行之有效的；第三种渠道就是随着基督徒被上帝召领的日子越近，他的生命中的灵性部分就越增长，当他的生命终止时，他就和上帝完全合二为一了。这三种渠道以一种变式在后来同样以追求真理为目的的科学活动中继承下来。它们是：第一，推崇直觉和灵感；第二，科学方法论对科学的工作程序作出规定；第三，人们对真理降临持乐观的态度。这样，“神学的全部危险，它的独断论以及它通过确定性的保证对于思想的控制，都全部出现在把科学视为不会错误的哲学里了。” [8]
当启蒙哲学家们在为科学作真理辩护的时候，一幅关于外部世界(客体)的图像已经由科学家们完成了。描绘出关于人类心灵(主体)的图像就成了解释科学之为真理和如何获取真理(从而帮助其它仍处在混乱和冥顽之中的形而上学、政治学、伦理学和美学等走向真理之途)的首要工作。既然科学家们的工作被检验是成功的，那么我们就应该把科学的方法和原理用于分析内部世界的秩序上。在笛卡尔确立心灵为独立的实体后，洛克、贝克莱、康德直到20世纪中叶哲学家们投入了无比的热情对人的“内在剧院”(塞拉斯语)的结构和功能展开“科学”考察。洛克首先对之进行了这样的解剖：心灵被认为是一个盒子一样的东西，其中包含了与牛顿的质点相类似的精神等价物，这些精神的质点被称为“观念”，这些“观念”是清晰的、独立的实体，它们来源于外部世界，就象沙粒落入沙漏降临于人的心灵之中。康德后来又对“沙子”落入“沙漏”之后如何被有序“堆放”作出了说明。有了这样一幅关于人类心灵的基本能力及其运用的可靠的、清晰的图画，知识的标准和知识的形式及其它们之间的关系就得以确定。这个繁杂的工作背后隐藏的是一个循环论证，它的结果自然是科学的。但既使如此，哲学家们还是遇到了棘手的问题。
这个棘手的问题就是“分界面”难题。既然心灵是独立的实体，那么在它里面所发生的一切，便只能内在地为它所具有，心灵与世界便不可避免地具有一个分界面，心灵如何能突破这一内在的界限达到对世界的认识成了一个头痛的难题。
对这一问题的不同立场导致了哲学上的分歧。一种立场认为，心灵能够越过界面达到客体、实在或“绝对理念”。它又分为两种情况。一种象笛卡尔或黑格尔，他们通过引进一个抽象的概念把两者统一起来，如笛卡尔引进了“上帝”概念，黑格尔引进了“绝对理念”概念；另一种情况是辩证法，这种学说通过相对与绝对、主观与客观二对范畴的辩证运动使主客两者在一个未来的、不确定的进步境况中统一起来。前者被人们批判为抽象的思辨，后者同样不具有任何操作性和前瞻性而被判定为和信仰没什么两样的形而上学。
另一种立场认为，我们的心灵不能超出自身达到客体或物自体。它也可细分为两种情况。一种以康德为代表，他认为我们的认识不能达到物自体，但我们自身的先天能力可以对杂乱无章的现象(由心灵的外部感官的活动引起的)进行统摄和整理，从而获得科学知识。另一种以马赫为代表，他认为我们的认识只是感觉的复合，科学的任务就是用数学来表达这种复合关系。康德和马赫等人留下“物自体”和不可知论的困惑。这两种立场的哲学家都未能解决这一认识论的难题。