柏拉图在他的一系列哲学对话录中，详尽地阐明了下述观点，即认为有一种完美的、合理的和明晰的理念世界隐藏在我们的感性世界的背后；并且指出，认识了这一理念世界，不仅能帮助我们理解杂乱无章的感性世界，而且能为我们提供个人的和政治的活动的准则。柏拉图的思想对于欧洲文化的影响是巨大的，在他之后直到尼采为止的西方的宗教、哲学以及科学全都不同程度地脱胎于柏拉图的观念，或者用怀特海的话说，是对柏拉图对话录的一系列脚注而已。
按照柏拉图的理念说，真正的知识并不直接涉及到用感官所感知的复杂多变的感性世界，它只涉及到纯粹的思想对象——理念，它作为一种由感性世界来接近的模式而隐含在感性世界的背后。柏拉图同时又认为理念对理性是透明的，即可由理性来认识。由于数学——主要是几何学——在柏拉图看是一个明晰的和有秩序的领域，因此，数学就成了认识理念世界的灵感来源和最佳手段。数学在17世纪以后又被进一步推崇为理性的“试金石和真正保证”。[3]
作为柏拉图哲学要旨的理念说后来经过复杂的过程演化为中世纪的天国说。本文越过这一问题，直接过渡到下面这个问题上，即中世纪神学如何通过科学的早期形态——自然神学——对科学产生重大而深远的影响。
自然神学是新兴科学早期历程中的一个很重要的阶段。它是基督教神学与新兴科学相互影响、相互妥协的结果。在自然神学家看来，科学并非像有些神学家指责的那样，容易使人贪图生活的舒适，分散人们对上帝的注意力，因而是一项脱离宗教价值取向的事情；相反，由于自然是一部上帝创造的和《圣经》同样丰富、深刻的作品，科学又恰恰是对“上帝展现在宇宙中令人叹为观止的作品的揭示”，[4]因此科学也是一项宗教事业。英国皇家学会宪章就要求其会员应把该学会的研究用于为“上帝的和世人的利益服务”。这些以鉴赏家自居的科学家自信他们能够把上帝的精美制品客观地、准确地展示出来，他们相信他们以独特的方式体验到了仅仅阅读《圣经》的前人所不曾体验到的对上帝的敬畏——它是由上帝超凡的技艺激发出来的。
尽管如此，自然神学家对宗教的理解，还是日益脱离传统基督教的信念。当波义耳将上帝和斯特拉斯的大钟制作者相类比时，上帝的神性活动就在这个类比中遇到了障碍，因为时钟一旦开始走动以后，就独立地进行其机械活动。牛顿也仅仅把上帝作为一个第一推动者或偶尔在行星出现不规则运动时出来校正一下的工匠——这不是原来那个时时刻刻关心着人类的上帝。随着鉴赏家对上帝荣耀的惊讶和赞叹之情的消遣，上帝就成了一个可有可无的假设。拉普拉斯就径直宣称他不需要上帝这个假设。但是，自然神学设立的人与自然的二元格局却在新兴科学中保留下来：一方作为现成的物的集合，一方作为旁观者。
科学自身的原因，我们可以通过伽利略的工作来说明。伽利略坚信自然这本书是上帝用几何学的语言来写的。（这一观点可以追溯到柏拉图传统中的毕达哥拉斯主义，后者后来通过哥白尼、布鲁诺和开普勒等人进入新兴科学）伽利略把数学推理和实验观察结合起来，并且确立了新兴科学的全部努力方向：把自然规律作为可测量的数量关系表达出来。这样，他之前的亚里士多德的自然概念就开始显得不适当了。伽利略在消解掉自然的质的多样性和等级差异，用数学的齐一性来说明自然时，对不能数学化处理并且难以实验控制的部分作了这样的处理：它们被归为人的感觉，被认为是人的感官对第一性的质（即数学化的质）的反应，被降格为第二性的质。伽利略这样做的目的是，“通过假设在人的心灵之外不存在不可以还原为数学方程的东西，这样把自然还原为一个数学方程系统就更容易取得进展”。[5]伽利略的数学化的世界是一个纯粹切合数量关系的机械世界，而被剥离下来的文化、历史和精神的部分则被笛卡尔等人重新组装到另一个世界，即心灵世界里。心灵在这里成了“处理机械自然中为物理学无法解释的一切感性经验的倾倒垃圾的场所”，[6]正如尘世在宗教那里成了收容天国抛弃下来的苦难的场地一样。