“《大学》与《论语》、《孟子》、《中庸》、《易传》不是同一系者，亦不是同一层次而可以出入互讲者。《大学》是从另一端绪来，可以视为儒家教义之初阶。由《大学》而至《论》、《孟》、《中庸》、《易传》是一种不同层次之升进，亦是由外转内之转进。”[44]

牟先生在《心体与性体》一书中讲出了三种《大学》：一是他本人所阐释的《大学》，且被说成系《大学》之本义。而其中的关节点即在于认定《大学》之所谓“明明德”之“明德”不能“从因地上看”，因为其所谓“明德”只是从“德行”上说，而不是从“德性”上说；是从道德行为的层次上说，而不是从本源心性的层次上说。[45]并由此将“大学”与孟子学“加以区分，判定它们是属于不同的义理系统和不同的义理层次。

二是程颐、朱熹一系的《大学》。宋明儒所论《大学》皆非本来意义的《大学》，他们对《大学》的义理有一提升，力图把之纳入《论语》、《孟子》的系统说明之；“宋儒自伊川着重《大学》之致知格物，遂想将《大学》纳于孔孟之生命智慧中而一之，因此遂将‘明德’就德行向里推进一步视作本有之心性。宋明儒于此皆无异辞也。”[46]把《大学》之所谓“明德”“推进一步”，由此说“德性”，说“本有之心性，”说道德行为的内在根源和超越根据，此方面宋明儒“皆无异辞”。分歧产生于对此“明德”的进一步规定。依牟先生所见，朱熹以《孟子》、《大学》“出入互讲”，其结果不是把《大学》讲上去，而是把《孟子》讲下来，“朱子援引孟子以迁就《大学》，以《大学》为定本，而将孟子之本心拆为心性情三分，而心只讲认知义。”[47]心、性（理）关系被置于认知义的能所关系中来讲，这是将《论语》、《孟子》、《中庸》、《易传》之“心性天通一而无隔”的、“立体创造”的纵贯系统，转变为以《大学》之“致知格物”为依归的平铺的、能所相对的“横摄系统”。

三是王阳阴、刘蕺山的《大学》。宋明儒中真能够把《大学》讲上去、对其义理有一提升者，是王阳阴、刘蕺山。可以说阳明亦是以《孟子》与《大学》“出入互讲”，但与朱熹不同，他不是以孟子迁就《大学》，而是以《大学》迁就孟子，无论是其对“明德”还是“致知格物”的讲法，都是以孟子为依归而远离《大学》之本义。“刘蕺山就《大学》言诚意，其背景仍是《中庸》、《易传》与孟子”，[48]亦非《大学》之本义。

在有关《大学》的三种讲法中，牟先生是主张对《大学》之本然与义理之当然加以区分，并由此形成他对于《大学》的批评。阳明、蕺山则是以义理之当然统摄《大学》之本然，此可以说是一种创造性的诠释，亦不失为一种讲法，至少在牟先生的系统中可以如是说。惟伊川、朱子是“顺着”《大学》讲，遂形成儒学发展中（相对于《论语》、《孟子》、《易传》而言）的一种转向。

说程伊川、朱晦庵是“顺着”《大学》讲，这并不等于说其所讲论者尽合于《大学》的原意。从牟先生的有关论述来看，要而言之，他之不满于《大学》者无非是以下两点：一是《大学》没有达到儒家（特别是思孟、陆王一系）心性本体论的层次，没有提出一个天道性命相贯通的心性概念，甚至也没有向这个方面去讲，故无论是讲知识（“致知格物”）还是讲道德（“明德”、德行），都只是在一个现实的、平铺的、横摄的层面来讲，而没有形成由内在而超越或由超越而内在的所谓“纵贯”、“直贯”系统；二是，牟先生所最不满意者，当是《大学》经文中的下面一段：“欲诚其意者先致其知，致知在格物。物格而后知至，知至而后意诚，”如果把“致知格物”与“诚意”套在因果关系中讲，并以前者为后者之因，则不免是“以知之源决定行之源”，由此不可能产生真正的自律道德。

不过在牟先生看到，《大学》中没有论及“本有之心性”这一点是确定的，宋明儒把《大学》之“明德”提升到本源心性的层面来讲那是另一回事；而把“格物、致知、诚意”连贯起来讲及对三者涵义的解析和三者关系的认定，则可以说在《大学》中是不确定的。[49]如“诚意”传的解释，就并没有把“格物、致知、诚意”置于一个因果序列来讲，只是说“所谓诚其意者，毋自欺也”，且最终归结于“慎独”工夫上说，“是即打断致知与诚意之因果关系，而于诚意则单提直指，而以‘慎独’之工夫实之。”[50]这也说明经文中的“格物、致知、诚意”条，可以有不同的解释。而在程颐、朱熹这里，此一条自己被赋予某种确定的涵义，“格物、致知、诚意”被明确置于一个因果序列来讲，“格物致知”被诠释为“即物穷理”（牟先生对此有进一步的判释，言伊川、朱子一系所谓“即物穷理”乃是指“即物而穷其存在之理”，或者说是“就事事物物之存在之然而究知其超越的所以然”），因而似乎就无法逃避所谓“以知之源决定行之源”的责难。