牟先生首先对宋明的义理之学与事功之学有一判释，其中特别用很长的篇幅对永嘉党派的叶适展开批评，或者说是针对叶适对理学和孔子后学的批评进行辩正。叶适尊崇《尚书》、《周礼》，认为“尧、舜、禹、汤、文、武、周公，孔子所传皆一道”，[36]这是牟宗三先生所难以接受的，因为后者强调是正是不可以把孔子所传之道与三代以下所传之道混同为一。牟先生指出：

“然自孔子对道之本统之再建言，则亦可以说一而不一。尧、舜、禹、汤、文、武、周公是王者开物成务之尽制，是原始的综合构造，是皇极之一元，而孔子对于道之本统之再建则是太极人极与皇极三者之并建，而以太极人极为本，以皇极为末：太极是天道，人极是仁教，皇极是君道。”[37]

三代以迄周公所传之道，乃是有君道而无天道与仁教，所以只能从政治的层面，从王者尽制的层面说；至于“圣”（德）的方面，则只能说是在“特殊境况”（“社会生活关系”）中有所体现，尚没有达到自觉的、普遍的层面。孔子则是三极并建。因为孔子“虽不得其位，而其德足以笼罩之”，[38]就是说外王层面的某种欠缺并不影响孔子之道的完满性，我们自然也可以（或曰也只能）这样理解孔子后学和理学家的思想。牟先生说：

“是以孔子者对道之本统之再建者。曾子、子思、孟子、《易传》乃本孔子之仁教而前进者也。故真传达孔子之道者，曾子、子思、孟子、《易传》以及程、朱、陆、王也，决不在叶水心也。此一传统在以往虽较偏听偏重内圣一面，然此一面却是仁教之本质的一面。”[39]

牟先生复对宋明的义理之学（内圣之学）有一判释，此判释构成了他重建道统的一个关键环节。此判释是基于他对儒家经典的认识，或许我们亦可以反过来说是对宋明理学的判释影响到他对儒家经典的认识。

确切地说，对《大学》之义理归趣及其地位的论定成为牟先生重建道统的重要一环。尽管他曾认定“以曾子、子思、孟子及《中庸》、《易传》与《大学》为足以代表儒家传承之正宗”（排除了子夏、荀子），乃是宋明儒的一大贡献；但落实地说，他实际上认为把《大学》列入其中只是程颐、朱熹一系的特殊观点。[40]

牟先生的判释有一标准，此标准以他的所谓“道德的形上学”为依归。道德的形上学的核心之点无非在于：一方面就实践方面说，心必须能够通达上去，成为一超越的实体义之心；另一方面就存在方面说，理必须能够落下来，成为一即存有即活动的、心即理之理。牟认为在此前提下才能真正把宇宙存有论与人的道德实践打成一片，成就一儒家所特有的实践义的“道德的形上学”。

把心、性、天的统一、同一，即心即性即理即天（“即存在有即活动”）判定为儒家的终极立场，此一标准显然是来自陆王心学。[41]牟宗三先生不仅要据此衡定儒家思想后来发展，而且要据此衡定儒家的经典，衡定《大学》的精神义理，他指出：“尧典《康诰》言‘德’或‘峻德’皆指德行说，那时似更不能意识到本有之心性。《大学》引之，似亦并未就德行再向里推进一步说本有之心性也。须知《大学》并不是继承《论》、《孟》之生命智慧而说，而是从教育制度而说，乃是开端别起。虽为儒家教义之所涵摄，然不是孔、孟之生命智慧之继承。”[42]所谓“本有之心性”即是“心性天通一而无隔”之心性，也就是《中庸》所谓“天命之谓性”之心性，此心性是关涉到终极的创造性的层面来说，关涉到宇宙存有与人道德实践之最后根据来说。牟认为，《大学》中没有达到对心性的这样一种理解，其所谓“德”或“明德”只是在“德行”上说，而非“德性”上说，“‘德行’是果上之词，意即光明正大的行为。‘德性’是因上之词，意即吾人本有之光明正大的心性。”[43]亦可以说《大学》是就德行而言德行，而没有能够“就德行再向里推进一步说本有之心性”，没有能够由德行再提升一层而言道德行为之超越的根据。牟由此判定《大学》并非是由《论语》、《孟子》之精神方向发展而来，且亦不是与《论语》、《孟子》处于同一层次：