牟先生的道统论是接着宋儒讲的，尽管其对于传道谱系的排列与宋儒（特别是朱子后学）有很大不同。与宋儒相比，牟先生的道统观或许更堪称得上是“哲学家的道统观”。牟氏使儒家的道统观彻底摆脱了历史传说的因素，他曾论及儒家所谓传道之“传”与佛教禅宗的“祖师之相传”的区别，指出：“师徒相承只是外部之薰习，若夫深造自得，则端赖自己。然大端方向亦必有相契，方能说传。……生命之事至为殊特，亦至为共通。若能相契，则前后相辉，创造即重复，所谓其揆一也。有引申，有发展，有偏注，有集中，然而不碍其通契。此之谓传，”[68]显然，此所谓“传”已不是指谓事实层面的前后相承或师徒相续，而是指超越的生命层面的相通相契、“前后相辉”。从此种意义上说，道统之传亦不一定从“尧之所以授舜”、“舜之所以授禹”方面来讲；[69]孔子晚年是否“独进曾子”亦不重要。[70]

儒家的道统论可以说有三个面向：一是广义的判教，此在孟子那里为辟杨、墨，在韩愈、宋儒那里则为排佛、老；二是要在现实的政治权威之外标立一超越的尺度，此是相对于“政统”（或“治统”）而言道统；三是就儒家学术思想自身而言，道统亦区别于“学派”而有其特定的涵义。

牟三宗先生言“西方道统在基督教”。[71]此所谓基督教之“道统”与儒家之道统在表现形态上自然有很大的区别，其中特别是体现在“道”与“政”的关系方面。中国历史文化的发展没有出现西方近代的政、教分离，也没有出现西方历史上教权高于皇权的情况。中国历史文化中的教与政之间表现为更为复杂的关系。儒家的道统观念曾长期为人们所诟病，视为陈腐的象征，并与封建专制扯在一起，不惟五十年代后的大陆学术界是一片讨伐之声，即便是五十年代前的保守主义大师们似乎也讳言于此。

就现实的层面而言，宋明以后的历史上也确实出现过道统观念为当权者所扭曲和利用，使道统隶属于政统、利用道统的权威来强化自己的统治和思想专制的情况。但是，就本来意义而言，宋明儒即“道”而言其“统”的用意正是要强调和凸显儒家思想超越于现实的社会政治的独立价值和意义。儒家之道作为一种自本自根、一脉相承、源远流长的精神法统，它有自己的理想性、必然性、永恒性和超越性，而不能为现实的政治权势所左右，这也是儒家之批判精神和抗议精神的根据所在。朱熹言孔子：“若吾夫子，则虽不得其位，而所以继往圣，开来学，其功反有贤于尧舜者。”[72]就现实的功业而言，孔子本不能与尧、舜相比，但“圣”有其独立的尺度和意义，无论此意义在现实的层面能否落实，都不影响其价值和完满性，宋明儒正是在“圣”的独立意义上言“道统”。孟子所言“自有生民以来，未有盛于孔子也”，[73]亦只能从此方面理解。

所以，必须把道统观念在现实中遭到的扭曲和利用与道统观念的本来意义，严格加以区分，所谓儒家道统的“封建性”乃是来自当权者对于道统的扭曲和利用，而非儒家道统本身。

道统是属于“教”的层面，因而在“教”与“政”的关系之外还有一个“教”与“学”的关系问题，或称之为“道统”与“学统”的关系问题。此所谓“学统”又与牟宗三先生“三统之说”所论之“学统”涵义不同。“三统之说”中所谓“学统之开出”乃是指开出科学之统，实际上就儒家学术思想自身而言亦存在一个学统问题，即儒家思想作为某种知识系统的传衍、发展和演变问题。余英时先生说：

“新儒家正是以‘道’的继往开来者自许的。依《中庸》‘修道之谓教’之说，则新儒家所倡导的其实是‘教’而不是通常意义的‘学’。从他们的观点说，‘教’是第一义的，‘学’则是第二义或第二义以下的。因为‘教’必归宿于总持一切的最高真理（道），异于‘教’的便成‘异端’；‘学’则是多元的、相对的、局部的，往往演成‘此亦一是非，彼亦一是非’的纷争。中国传统的经、史、子、集是如此，现代的专门学科尤其是如此。”[74]