全祖望把自己所主张的自得之学与两种虚假的“自得之学”区别开来，并对它们进行了批判。其一，脱离真知的“自得”。他指出：“正献之言有曰：‘学贵自得，心明则本立。’是其入门也。又曰：‘精思而得之，兢业以守之。’是其全力也。槐堂弟子多守前说，以为究竟，是以稍有所见，即以为道在是，而一往蹈空，流于狂禅。”（《外编·城南书院记》）这种“稍有所见，即以为道在是”的“自得”，实质是蹈虚空言，被全祖望斥为游谈无根之学。他引宋元之际王柏之言，对这种“自得”的实质与危害作了深刻揭露，指出“孟子之所谓自得，欲自然得于深造之余，而无强探力索之病，非有脱落先儒之说，必有超然独立之见也。举世误认自得之意，纷纷新奇之论，为害不少”（《宋元学案·北山四先生学案》）。其二，以他人之见矜为“自得”。宋代昆山卫湜荟萃百家，纂成《礼记集说》一百六十卷。是书采撷广泛，但作者不置一语于其中。对此，卫湜自己坦言：“他人著书，惟恐不出于己。予之此编，惟恐不出于人。”全祖望对这种诚实态度倍加赞许，认为是“至哉言乎！世之狗偷獭祭以成书，矜为自得，或墨守一家坚辟之学者，其亦可以已矣夫”（《外编·跋卫栎斋礼记集说》），给那些以掠人之美为“自得”的无耻之徒敲响了警钟。

　　针对以上两种积弊，全祖望提出“躬行”实践的主张。他认为既然有蹈空虚说之存在，则“论人之学，当观其行，不徒以其言”（《外编·碧止杨文元公书院记》），强调不能仅据其人之言而论其学，应当在实践中对其学说进行考察。自得之学，必须验之于躬行，“苟非验之躬行，诚无以审其实得焉与否”（《外编·石坡书院记》）。通过躬行实践，则狂禅之自得就不攻自破了。这种精神，渗透在全祖望一生的学术实践之中。他为黄宗羲辑补《宋元学案》，堪称是贯彻其学术宗旨的典范。全祖望对《宋元学案》的续修工作主要包括三个方面：一是在内容上有所增补。《宋元学案》共有91个学案，其中属于全祖望增补的共计32个，凡33卷，约占全书所立案卷的三分之一。经他增补之后，宋元学术的主流与支流均得到充分反映，学术思想发展的面貌更为全面。二是对黄宗羲的原本加以“修定”、“次定”、“补定”，考订其中的失误。全祖望不为黄宗羲的失误隐讳，明确地指出原书中存在的不足，在各学案中不存门户之见，客观叙述各家各派学术利弊得失，达到了融会百家的目的。三是完善了学案体例。全祖望将史“表”运用到学案体裁之中，每一学案内先立《学案表》以揭明学术源流，这是一个创举；同时增订并精心撰写《序录》，概括评价各派学术。他在对待各学派的态度上比黄宗羲更为开放，持论往往较黄宗羲更为博大平恕。经过全祖望续修的《宋元学案》，不仅成为中国学术史著作成熟的标志，而且反映出融会诸说、不定一尊、注重独创的治学精神，深为学者所推崇。除此之外，全祖望七校《水经注》、三笺《困学纪闻》的学术实践，也是对其学贵自得、融会百家治学思想的最好注解。正因为如此，全祖望对于清代学术风气的转变所起的作用至为关键，而他的思想认识以及学术见解，对于今天的学者治学也不失为一种有益的借鉴和启示。