全祖望是清代学术由宋学转向汉学时期的一位重要人物，在清代学术史上占有独特的地位。他治学兼擅经学、史学、词科，而尤以史学见长。其史学渊源上承黄宗羲、万斯同，下启章学诚、邵晋涵，在浙东学派和清代学术史 上都不愧是一位承前启后的学者。全祖望一生著述宏富，各类作品不下30余种。而其学术人生中一以贯之的学贵自得、融会百家的治学思想，对当时和后世都产生了深远的影响。

　　全祖望生活的时代，整个社会弥漫着一股空疏不实的学风，清初稽古洽闻之士，至康熙中叶凋零殆尽。鉴于当时学人多从事帖括之业或词章之学的弊病，他发出“求其原原本本，确有所折衷而心得之者，未之有也”（《鲒埼亭集·翰林院编修赠学士长洲何公墓碑铭》）的感叹。这一时期程朱理学占据学术主流，但那些自命为朱学的人，议论迂阔陈腐，只知“奉章句传注而墨守之，不敢一字出于其外”，结果形成“朱学反自此而晦”（《鲒埼亭集外编·横溪南山书院记》，以下书名省略）的局面。而社会上流行的陆王心学，则往往“高谈性命，直入禅障，束书不观，其稍平者则为学究，皆无根之徒耳”（《外编·甬上证人书院记》）。全祖望试图扭转这种学术风气，严厉批评宋元以来“门户之病，最足锢人”的弊端（《外编·杜洲六先生书院记》），确立了学贵自得、融会百家的治学宗旨。

　　全祖望学贵自得、融会百家的思想有着丰富的内涵，堪称其一生的学术总结。他特别反对一味拾人牙慧、步人后尘，或墨守一家、囿于成说，从而失去自己独立思考的品性和学术创新空间的做法，赞誉元代吴澄的学术兼收朱熹、张载、吕祖谦、陆九渊之长，治学不墨守一家，而是“以求自得，不随声依响以为苟同”（《外编·城北镜川书院记》）。在他看来，自得之学当是汲取百家之所长，再经过自己悉心揣摩、加以融会，从而获得属于自己的真知。全祖望高度评价明代黄润玉的学术成就，将其与明代大儒陈献章相提并论。清初黄宗羲曾评价陈献章的学术“要归于自得”（《明儒学案·师说》）。在全祖望看来，黄润玉治学同样是“皆其心之所自得，而非浮虚剽袭之言”（《外编·黄南山先生传家集序》）。黄润玉“所以为朱学之羽翼者，正不在苟同也”（《外编·横溪南山书院记》）。全祖望还赞许宋代史蒙卿治学虽以程朱理学为宗主，却能够“独探微言，正非墨守《集传》、《章句》、《或问》诸书以为苟同者”（《外编·甬东静清书院记》）。可见自得之学、融会百家是全祖望治学所追求的一种很高的境界，其中闪耀着不立门户、不定一尊的思想光辉，充分表现出对前贤的尊重与继承。