现今传世的《绿野仙踪》有百回本与八十回本之别，形成了两个系统的本子。
另外，现今还知道有由八十回本出的两种石印本，一是光绪三十年上海书局本，一是民国十三年上海大成书局本。而大达书局的铅印本等则更在其后。
《绿野仙踪》既然有百回本与八十回本两个系统之别，那么它们之间的关系是怎样的呢?侯忠义在据百回抄本整理的排印本《前言》中说：
《绿野仙踪》现在通行的本子，是八十回的刻本，刻本与抄本相差二十回回目，从故事内容来看，大体是相同的。但两种不同版本之间，内容、情节上有些区别和差异，抄本又有些长处和特点。我们不妨概括地叙述它们之间的关系，那就是：抄本在前，刻本在后；抄本是“繁本”，刻本是“简本”；抄本是“原本”，刻本是“节本”。两本除了内容、情节、语言的繁简之外，在每回内容的多少，情节发展的次序上，刻本都作了部分压缩和调整，因此刻本回目上就表现为减少了二十回回目。
侯忠义的概括，基本是合适的。大约八十回本对百回本之更改，除相同情节中个别词语及词句有改、删外，不外在情节上还有下面几种情况：
第一，单纯的删削，从而使内容减少，以至使回目合并。
第二，八十回本对百回本删削的同时，在删处有增改。
第三，八十回本对百回本的情节有调整。
上述或一个情节的删削(或有的略叙在别的回目中)、删削而改增别的情节；或调整、移植情节，加上故事未减而有语句上的删减等情况，就不仅使得百回本书变成了少二十回的八十回本书，且使作品的内容有些微的变化。这两者既不全同于《水浒传》式的简本和繁本，也不同于《三国演义》、《西游记》、《金瓶梅》等作品不同时期的本子(既稍有字句上改动，而于大局无关)。两个系统的本子在艺术上各有千秋，不能以此否彼。又由于在结构上有前述的一些变化，也不能不影响到作品中人物的思想、性格方面有所不同。
另外，《绿野仙踪》的语言是以北方话为基础的，李百川提炼，加工了许多别有风趣的艺术语言，百回本、八十回本共有之外，由于百回本有些情节是八十回本没有的，因而某些好的语言便成为百回本所独擅的了。
(三)百回本的批注问题
百回本《绿野仙踪》的批注，比之《水浒传》之金批，《三国演义》之毛批，《金瓶梅》之张批，《西游记》之汪象旭、陈士斌(悟一子)、张书绅……等人的批，都要简略得多。它没有回前或回后的评，只有句间的批注。它的句间夹评，数量还不算太少，惟多系提示前后情节内容性质，比起金批、毛批等，在小说理论批评史上，就不能占有位置了。故在此仅就下述问题谈论之。
(1)批注者的生平等问题
因百回抄本没有明标批注者的名姓，所以对批注者为何人，暂不能说什么。然而在句间批注中，批者往往把自己摆进去，故于此夹缝中尚能窥知一些批注者的几个侧面情况。
①批注者是北方人
②批注《绿野仙踪》时，批者已达知命之年——50岁。
③批注者过去家道颇好，荣华过。而批书时已沦落，且南北奔驰谋生。
④批注者到过江南，在扬州住过多年。或许在北京生活过。
⑤批注者有一堂兄也是过去荣华过，后来落没；而他只有一女，出嫁两年即卒。
⑥批注者没有给官府做过幕客(幕僚)。
(2)批注《绿野仙踪》与金圣叹批《水浒传》以至批《西厢记》的关系。
检阅百回本《绿野仙踪》的批注，强烈的感觉是，批注者是金圣叹的崇拜者，他批注的标准、方式都是从金圣叹那里学取来的。
特别引人注意的是：注者在批注中不是金批《水浒传》，然其所批的手法却明显是从金批《水浒传》剥下来的。批注者曾骂有的小说作者直接学取《水浒传》手法，却又用得毫无滋味，“真是嚼人屎橛，算不得一好狗也”(第六十三回)。他自己却学得稍有变化，叫做吃人剩饭吧，是条好狗!
(3)批注者批评了前代的一些小说(包括《水浒传》)的败笔，也不指名地批评了一些时下庸腐小说，有点小说理论的味道。
首先，批注者贬《西游记》。此等贬《西游记》也是从金圣叹学的样。然而，批注者竟也涉笔批评起陶家鹤在序言中称赞的与《绿野仙踪》并驾齐驱的大奇书《水浒》、《金瓶梅》的败笔来，可谓不凡。批评，提出了作小说“最忌头上安头”，提倡人物、事件要“彼此互相牵引插串而出，方为一线穿成文字”，这是值得刮目相看的。这很类似今天评论家认为的小说结构中最高级的网状结构论了。
而批注者认为要付之丙丁的“其余小说”，也就包含了他一直鄙视“时下小说”。
通过前边我们引过的批注，知道批注者的头脑里还是金圣叹式的章法、句法、字法论的老套子，是明末评点古文者的余绪。但他能结合《绿野仙踪》作品，具体地予以点出，这对读者认识小说手法的运用之妙，还是可赞许的。
(4)批注者借一点因由大发议论，其议论与作品之情节、人物以至章法、句法等皆无关，是最可厌之点。然而，我们由此恰可窥知评者本人生平的某些侧面，故不能以“可厌”名之，倒是这方面的内容太少了。对一些纯粹在发牢骚的批文，则应扬弃。
(5)行间夹批的问题
百回抄本的批注，绝大多数都是在句间，而且墨色一至，笔迹连贯。只有第三回有五处在行间有夹批，这五处的旁批的笔迹与正文和句间批的笔迹，不是一个人的，笔势熟练，墨迹也深，可见不是原抄偶遗，立即在旁边补上去的，可能是原来就有的批语，而北大抄本原抄漏掉，另一个人校订时补在行间的；也可能是某读者(收藏者)顺手以己意加上去的，不属于原百回抄本的批语。好在这五处批语无关紧要，就不去深究它了。
