明清两代均以内阁为协助皇帝，发布政令之机关，加强了君主专制。 中国自汉以来，均有宰相辅政，皇权和相权是划分的，宰相是可以监察皇帝; 虽然皇帝为国家之最高领袖，皇帝之命令为圣旨，但由于相权有适当的制衡，故汉唐宋的政府，并不算得是君主专制。明清制度不设宰相， 皇帝一人难以独揽全国政务，故设内阁，而内阁却侵袭了相权，阁臣只有宰相之职务而没有制衡皇帝之权，间接加剧了君主专制，而期茁芽之时期，可算是明太祖在位之时。
明太祖洪武十三年，借口胡维庸^造**，废宰相，并下令子孙不能恢复宰相之职。废相后，一切政事均由皇帝总其成，但皇帝一人当然不能管理所有政事，所以太宗时设立四辅官，以为皇帝辅弼。四辅官是春官，夏官，秋官及冬官，多由宿儒担任，主要与皇帝议论朝政，而不过问实际政事。到了洪武十五年，罢四辅官，设殿阁大学士：太祖并设有文渊阁， 武英殿，华盖殿及东阁，有大学士待奉左右。所谓内阁，就是皇帝的办公室，而内阁大学士，就只不过皇帝的秘书。内阁学士官阶本来只有五品，而六部尚书是二品，可见内阁学士在朝廷地位并不高，他们只是皇帝的待从，政治顾问。奏章的批答为皇帝的专职，皇帝口授而由大学士写出来，政治大权在皇帝而不在大学士。
内阁基本形成是在成祖永乐年间，成祖时，开始选儒臣入值文渊阁，参与机务，其官衔为入阁办事，至此才正式有内阁之名，但成祖与太祖一样，亲自批答奏章处理政事，只是口头分咐大学士代笔，大学士只如秘书一样。
仁宗宣宗年间，可为内阁制度的第一阶段。此一阶段阁权渐重。仁宗时常召阁臣密议国家大事，但奏章的批答仍然是出于皇帝。宣宗期间，杨漙、杨士奇、杨荣以为皇帝老师，并为尚书兼大学士，地位日隆。此时由曾任皇帝老师的之人兼任内阁大学士，和皇帝关系是既尊且亲，宣宗时开始由内阁大学士小票拟。其后入文渊阁者相继晋升，于是内阁既尊且亲，职权俨如汉唐宰相。
英宗武宗期间，是明内阁制的第二阶段。英宗时开首辅专权之始。首辅为大学士之首，内阁大学士多则有六七人，少则有三四人，这时大事均由首辅票拟，于是大权便集中在首辅一人身上，内阁制发展至始，已超越了六部，而阁员中由以首辅权力最大。
世宗至神宗年间，即嘉靖万历年间，为内阁发展鼎盛之时期，阁员之权力及威望已超越六部尚书，更出现了很多有名的首辅，他们虽然没有宰相之名，但有权相之责。出名的首辅有世宗时的严嵩，神宗时有张居正。 此时，明之内阁制已发展至最高峰。
神宗晚年，万历年以后，神宗共有二十年没有上朝，没有和大臣接触， 连首辅也须假宦官之手来票拟。神宗不理政事，假手宦官传递奏章，宦官得以参与机务，其后皇帝更不批公文，批红实权落入宦官手中，宦官权力日重，操控政事，内阁之权力完全被夺，形同解体。
清代以异族入主中国，为逞其私心，控制政府，巩固皇位，故清之君主专政比明更甚，乃沿用明内阁制度，以中央政府为重心，最初在殿阁大学士，其办公地方在保和殿，文华殿，武英殿及文渊，东阁及体仁阁( 合称三殿三阁 )。大学士有四人，尚有协办大学士二人，名义上汉满各半， 但实际上，大权始终在满人手中。大学士为为正一品官，协办大学士为从一品，大学士负责批答奏章，票拟，修国史和参与重要的政事等，职责与明和内阁大致相同，但有军事者则由议政王决定，内阁职权仍受限制，但其地位已得到了提升。清最初约八十年，仍沿用明内阁制为主。
雍正七年，因对西北用兵，为保持军事机密，故成立军需房，后来改名为军机处，处理军事机务，使能更快捷地把军事命令传到前线。军政大事不经内阁，径由军机处发出。当时雍正挑选内阁中书及部属为军机章京，以起草诏令，于是政府最重要的政令由军机处发出。但战争过后， 军机处仍然存在。皇帝多数在军机处议事，内阁之职务，完全被军机处夺去，大学士变得坐而论道，只接受皇帝的旨令行事。