他还重新制定了书院条规章程，制定这些条规章程主要有两个目的：一是提高院课的地位，二是削弱主讲的权力。他出任院长后即与丁宝桢商量，《湘绮楼日记》记载：“至樨公处久谈，略言书院规制变通，使官课不得夺主讲之权，主讲亦不宜久设，仍当改成学长，学长亦随课绌取，庶免争竞也。”这样做，一方面减少了官府对书院教学的干预，争取一个宽松的学术氛围，另一方面把权力收归院长，为打击和削弱了二钱的江浙派做好了准备。结果这两项改革引起了轩然大波。光绪五年三月廿四日，“程藩使以诸生课卷不齐，县牌来责。人言纷纷，有云盐道怒我而挑之者；有云钱宝宣怨望而激之者；有云司道合谋振兴文教，讲习经策，愠我以应试为教，而专相齮龁者。言皆有因，而皆无如何。”至于二钱中的钱保塘，已于一个月前被派往清溪赴任去了，院中只剩下钱保宣(字徐山)一人。五月二日，王闿运在《日记》中说“钱(钱保宣)前阅书院二课卷，人亦俗雅，浙派之潦倒者。”第二天，“张生祥龄来，多为钱徐山言，似疑我不能容之。”表明院长与主讲之间的矛盾已经公开化。不过，应该指出的是，王闿运的这些做法不能简单视为文人相轻或门户之见，他这样做在很大程度是要为推行他自己的学术主张扫除障碍。
2)开启蜀学宗风。王闿运掌教后对尊经书院的制度进行大刀阔斧的改革，不惜得罪布政使和书院主讲二钱，其最终目的是要贯彻自己的学术主张。那么，他的学术主张是什么呢?王闿运人蜀后，见丁宝桢第一面就指出：“凡国无教则不立，蜀中教始文翁遣诸生诣京师，意在进取，故蜀人多务于名。”半年以后，他又一次向丁宝桢提出这个观点：“文翁教泽未善，务于显明其门生，遂有题桥之陋，不若贵州尹珍、王守仁之正，故黔习犹胜蜀也。”后来，王代功在编《湘绮府君年谱》时，把这两段话的意思杂糅起来，列为王闿运入蜀所议第一事可见大有开宗明义的意思。在王闿运看来，书院教育不仅仅是科举制度的承担者，更是科举制度的矫正者，蜀学不振的根源在于“文翁兴学”这一传统中所暗含的教人以学术为手段、功名为目的的错误教育观念，造成了蜀士对功名利禄趋之若鹜、不能潜心研究学问的恶劣后果。所谓“题桥之陋”，典出《华阳国志·蜀志》：“司马相如初入长安，题市门曰‘不乘赤车驷马，不过汝下’也!”比喻对功名的贪图和迷恋。但需要指出的是，王闿运在这里把文翁兴学和题桥之陋联系在一起，是依据《三国志》秦宓的话：“蜀本无学士，文翁遣相如东受七经，还教吏民。”这种说法可能并非史实，王闿运这样说大约也不过是借题发挥，其真正意图是要针砭蜀士贪位慕禄的陋习。
费行简认为王闿运的议论是直接针对刘沅及其追随者而发的：“清世蜀学晦塞，有刘沅者，自谓通三教，取俗所传《文昌阴骘文》教士，号文昌教。其子适官翰林，蜀人靡然从之，几无通士。闻先生(王闿运)说，乃幡然改习注疏诸史文选之属。”此处提到的刘沅之子是其四子刘桂文，曾为川籍京官的领袖，但他是光绪十五年(1889)己丑恩科中的进士，这时王闿运早已离川返湘，不可能针对刘桂文官翰林一事来发议论。虽然所举的事情不合史实，但费行简却敏感觉察到了王闿运的学术思想与蜀中固有学派之间存在冲突。按理说，四川和湖南都地处偏远，乾嘉朴学盛行于吴、皖之时，蜀学、湘学皆寂寂无闻，两省学者的学术处境是比较一致的，但两派的学术进路却貌合神离。所谓貌合，是指蜀学和湘学都走的是博杂的路子，既不依傍乾嘉考据之学，又不屑与常州派今文经学为伍，而是独树一帜。所谓神离，是指蜀学之博杂，是杂采三教，湘学之博杂，是杂采古今。章太炎说：王闿运“从词章入经学”，“不专取《公羊》，亦杂采古今文”。可谓得之。费行简称蜀人闻王闿运之说，幡然改习注疏、诸史、《文选》之属，正是有感于蜀中旧学乃三教九流之学，不登大雅之堂，经王闿运一番教化，风气始变。
但这一变，并没有按照张之洞等人当初的设想，培养出一批精通江浙朴学的人才，而是让蜀学走上了湖湘派古今文兼采的路子。其中的根本原因在于蜀学和湘学在清代的学术处境相似，更能互相接纳。王闿运初到成都，就对尊经书院的学生说：“治经以识字为贵，非识《说文解字》之文字为贵。”此话后来被廖平等弟子奉为圭臬。1912年，刘师培在四川国学学校任教时，主张墨守许慎的《说文解字》，认为“许书上合古籀，信而有证，旁逮俗文，莫不毕载。信夫!范围不过，曲成不遗者矣。”这两种对《说文》的态度，背后恰好反映出蜀学、湘学与江浙一带朴学的根本分歧。乾嘉朴学主张以字解经，而蜀学、湘学重以师说、家法、条例解经。当时，廖平弟子蒙文通受刘师培的影响，喜读《说文》，廖平立即责备他：“郝、邵、桂、王之书，枉汝一生有余，何曾解得秦汉人一二句，读《说文》三月，粗足用可也。”此后，蒙文通遂“循廖氏之旨以治经，惟家法条例之求，而不屑屑于训诂名物矣”。
如果说王闿运的经学有什么特点的话，最突出的一个就是注重《仪礼》。他在出任掌教之日，即进诸生而告曰：“治经于《易》，必先知易字含数义，不当虚衍卦名。于《书》，必先断句读。于《诗》，必先知男女赠答之辞不足以颁学官、传后世。一洗三陋，乃可言《礼》。《礼》明然后治《春秋》。”《世载堂杂忆》记载：“王壬秋最精《仪礼》之学，平生不谈《仪礼》，人有以《仪礼》问者，王曰：‘未尝学问也。’黄季刚曰：‘王壬老善匿其所长，如拳棒教师，留下最后一手。’”王闿运精于《仪礼》是对的，但黄侃说的匿其所长却大错特错了。《湘绮楼日记》中就有王闿运与尊经书院学生一起钻研《仪礼》的记录：光绪五年五月十八日，“廖生问郑注殇服中从上下之异。余初未寻检，夜列表未尽。廖云程易畴言不功殇中下无服，郑说不可通，似亦有理。属廖总列殇例观之。自此又将从事于《礼经》矣。”
《礼记·礼器》曰“诵《诗》三百，不足以一献”，充分说明了实践礼仪的重要性。王闿运掌教之前的尊经书院，典礼仪式比较简单，《张文襄公年谱》曾提到“院中为飨堂，祀蜀中先贤经师”，并没有说明祭祀的具体细节，但从后面王闿运对院生们习礼的描述来看，尊经书院初期没有对学生进行过这方面的训练。王闿运出任山长后，一反以往的教学方式，不仅教书院学生研究《仪礼》，还特别注重让学生实践《仪礼》。从《日记》中，我们可以略窥当年书院师生们习礼的过程。例如，“光绪六年八月九日，夜删定《乡饮酒》礼，似尚可行。十日，与诸生演释奠礼及饮酒礼，凡二次，手脚生疏。……薄暮复演，稍已成章。十一日，寅起，俟明行释奠礼，辰正观祠，吴、张、薛监院行礼。午后再演乡饮酒礼。十二日，雨。日中行乡饮酒礼，诸生至者四十余人，齐之以礼，甚为整肃。请松翁为馔者，升坐，无算爵。”这一天由于没有限定饮酒爵数的饮酒礼，大家至醉而止，发生了张孝楷、杨炳烈两个院生酒狂骂坐之事，“一堂愕眙，牌示责之”。第二天，王闿运还为此事郑重发布了一篇教示。紧接着，这一年的十二月十六日，又举行了一次释奠：“与监院诸生释奠，朝食后于讲堂行燕礼，未正乃罢，筋力已觉不支，幸馔羞未备，得少息耳。……已，复集堂上会食，礼成，颇有整肃之观。”践礼的效果很快就表现出来了，《日记》记载：光绪七年二月十五日，“释奠时班甚整肃，礼毕后以羊豕祠三君，监院行礼，待口人，至辰正方至。祠已，出堂点名，诸生威仪济济，殊徵为学之效，余心甚喜。……张生祥龄与杨生锐不和者四年，似是不解之怨，今日置酒修好，尤为大喜。”《日记》里没有说明张、杨修好的原因，但《年谱》里直接指出二人是因为在一起习礼后，关系才发生好转的：“二月十日，大昕，行视学礼，张祥龄子绂与杨锐叔乔不和者四年，同学皆以为不解之怨，释奠后，张、杨置酒修好，府君欣赏，以为足徵为学之效也。”
《乡饮酒礼》和《燕礼》都出自《仪礼》，王闿运以之教蜀士，不仅达到了劝戒感化的作用，而且预示了后来蜀学发展的某些主要特征，例如，宋育仁提出的“复古改制”说；廖平摒弃以文字分今古文的旧说，创立以礼制平分今古文的学说；吴之英穷三十之力，作《仪礼奭固》《仪礼夷固礼事图》《仪礼奭固礼器图》等，可能早已在书院生活里那一次次威仪济济、整肃庄严的习礼中就开始萌芽了。所以，后来费行简概括评价王闿运在尊经书院的成就和影响时说：“院生日有记，月有课，暇则习礼，若乡饮、投壶之类，三年而彬彬进乎礼乐。其后廖平治《公羊》《榖梁春秋》《小戴记》，戴光治《书》，胡从简治《礼》，刘子雄、岳森通诸经，皆有家法，未尝封于阮氏《经解》，视诂经、南菁、学海之徒曰：‘经解者，盖不可同日语。’蜀学成，还主长沙校经书院。”
三 近代蜀学的兴起
光绪六年十二月二十三日(1881年1月22日)，王闿运为四川尊经书院撰了一副春联：“考四海而为隽；纬群龙之所经。”这是一副集句联，上联出自左思《蜀都赋》，下联出自班固《幽通赋》，两句合起来的意思是说，尊经书院这群学生堪称四海之内最卓越的人才，我要用儒家的经典培养和造就他们。王闿运认为这副对联“颇与此书院相称。”由此看来，人才济济，特别是经学人才荟萃是尊经书院的一大特色。前面曾提到，创建尊经书院的一个重要起因就是原有的锦江书院人才造就不广，所以尊经书院建立以后，历任学政都十分注意从中选拔优秀人才。本来“蜀士三万，院额百名”，能进入尊经书院肄业的学生就已经算是蜀士中的佼佼者了，但学政仍然将他们进行筛选排序，挑出其中最出类拔萃的几个学生，重点栽培。这样一来，将会在中国近代史上产生深远影响的几个人物纷纷脱颖而出。
光绪二年三月，张之洞按试眉州(今四川眉山市)，正逢苏祠竣工，作《登眉州三苏祠云屿楼》一首，诗中有句云：“共我登楼有众宾，毛生杨生诗清新。范生书画有苏意，蜀才皆是同乡人。”自注：“仁寿学生毛席丰、绵竹学生杨锐、华阳学生范溶，皆高材生，召之从行读书，亲与讲论，使揅经学。”张之洞提到的这三个人都是尊经书院的首批学生，其中“毛席丰”应为“毛瀚丰”之误。杨锐，字叔峤，戊戌六君子之一。范溶，字玉宾，光绪二十年进士，擅长书法绘画，张之洞《创建尊经书院记》的楷书碑文就出自其手。张之洞的这首诗是后来有名的“尊经五少年”的雏形。“尊经五少年”的提法始见于光绪三年正月初六日张之洞致继任学政谭宗浚的信：“蜀才甚盛，一经衡鉴，定入网罗。兹姑就素所欣赏者，略举一隅。”他所举的五少年是杨锐、廖登廷、张祥龄、彭毓嵩、毛瀚丰。其中的廖登廷就是后来被称为“经学最后之壁垒”的廖平。谭宗浚上任后，又将“尊经五少年”的名目扩而广之，写成《尊经书院十六少年歌》，除前面的五少年外，又加入华阳范溶、华阳傅世洵、宜宾邱晋成、乐山张肇文、忠州任国铨、成都周道洽、富顺宋育仁、成都曾培、犍为吴昌基、成都顾印愚、江津戴孟恂等十一人，这些人中的大部分构成了二十年后蜀学兴起的中坚力量。
光绪二十四年(1898)，宋育仁出任尊经书院山长，此时正值维新运动如火如荼之际，尊经书院成为四川维新派的一个重要基地。宋育仁、廖平、吴之英等人依托尊经书院，创办蜀学会、蜀学报，以学、会、报一体的方式宣传维新变法思想，与在京的四川籍官员杨锐、骆成骧等遥相呼应，一时间蜀学声势大振。这一时期通常被视为近代蜀学崛起的标志，既然如此，那么它具有哪些基本特征呢?
从张之洞、王闿运在尊经书院所施行的经学教育来看，里面没有任何涉及西方思想文化的内容，而变法需要了解西学，这是一个起码的前提。尊经书院学生了解西学主要通过两种途径：一是当时的时务书籍与报纸，一是传教士赠阅的基督教书籍。这种知识结构决定了经学与西学在他们心目中的主次关系和优劣地位。从近代蜀学兴起之始，在如何对待西学的问题上，许多代表人物，例如，杨锐、廖平、宋育仁、骆成骧、吴之英等，始终陷于这样一种悖论当中：一方面他们都赞成变法、主张维新，另一方面他们又都不推崇西学。这是近代蜀学的一个重要特征，可以看出受张之洞“中体西用”说的影响非常大。例如，吴之英在《蜀学会报初开述义》中说：
然则会何以购西书报，何以采西说?曰：此所以尊周孔也。窥鸠巢者，非欲化鸠，怒其夺他巢而据之也。探虎穴者，非欲化虎，将欲得其子而缚之归也。句践不履吴王之庭，不能老之甬东；康成不入何君之室，不能操其戈以伐之也。英与宋君、廖君之纪纲斯会者，此意也。不惟英与宋君廖君之意，会中人意也。会中人意即蜀中人意也。亦即中国人士积久欲发之意也。
这段话表明，近代蜀学的一些代表人物完全是站在尊经尊孔的基本框架下追求维新的，主张向西方学习只是迫于危亡之际的权宜之计。在尊经与救亡的张力之下，产生了近代蜀学特殊的话语方式。例如，宋育仁《复古即维新论》曰：“今天下竞言变法，不必言变法也，修政而已；天下竞言学西，不必言学西也，论治而已；天下竞言维新，不必言维新也，复古而已。”又如，廖平《改文从质说》认为今之泰西诸国“考其政治法令，其得者颇有合于古之圣人，至其礼教风俗，则与中国如水火黑白之相反”，这正是“极古今中外之变而求一与文(中学)相对相反之质”。
从经学的角度理解西学，可以说是以尊经书院为代表的近代蜀学的一大特色。光绪二十年(1894)，宋育仁以参赞名义出使英、法、意、比四国，写成《泰西采风记》四卷，鼓吹“西国之政，多近《周礼》”，这一说法几乎得到当时蜀学内部许多人的认可。他还认为：“《春秋》经世，先王之志，实万国之公法，即万世之公法。如会盟、朝聘、侵伐、平乱、行成、存亡、继绝、国等、使臣爵等、会盟班次，无事不备，无义不精，此类皆西书公法所斤斤聚讼，讫无定论者。”如果不读这段话，我们根本无法理解宋育仁在《渝报》上长篇累牍连载《公法总论》的真实意图。与宋育仁一起创办《渝报》的退职官吏，巴县人潘清荫在《经史之学与西学相为贯通说》一文中甚至认为：“苟明中土之旧规，即可无诧欧洲之殊俗，又况失官而学在四夷，且可参彼之有馀，以佐吾之不逮乎?”
过去的学者在研究维新变法时期的蜀学人物时，往往只强调他们兴实业、办洋务的种种事迹，而忽视了他们根深蒂固的经学本位思想。事实上，维新变法时期，蜀学会举行会讲，对西学、时务只字不提，尽管《蜀学会章程》提出：“统古今中外语言文字、天、地、舆、化、重、光、声、电、气、力、水、火、汽、地质、全体动植、算医、测量、牧畜、机器制造、营建、矿学，皆听人自占，与众讲习，如有新得之学，新得之理，登报表扬。”但又强调“会学原为发扬圣道，讲求实学，圣门分科听性之所，近今为分门别类，皆以孔子经训为本，约分伦理、政事、格致为三大门。”从《蜀学报》每一期连载的《学会讲义》中可以看出，会讲的内容根本没有涉及政事、格致两门，全部在谈伦理一门，而且只讲《孝经》。正如宋育仁对会讲所作的总结：“兴蜀学以伦理为主，故每届专讲《孝经》。蜀学报论撰，首冠《人伦说》，即是蜀学宗旨所标。政事一门，亦专主稽求经术，明周、孔经世，《论》、《孟》言治，皆主封建、井田之世，立法与郡县且有不同，更无论外国民权、民主诸野说，故论井田、封建，是探古制起点所在，不得牵合汉唐，附会时务。”宋育仁所提到的“蜀学宗旨所标”的《人伦说》，由名山吴之英撰写，文章开篇就说：“人道以彝伦为重，而西学谓人受天地之气以生，父母特托始焉，故立敬天之说，据公法以割私情，其议炽若将燎焉，学会开讲以此发端，因撰是篇，原其所自。”此外，蜀学会首次会讲时，廖平也提出：“孔子志在《春秋》，行在《孝经》。《孝经》是内圣，《春秋》是外王，内圣可以统外王，故孝经可以统万事。倘于孝字之外别求一道、别定一名，万不能统也。”
从上述这些关于蜀学宗旨的言论和主张中，我们看不到维新变法的理论，也看不到改良主义的见解，相反，却仿佛看到了1874年张之洞等人创建尊经书院时的设想，看到了文翁遣蜀士入长安受经的初衷，看到了王闿运耗尽心力教诸生演习《仪礼》所要恢复的伦常。以《孝经》为道之根源，“六艺”之总会，这原本就是西京之学的教义，尊经书院及其所开启的近代蜀学一直试图秉承这一传统，因而在风云变化的近代历史上独树一帜。尽管生活的世界发生了翻天覆地的改变，尽管从戊戌变法、保路运动、辛亥革命、新文化运动一路走来，近现代历史上每一个重要的关口，都会出现尊经书院学生的身影，但尊经书院为他们镀上的这层底色却始终不曾褪去。
