陆、王二人均明载五军营辖十二营，“管随驾骑兵”。《会典》均无十二营之名，而于五军营下记“千二营……管随驾摆列马队官军”。《实录》亦未提及十二营，而宣德八年（1433年）四月有人建议：“神机营旧兼统千二营官军，近罢遣还伍。然是营置已十余年，请如旧。上曰：此皇祖在军中时所置，盖一时权益。” [65]则此营当为朱棣北征时所置，所谓属神机营，当指在大营中与神机铳手协同作战。到宣德八年后期，神机铳手已独立成营，且专司训练，无作战任务，所以宣宗以“军中时所置”而撤销。但《会典》与陆、王等言之凿凿，不可能简单地记录永乐后期亲征军的作战体制，肯定是正统时期复设，管领原大营所辖随驾骑兵。这样，平时的五军营既统领战时担任主力的五军哨掖，又统领皇帝直领的中军、围子手、幼官舍人、余丁和部分随驾骑兵，与战时大营体制不同。
　　关于三千营的职能，有两种说法。郑晓认为：“三千营皆马队，专扈从出入，管车辇宝纛等事”[66]，是皇帝的侍从单位，《明史》则认为“三千肆巡哨”。上文已经辨析，在永乐后期的亲征军中，三千马队由驾前精锐转变为巡哨前锋，两种说法一取早期源起，一取晚期制度。京营成立后的训练体制中，三千营仍保留了亲征军体制的痕迹。正德《大明会典》载，三千营下设五司，其中四司由各类掌旗上直军构成，第五司“管杀虎手、马轿及前哨马营上直官军、随侍营随侍东宫官舍、辽东备御回还官军。”[67]“前哨马营”定系第四次北征吞并而来，而其他四司的“上直官军”，应为侍从皇帝的上直各卫军士。显然，平时的三千营既训练充任前锋的哨马部队，又训练坐镇后方的皇帝警卫部队，也非战时体制。
　　宣德三年时提到旧制：“神机营设左哨、右哨、左掖、右掖、中军一十有五司及随驾马队官军。”[68]与正德《大明会典》所载神机营分中军与左右掖哨共十六司，又下辖五千下营“管操演火器及随驾护卫马队官军”[69]基本一致。这部分随驾马队是“永乐中得都督谭广马五千匹”[70]组建的，独立性较强，到正统四年还有“给神机营并五千马队官军马二千匹”[71]的事例，可能到正统后期正式归属神机营，如《大明会典》所载。如此，神机营也如三千营，既包括担任主力作战的神机铳手，也包括充任皇帝侍卫的骑兵，与三千营不同的是，这些骑兵使用火器。到亲征作战时，五千下营的骑兵应与三千营四司军士一起直属皇帝。更值得注意的是，神机营的规模很大，体制与五军营相同，从永乐后期作战分五军和前锋、无神机兵独立成军的体制看，神机营的十六司部队到战时一定是按照对应关系，分别配属五军的中军和各哨掖，而非独立作战，即平时的神机营所统，战时分归五军和皇帝直属部队。
　　三大营之外，另设府军前卫营。府军前卫本是洪武时期上直卫之一，兵将与蓝玉素有渊源，在蓝党案中横遭屠戮，罢废不设。永乐十三年（1415）重设府军前卫，“四方选至幼军数万，悉听隶（薛）禄训练。”[72]到宣德五年，“作府军前卫幼军营于京城内之西南隅。”[73]在正统时期，幼军与舍人经常并称，但两者截然不同。幼官、舍人、年幼余丁均为不到承袭年龄的少年，隶父兄所在卫所军籍，而不占军额，编为五军营下的幼官舍人营和殚忠孝义营。幼军虽也从年少隶军籍者中选取，却不隶原卫所，而隶府军前卫。府军前卫营严格独立于三大营 [74]，而为三大营提供后备士兵，如正统二年：“府军前卫军士累因选补别伍操备，凡有事故，不能周知。乞仍旧编伍，令原管官旗管领。上曰：选操已定，不必再动。”[75]
　　可以推定，永乐二十二年亲征军还京后，最初保持着大营、五军哨掖、巡哨体制，逐渐以担任巡哨的前锋部队和部分驾前骑兵（四司上直官军）组建为三千营，以本分属五军和大营、巡哨前锋的神机铳手和部分驾前骑兵（五千下营）组建为神机营，以大营中的中军、部分驾前骑兵（千二营）、围子手营、幼官舍人营、殚忠效义营和五军左右哨、掖组建为五军营，内部保留“大营“建制，而另建府军前卫营补充各营缺额。
　　在亲征军中，神机兵先属大营、后分派五军，三千马队先担任御前精锐、后充当前锋，规模较小，编制、归属也不稳定。而在三大营中，神机营采取类似五军营的五军建制，三千营也设有五司之多，每营都统领部分随驾官军，三营的规模和职能趋于协调一致。这是典型的训练而非作战体制，若有皇帝亲征，绝非三营分居内外、并列出战，而当如永乐最后三次北征，以三大营下属各单位重新编组军队，其中皇帝坐镇五军营中的大营，直接指挥中军、随驾骑兵与神机兵、围子手营等，五军哨掖配备神机营哨掖展开，三千营中的一部分则充任前锋。
　　另外，正德《大明会典》载，五军营辖京卫军与轮班军，三千营辖上直军 [76]，似有明确的职能分工。可是，如果五军营和三千营有严格统领不同卫所的限制，神机营十六司的军士又是来自何方卫所呢？
　　宣德六年（1431），“清平侯吴成言：所统三千队伍，汉、鞑官军比年以来屡有死亡及以老疲调去，队伍多阕。请于五军诸卫汉鞑官军中选其精锐者补充，从之。”[77]三千营至少统领一部分在京的“五军诸卫”军士，即五军都督府诸卫军。正统元年（1436），“镇守大同太监郭敬奏：原给有马官军一千，内选择五百跟随，累出口提督操备。今御史、给事中奉朝命将原跟随人马调散……已选入三千营内编定队伍。冀于各卫见操有马官军内选五百人随之……太原三护卫官军二千四百余人……请开设山阴、马邑二千户所……各官军多有选入三千营巡哨及习熟神铳手，队伍已成，不宜调为二处分其势力。” [78]太原三护卫官军是从晋王府调守大同的，则以上两部分选入三千、神机营的军士，都来自大同地区的卫所。显然，三千营所统军士来自内外各类卫所，不限于上直卫。
　　宣德五年（1430），“成国公朱勇言：旧时五军，每军步骑二万人，后调大同等处备御。今五军总有五万七千余人，而神机诸营比旧亦少。扈从征调不足于用。请令行在兵部如旧取补。上命兵部于京卫选士卒通十万，隶五军训练。”[79]“旧制”指永乐后期的亲征军体制，调大同等处备御者，当指最初留京的亲征军在八万人轮班赴京上操后，来自边镇的五军哨掖部队多还镇。正统元年（1436），“在京选操官军已十万余，遇警足用……请以附京卫所官军仍令操备，其河南等都司及南直隶卫所悉免调……不准。”[80]五军营只剩不足六万人，轮班制度又一直未废，说明八万轮班军必然不全属五军营。上引“通十万”指由京卫军补足五军营十万之额，而此处“十万余”指三大营中的京卫军士总额，加上轮班军则超过十八万。而五军足额十万、神机足额七万多，再加上规模较小的三千营，三营足额与京卫、轮班军之和相当，可知轮班军是分派五军和神机二营的。早在洪熙元年（1425），“请以缘边山海等一十六卫旧拨神机营官军暂留守备，别选近卫官军更代赴京操练。从之。”[81]“缘边山海”等卫，当为后军都督府属卫。宣德三年（1428），“旧制，神机营……共七万五千七十有一人。其后调口外守备、征进及亡故者众，各司军数多寡不均，请选内地卫所军士补之……敕通州、神武、定边、蓟州等五十有三卫指挥、千、百户葛森等，各领轮班放回神铳手官军星驰北京。”[82]通州等卫包括了亲军卫和后军都督府属卫，显然属于“轮班放回”的八万轮班军。总之，五军营和神机营均兼统京卫军和轮班军，《大明会典》之说可能指大营尚重、神机营未独立的京营设立初期情形。
　　三大营突破了亲军卫、京卫、外卫的界限而各统内外卫所，各营下属的各司更是打乱了卫所编制。按府司卫所编制统率部伍，虽便于统一管理，却不利于提高战斗力。明太宗在第二次北征后命令：“今后征发，令总率之人各选部属，庶几可得精壮”[83]，还只是调整高级将领的部属，到永乐后期，卫的界限已经打破：“监察御史邓真言：……洪武中各卫旗、官、军士编成队伍，各有统属。今无知小人擅收别卫军士入伍，又行招纳逋逃，藏匿有罪及无赖之人以为己用，此军政之弊也。”[84]永乐亲征时，亲军卫和京卫全伍出动 [85]，但军分各营，营下设队，管队官统旗、军，并不按照卫所组军。京营成立后，诸营统哨掖或诸司，再下统各队，都司卫所的统属关系更被忽略。宣德末，“围子手营队伍有以二十卫以上足成一队者，有三卫至十九卫足成一队者，又有一卫官军分入诸队者，亲管官旗难以管属。合照卫归并成队……从之。”[86]“亲管官旗”的权力当然不如把总、管队等官，归并也只是空文，到正统末，“神机营原有一十六司……各卫军士，有一卫分隶十数处者。”[87]破除卫所界限的根本原因，当是三大营的军队不断调出守边或作战 [88]，而缺额则反复从整个北方地区的卫所中选补。除上述洪熙元年、宣德三年、五年和正统元年事例外，又如正统二年（1437），“五军营原操马步官军，调遣各边备御并逃、故者，共缺二万五千有奇。乞命官于五军属卫及亲军卫分并河南、山东、大宁三都司官军内选补。”[89]到正统末年，京军又大量调往山西和南方，如果不是发生了土木之变，这些缺额还是会很快填足的。每一次选补和调动都是抽取各卫所中一小部分军额，都意味着卫所编制的又一次破坏。