爰及赵宋，周、程、张、朱所读之书，先儒之疏也。读义疏之书，始能阐性命之理，苟非汉儒传经，则圣经贤传久坠于地，宋儒何能高谈性命耶！后人攻击康成，不遗余力，岂非数典而忘其祖欤！[24] (附录：国朝宋学渊源记，P153)
而宗宋学者则不以为然，认为孟子之后孔子之道晦而不明，端赖宋儒才得以传孔、孟不传之学。康熙年间熊赐履撰《学统》，以孔子、颜子、曾子、子思、孟子、周敦颐、程颢、程颐、朱熹九人为正统，而周敦颐“上续邹、鲁之传，下开洛、闽之绪”，程颐“卒得孔、孟不传之学”，朱熹则“集诸儒之大成”。（注：见熊赐履：《学统》卷六《正统·周濂溪先生》、卷八《正统·程伊川先生》、卷九《正统·朱晦庵先生》，经义斋刻本。）谁是得圣人之真传，系宋学、汉学二家分歧之所在。而其焦点则如皮锡瑞所说，“戴震作《原善》、《孟子字义疏证》，虽与朱子说经牴牾，亦只争一‘理’字”。[25] (P313)从宗宋学的方东树所撰的《汉学商兑》来看，尽管他在书中点名指责许多汉学家，而其最不满者则是戴震的“厉禁言‘理’”：
顾(炎武)、黄(宗羲)诸君，虽崇尚实学，尚未专标汉帜。专标汉帜，则自惠(栋)氏始。惠氏虽标汉帜，尚未厉禁言“理”；厉禁言“理”则自戴氏始。自是宗旨祖述，邪□大肆，遂举唐、宋诸儒已定不易之案，至精不易之论，必欲一一尽翻之，以张其门户。[26] (P259-260)
方东树甚至斥责其“较之杨、墨、佛、老而更陋，拟之洪水猛兽而更凶”。[26] (P401)此外，宗宋、宗汉二者之互攻，也含有意气之争。如纪晓岚在《四库全书总目·经部诗类总叙》中所说：“然攻汉学者，意不尽在于经义，务胜汉儒而已；伸汉学者，意亦不尽在于经义，愤宋儒之诋汉儒而已。各挟一不相下之心，而又济以不平之气，激而过当，亦其势然欤！”[27] (P186)翁方纲也认为，当时治汉学者、治宋学者所存在弊端的“受弊之由，曰果于自是，曰耻于阙疑。是二者皆意气之为也，非学也。”[28]
宗宋学者与宗汉学者之间的互相攻讦，见于他们的文章、书信中。嘉、道之际，江藩先后撰《国朝汉学师承记》、《国朝宋学渊源记》，扬汉抑宋；其后，方东树起而回应，撰《汉学商兑》力加攻驳，扬宋抑汉，则都著为专书。这大概成为人们所说的“汉宋之争”的标志。其实两人也没有进一步争论，《汉学商兑》刊行时，江藩已病故，他未能看到该书，也不可能给予反驳。皮锡瑞对二人作了评论：
平心而论，江氏不脱门户之见，未免小疵；方氏纯以私意肆其谩骂，诋及黄震、顾炎武，名为扬宋抑汉，实则归心禅学，与其所著《书林扬觯》，皆阳儒阴释，不可为训。[25] (P313-314)
方东树所著是否“皆阳儒阴释”，可以探究，但皮氏对二人的批评，尚属公允。
乾隆、嘉庆、道光年间，宗宋学者与宗汉学者确存门户之见，互相诋讥。不过对于他们的立门户、争道统，也不宜过于夸大，把它绝对化，应全面看待清代宋学、汉学的关系。无论江藩的《汉学师承记》、《宋学渊源记》，还是方东树的《汉学商兑》，都带着强烈的门户之见，各扬所扬，各抑所抑。他们在论述宗汉者或宗宋者的治学时，都只及一点，不计其余，突出对己有利的，回避、掩盖对己不利的。例如，江藩在《汉学师承记》刘台拱传中称：“君学问淹通，尤邃于经，解经专主训诂，一本汉学，不杂以宋儒之说。”[24] (P116)然而同为汉学家的王念孙，对刘台拱治学的评论却与江藩不同，他说：“端临(刘台拱字)邃于古学，其于汉、宋诸儒之说，不专一家，而惟是之求。”[29] 江藩囿于门户之见，排拒宋学，不如王念孙实事求是。江藩的偏见，明显体现在《汉学师承记》将黄宗羲、顾炎武“附于册后”，不入正传，理由是：“两家之学皆深入宋儒之室，但以汉儒为不可废耳。多骑墙之见、依违之言，岂真知灼见者哉！”[24] (P133)方东树在《汉学商兑》中也是着力攻驳汉学家的“厉禁言‘理’”、“由训诂以求义理”等，于其肯定宋学的言论或汉宋兼采者均避而不谈。二家所说，都不是全面反映当时汉学、宋学的关系。
乾、嘉之时，汉学盛而宋学衰，虽有门户之见，但并不绝对互相排斥。尽管宋学的学术地位在下降，然而程朱理学毕竟是官方统治思想，科举考试必以朱熹的《四书章句集注》为据，儒者从小就濡染于是。而程朱理学所强调的纲常伦理，是儒者所遵行的。所以，汉学家惠士奇手书楹帖：“六经尊服、郑，百行法程、朱。”钱大昕对朱熹也很敬仰，在《朱文公三世像赞》中称：“孔、孟已远，吾将安归？卓哉紫阳，百世之师。……立德不朽，斯文在兹。”[30] (P274)他之尊重宋儒，在于德行：
濂溪氏之言曰：“实胜，善也；文胜，耻也。”儒者读《易》、《诗》、《书》、《礼》、《春秋》之文，当立孝弟忠信之行。文与行兼修，故文为至文，行为善行，处为名儒，而出为良辅。程、张、朱皆以文词登科，惟行足以副其文，乃无愧乎大儒之名。[31] (崇实书院记，P325)
段玉裁晚年曾追悔专注于训诂考据，“寻其枝叶，略其根本，老大无成”。他所说的“根本”，即程朱理学关乎身心伦理者。段玉裁在《博陵尹师所赐〈朱子小学〉恭跋》一文中推崇朱熹说：
盖自乡无善俗，世乏良材，利欲纷拏，异言喧豗。而朱子集旧闻，觉来裔，本之以立教，实之以明伦敬身，广之以嘉言善行。二千年贤圣之可法者，胥于是在。[22]
即使深持门户之见的江藩，在制行上也称许宋学，且指责于汉学“有一知半解者，无不痛诋宋学。然本朝为汉学者始于元和惠氏，红豆山房半农人手书楹帖云：‘六经尊服、郑，百行法程、朱。’不以为非，且以为法，为汉学者背其师承何哉！”[24] (附录：国朝宋学渊源记，P154)治经宗汉，制行宗宋，这是当时许多汉学家奉行的宗旨。
清代汉学、宋学的关系，治汉学者除去“百行法程、朱”外，在学术上也有对汉学、宋学持平、兼采的。在顺治、康熙年间，汉学始萌生，尚不存在汉、宋门户之见，即如方东树也认为黄宗羲、顾炎武等人“尚未专标汉帜”，论者以为其时为汉宋兼采。江藩《汉学师承记》说：康熙朝，“凡御纂群经，皆兼采汉、宋先儒之说，参考异同，务求至当”。[24] (P4)纪晓岚则从另一角度来说明：“国家功令，《五经》传注用宋学，而《十三经注疏》亦列学官”，“以宋学为宗，而以汉学补苴其所遗”。[32]
乾嘉汉学盛行之时，被称为“汉学家大本营”的四库全书馆，其馆臣如纪晓岚、戴震等，对于汉学之短并不回护，对于宋学也不一概排斥。戴震认为：“圣人之道在《六经》，汉儒得其制数，失其义理；宋儒得其义理，失其制数。”[20] (与方希原书，P375)纪晓岚则说：
夫汉儒以训诂专门，宋儒以义理相尚。……至《尚书》、《三礼》、《三传》、《毛诗》、《尔雅》诸注疏，皆根据古义，断非宋儒所能。《论语》、《孟子》，宋儒积一生精力，字斟句酌，亦断非汉儒所及。盖汉儒重师传，渊源有自。宋儒尚心悟，研索易深。汉儒或执旧文，过于信传。宋儒或凭臆断，勇于改经。计其得失，亦复相当。[33] (P9)
戴、纪二人对汉学、宋学长短、得失的评论是实事求是的。在《四库全书总目》中，对很有影响的汉学家惠栋治经泥古之短也不回护，在评其《左传补注》时说：“盖其长在博，其短亦在于嗜博。其长在古，其短亦在于泥古也。”[34] (经部二十九·春秋类四，P380)《四库全书总目》对于宋儒之书，如朱熹《四书章句集注》也予以称许：
《中庸》虽不从郑注，而实较郑注为精密。盖考证之学，宋儒不及汉儒；义理之学，汉儒亦不及宋儒。言岂一端，要各有当。……观其去取，具有鉴裁，尤不必定执古义相争也。……大抵朱子平生精力殚于《四书》，其判析疑似，辨别毫厘，实远在《易本义》、《诗集传》上。读其书者，要当于大义微言求其根本。明以来攻朱子者务摭其名物制度之疏，尊朱子者又并此节而回护之，是均门户之见，乌识朱子著书之意乎！[34] (经部三十五·四书类一，P461-462)
乾、嘉之时的汉学家中，主汉宋兼采者不乏其人。如程晋芳治经“综核百家，出入贯串于汉、宋诸儒之说。”[35] (卷14，蕺园程先生墓志铭)翁方纲批评当时学者“稍窥汉人涯际，辄薄宋儒为迂腐，甚者且专以攻击程、朱为事”，[35] (卷12，送卢抱经南归序)强调“以考订为务，而考订必以义理为主”。[35] (卷7，附录：与程鱼门平钱、戴二君议论旧草)许宗彦对汉学、宋学偏失皆有批评，阮元在为其撰写的传中说：“集(指《鉴止水斋文集》)多说经文，其学说能持汉、宋儒者之平。”[36] (浙儒许君积卿传，P402)阮元自己必是“持汉学、宋学之平”，认为“两汉名教得儒经之功，宋、明讲学得师道之益，皆于周、孔之道得其分合，未可偏讥而互诮也。”[36] (拟国史儒林传序，P37)龚自珍称阮元是“汇汉、宋之全”。[37] (阮尚书年谱第一序，P227)刘宝楠治经受从叔刘台拱的影响，治汉学，也推崇朱子。其子刘恭冕在《〈论语正义〉后叙》中称刘宝楠“不为专己之学，亦不欲分汉、宋门户之见，凡以发挥圣道，证明典礼，期于实事求是而已。”[38] (P798)胡承珙以治汉学名，但主张“治经无训诂、义理之分，惟取其是者而已；为学亦无汉、宋之分，惟取其是之多者而已。汉儒之是之多者，郑君康成其最也；宋儒之是之多者，新安朱子其最也。”[39]
其时，主张汉宋调和、兼采的不独汉学家，宗宋者亦有之。前面提到的姚鼐，即倡合义理、考据、辞章为一事。即如方东树虽不满于治汉学诸家“欲以扫灭义理”，但也肯定其音韵训诂的成就：“考汉学诸人，于天文、术算、训诂、小学、考证、舆地、名物、制度，诚有足补前贤，裨后学者。”[26] 认为“训诂名物制度实为学者所不可阙之学”，其《汉学商兑》也不离汉学考据方法。其他如姚鼐高第弟子刘开，在其《学论》一文中，提出了“尊师程、朱”，“兼取汉儒，而不欲偏废”。[40] 接近桐城派的夏炯，曾肆力于汉学，后专宗宋学，攻击治汉学诸家，但也认为“许、郑、程、朱之学，皆确然不可易之学”。[41] 潘德舆由宋学入词章，也不废汉学，认为：
儒者有三(指郑、孔，程、朱，陆、王)，圣一而已。诚以孔子之言为准则，三儒者皆可以相通而可以相捄。……夫郑、孔之诂名物，博雅详核，而不免于碎而杂；陆、王之言心性，简易直捷，而不免于虚而浮，各得孔子之道二三而已。程、朱之研义理也，持其大中，本诸心性，不废名物，其于人也，如日用之布帛菽粟焉，特其诠解群经，识大略小，自信而好断，不能脗合乎经之本旨赫然有之，孔子之道殆得其五六焉。……学者诚能以程、朱之义理为宗，而先导以郑、孔，通其训诂，辅导以陆、王，求其放心，庶有以捄程、朱之小失，而道学真可见。[42]
潘德舆兼采的不仅是汉学与程朱理学，还有陆王心学，合三者为一，而以程朱理学为宗。与潘德舆见解类似的，有林则徐的门生戴孙。他说：
以训诂之学入圣，十得其四五焉，其失也凿。以程、朱王氏之学入圣，十得其八九焉，其失也窒。以陆、王氏之学入圣，十得其七八焉，其失也荡。夫学之从圣，将以从于道也，去其失，取其得，则与道一矣。[43]
宗汉学、宗宋学者于汉宋调和、兼采，各有所偏。宗宋者以宋学为根本，以宋贯汉，汉为宋辅，汉学是从属的。宗汉者则汉学为根柢，义理由训诂而衍生。
由上所述可以看出，宗汉学与宗宋学者之间既互相贬抑，又调和、兼采。汉学家对汉学、宋学的特点和得失的论断不失公允，对于时人治汉学的弊端也多有批评。至于宗宋学者如姚鼐，对治汉学者的批评也很尖刻，不是无人敢撄汉学之锋。方东树的《汉学商兑》在道光六年(1826)曾将书稿呈送时任两广总督的阮元，阮元助其刊行。方氏在书中点名攻驳阮元的次数最多，阮元应是了解的，但并没有以权势加以压制，反而助成其事，亦见其雅量。况且此时汉学也已是由盛而衰，学术氛围也在变化，其趋势是汉宋调和、兼采，《汉学商兑》的出版说不上是“石破天惊之举”。
乾嘉汉学兴盛时，扬汉抑宋，宋学的学术地位受损。然而宋学的衰颓，不能仅归因于汉学的“垄断”，主要是其自身的原因。如前所述，其时无论程朱理学还是陆王心学，在学理上都无甚创新，只是在重复宋、明儒之说，难免枯萎。道光、咸丰、同治年间的所谓理学“复兴”，不过是落日的余晖。而汉学由于琐碎、脱离实际的弊端，也趋于衰微。汉学盛时，很难说是一元的垄断，程朱理学作为官方的统治思想，仍有其相当的地位；况且，乾隆时庄存与开启了复兴今文经学之端。嘉庆、道光年间，刘逢禄上继庄存与，下启龚自珍、魏源。龚、魏以今文经学议政，开晚清风气之先，流风及于康有为。康氏借今文经学宣传维新变法，其弟子梁启超、欧榘甲等都张其师的学说。谭嗣同、唐才常受康有为的影响，也接受今文经学。湖南人皮锡瑞在长沙参与维新活动，也以今文经学言变法。正是救亡、维新的需要，使今文经学兴盛一时。晚清汉学、宋学虽存而衰，影响大的是今文经学。这一学术多元的格局，本已存在，不是由《汉学商兑》打破汉学一元垄断而造成的。
清代理学虽于学理无甚创新，但在政治上、思想文化上仍有其重要地位和作用。首先，程朱理学是有清一代的官方统治思想，康熙帝等封建统治者着重强调的是其有利于维护封建统治秩序的纲常伦理。而科举考试必以朱熹的《四书章句集注》为据，官宦、士大夫从小就受其影响，所遵行的就是程朱理学强调的纲常伦理。乾嘉汉学盛时，理学地位受损，然而汉学家们的修身仍以程朱理学为宗，所谓“百行法程、朱”。即使到了晚清，西学传播，新学萌发，如崇古文经学的张之洞，也还是“制行宗宋学”。他在纲常伦理受到民权、平等思想冲击时，出而卫道，说“圣人所以为圣人，中国所以为中国”，就在三纲。光绪二十六年十二月(1901年1月)，慈禧太后颁布的变法谕旨中强调三纲五常是“万古不易之常经”，“昭然如日月之照世”，可见程朱理学的地位。其次，程朱理学对社会文化的影响深远。程朱理学不仅是科举考试的依据，也是学校教育之要。清代历朝皇帝不断颁发谕旨，明令书院私塾昌明正学，“一以程、朱为归”。程朱理学在文艺领域也深有影响，如居清代文坛主流的桐城文派，即以崇尚程朱理学为旨归。尤其值得注意的是，清朝统治者极力将程朱理学的思想推行于城乡居民。如同治帝于元年颁布的谕旨中，即饬令“各教官分日于该处城乡市镇，设立公所，宣讲《圣谕》，务使愚顿感化，经正民兴，正学昌明，人才蔚起”。[44] (P1423)再次，总体而言，程朱理学在清代毕竟是走向衰颓，尤其是在晚清，在社会经济、政治的变革中，在西方与中学、新学与旧学的争论中，程朱理学遭到很大冲击，随着清皇朝被推翻，其正统地位随之失落。
