上册的目录为：
编者说明
一、鲍罗廷与国民党二大
对中国国民党第二次全国代表大会政治报告（1926年1月6日）
鲍罗廷在华工作经过（1926年1月6日）
在国民政府欢迎中国国民党第二次全国代表大会代表宴会上的演说词（1926年1月1日）
在中央执行委员会欢宴第二次代表大会代表席上之演说词（1926年1月19日）
鲍顾问与白崇禧之谈话 （1926年2月3日）
二、苏联共产国际与冯玉祥和国民军
一个志愿兵的札记（摘录）（1925年4月--7月）
关于骑兵的报告与普里马科夫同志座谈的速记记录（1926年2月15日）
附：《冯玉祥与国民军》前言（1967年）
冯玉祥莫斯科之行日记（1926年5月9日—8月16日）
刘伯坚同志自库伦报告（1926年9月8日）
冯玉祥回国宣言（1926年9月18日）
蔡和森自莫斯科给守常同志信（1926年9月26日）
冯玉祥给仲甫同志信
冯玉祥回国后之国民军
三、布勃诺夫使团与中山舰事件
中山舰李之龙事件经过详情（1926年4月20日）
关于“三二○”事件的报告（1926年）
关于“三二○”事件后广东情况的报告（1926年4月）
蒋介石关于“整军肃党准期北伐”向国民党中央的建议（1926年4月3日）
蒋介石与国民党二届二中全会（1926年5月14日—22日）
国民党第二届二中全会整理党务案
附1：切列潘诺夫关于布勃诺夫使团的回忆（1976年）
附2：蒋介石在《苏俄在中国》一书中关于中山舰事变的论述
附3：张国焘关于整理党务案的回忆
附4：关于国民革命的分歧——中山舰事件和布勃诺夫使团（1977年）
四、加伦与北伐战争
今后南方工作展望或曰1926年国民党军事规划（1925年9月20日）
加伦对蒋介石计划的意见（1925年9月20日）
北伐前夕——康奇茨日记（节录）（1926年3月20日—4月18日）
加伦关于国民革命军北伐第三期作战部署简述（1926年12月16日）
附1：布勃诺夫听取关于北伐问题的汇报（1976年）
附2：中国国民革命军的北伐（节录）（1976年）
附3：炮兵顾问的回忆（1974年）
五、北伐期间的青年共产国际与中国共青团
青年共产国际执行委员会宣传部致中国共青团的信（1926年10月15日）
青年共产国际执行委员会致中国共产主义青年团中央书（1926年10月18日）
青年共产国际执行委员会反对武装干涉中国的声明（1927年2月6日）
在中国共青团第四次代表大会上青年共产国际代表的报告（1927年5月13日）
中国共产主义青年团第四次全国代表大会宣言（1927年5月26日）
六、罗易来华与“四一二”政变
中国革命的意义（1927年2月22日）
一个警告（1927年2月27日）
注意领导人（1927年3月9日）
共产国际执行委员会就蒋介石发动反革命政变告
全世界无产者和农民以及一切被压迫民族书（1927年4月14日）
革命的基础和社会力量（1927年4月13日—15日）
中共中央关于继续北伐问题的决议（1927年4月16日）
第三国际代表团为帝国主义威吓武汉及蒋介石背叛宣言（1927年4月22日）
七、罗易与中共五大
陈独秀在中国共产党第五次全国代表大会上的报告（1927年4月29日）
中国革命问题和无产阶级的作用（1927年4月30日）
无产阶级和小资产阶级（1927年5月3日）
中国革命的前途和性质（1927年5月4日）
国民革命和社会主义（1927年5月4日）
非资本主义发展和社会主义民主专政和无产阶级专政（1927年5月5日）
布尔什维克的党（1927年5月9日）
中国共产党第五次代表大会（1927年5月12日）
中国共产党第五次大会之意义（1927年5月13日）
八、大革命紧急时期的共产国际及其代表
中国共产党同国民党的关系和中国共产党的独立性（1927年5月24日）
共产国际执行委员会给中共中央的信（1927年5月）
反革命活动和共产党人的策略：防御还是进攻？（1927年6月9日）
罗易给冯玉祥的公开信（1927年6月10日）
陈独秀根据政治局意见致共产国际电（1927年6月15日）
中国（国共两党）国民革命纲领草案（1927年6月15日）
国民革命纲领（1927年6月15日）
国民革命的危机和无产阶级的任务（1927年6月20日）
书记处致上海区委的信（1927年6月23日）
反帝斗争和阶级斗争（1927年6月28日）
共产国际执行委员会致中国共产党中央委员会电（摘录）（1927年7月8日）
共产国际执行委员会关于中国革命当前形势的决议（1927年7月14日）
党的机会主义史（1927年9月）
附：马日事变后共产国际及其代表关于中国革命问题的资料（1963年）
九、附录
负责中国方面工作的共产国际机构
大革命时期来华工作的苏联人员
下册的目录为：
编者说明
一、共产国际、联共（布）中央关于中国问题的争论（上）
关于中国革命的提纲（摘录）（1927年4月14日）
中国革命问题（1927年4月19日）
中国革命问题（1927年4月21日）
中国革命与斯大林大纲（1927年5月7日）
二、共产国际、联共（布）中央关于中国问题的争论（中）
共产国际执行委员会第八次全会（1927年5月18日—30日）
布哈林的报告讨论
布哈林的结束语
中国问题委员会的报告
中国革命和共产国际的任务（1927年5月24日）
附：托洛茨基关于中国问题的第二次发言
共产国际执行委员会第八次全会的总结（节录）（1927年5月）
三、共产国际、联共（布）中央关于中国问题的争论（下）
时事问题简评（节录）（1927年7月28日）
中国革命运动与反对派（1927年8月18日）
对反对派的批评意见（1927年9月27日）
布哈林在中共六大上的政治报告（节录）（1928年6月）
中国革命的回顾及其前途（1928年6月8日）
陈独秀告全党同志书（1929年12月10日）
附：我们的政治意见书（1929年12月15日）
四、附录
反托洛茨基主义和中国机会主义（1929年9月）
关于中国大革命失败的结论（1929年）
陈独秀主义的历史根源——苏联中国问题研究院1930年学术讨论会记录
关于中国共产党在1925—1927年革命中的错误问题（1930年）
论陈独秀主义（1931年9月10日）
托洛茨基给伊罗生的四封信（1936、1937年）
彭述之为《托洛茨基论中国》一书所写的导言（1976年）
由此可知，《共产国际与中国革命资料选辑（1925-1927）》、《联共（布）、共产国际与中国革命文献资料选辑（1926-1927）》中，尽管有的文件目录和《苏联阴谋文证汇编》一书目录所列相同，但是这些文件并不是使用的《苏联阴谋文证汇编》一书中的文字，当然，为了取得确凿的证明，理应进行对照核实。只是目前还不易做到，因为《苏联阴谋文证汇编》实在难找。
谢泳教授说：“关于中山舰事件国内的研究概况，大体以杨天石的观点为基本定论。杨奎松、罗志田等学者在他们的相关文章中多次强调过这一点。我注意到，对中山舰事件研究成果的评价中，有一件重要的档案材料极少为人提起，这就是《苏联阴谋文证汇编》（本文称为档案，只是在一般的意义上使用这个说法，严格说它也不是源文件）。对这一材料的忽视，可能有其它方面的原因，但不指出这一事实，对于学术研究的判断来说是不恰当的。也反映了目前学术研究的规范、学术境界以及学术风格问题，而这一问题如果不是直接触原始材料，有时候是很难发现的。”这表明他是很看重“不是源文件”的《苏联阴谋文证汇编》的，还要进一步研讨对其“忽视，可能有其它方面的原因”，而且会带来“对于学术研究的判断”的“不恰当”。这实在是言过其实了。
据谢泳教授说，到目前为止，只有杨天石教授在1992年发表的《中山舰事件之后》、主编的《中华民国史》，其中有的引文在注释中明确说明是引自《苏联阴谋文证汇编》。可是，这些引文都是可以在《共产国际、联共（布）与中国革命文献资料选辑（1926——1927）》中找到的，只不过是《斯切潘诺夫出席广东苏联委员团共产部集会对于蒋介石与俄共产党间之分裂及利用蒋介石计画之报告》和《斯切潘诺夫关于蒋介石与俄人冲突后俄人在广东现时情形之报告》，在《共产国际与中国革命资料选辑（1925-1927）》中，题目改为《关于"三二零"事件的报告》和《关于"三二零"事件后广东情况的报告》了，文字并没有不同，为什么还一定要从《苏联阴谋文证汇编》中引用呢？
当然，杨天石教授在探讨中山舰事件时，这些资料选辑尚未出版，退而求之《苏联阴谋文证汇编》，这是完全可以理解的，特别加以注明正是负责任的态度。
如果仅就中山舰事件的研究而言，在当时没有《苏联阴谋文证汇编》中提供的资料，如谢泳教授所说：“就没有后来对中山舰事件的新认识，这也就是为什么几乎所有关于中山舰事件及相关的研究中，斯切潘诺夫的报告是引用率最高的一个基本文献。可惜这套早已成型的资料汇编，很少有研究者对它来源及版本情况详加说明。其实在前面提到过的那些回忆录中，已有多处涉及这套资料。”
但是，当学者们审视了那些回忆录的主人之后，还是要小心翼翼地向历史文献去取证的。这些在派系斗争中求生存的政客，他们的话真的都是可信的吗？因此，历史文献的提供确实是在共产国际与中共关系史研究中一个重要方面，对某些问题的深入研究起着关键性的作用，甚至有时会为此使学者感到很无奈。
但是，《苏联阴谋文证汇编》这部书的性质和编选经过，为我们所明晰以后，是不是在今后的共产国际与中共关系史研究中，这里强调地是“今后”，凡是能够从《共产国际与中国革命资料选辑（1925-1927）》、《联共（布）、共产国际与中国革命文献资料选辑（1926-1927）》等资料选辑中取得所需的引文时，就不必再去引用这样一部既难以见到，也“不是源文件”，又是以敌对思想和观点所编选的、冠之以“阴谋文证”的《苏联阴谋文证汇编》呢？
