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如果开始我们就否认应用伦理学作为一门完善、成熟的学科存在，那将会引发许多激烈的纷争；因为迄今为止，很多人都认为应用伦理学作为一门新生的学科已经在世界范围内勃兴。令人失望的是，应用伦理学至今不是一门认真和成形的学科，他依旧限于一种伦理学理论的应用，它只是作为过程，表明一种方法，运用一种哲学理论，“或者要求一般道德提供一种特殊的法则去解决一种特殊的道德复杂问题。”
在什么都“行”与什么都“后”的生活模式奉行的今天，对道德特权的挪用以及对道德能力的篡夺在伦理工具化与生命伦理虚无化的保护下，已开始与我们进行公开的竞争；其诸多原因中最为关键的是，把生命伦理学作为应用伦理学的一个具有代表性的分支，并认为“是以突出民主原则为特征的公民社会的产物，是公民社会的文化发明，是公民社会的道德理论。”
首先，应用伦理学还不是一个真正的学科，它没有一个完整的理论与体系，它只是一个松散、缺乏严密逻辑结构的“应用问题群”，只是便于对实践问题的解释、阐明、陈述和对职业规范的探究，用伦理学的部分理论与研究方法，与社会和人类对话；它只是一种机会主义的研究概念、教育概念和体制化传达语式，并为说教或俗世伦理学的传播而进行的相对主义修补，其运用直觉主义或境遇主义的后现代手段，移植或制造一系列“不证自明的”后经典原则实用主义地、分裂地、常常孤立地对具体问题予以说明。如果我们抛开对道德起源、人的情感与理性依据的研究，单纯就现有的道德规定对日常生活、经济社会和科学实践进行指导，并各自居于某种文化偏爱中以“个人价值”取代人类价值，这种结果如能不造成失误那是一种侥幸，对应当的决定和对善恶的评价是充满风险的事。休谟指出：“首先确立一条一般抽象的原则、而后将之分化为各种不同的推论和推断，其自身可能是更完善些，但更不适合于人类的不完善的本性，是道德和其他各种主题中幻想和错误的一个共同的源泉。” “应用伦理学”显然经常获得以一种方式理解正义原则的人与以另一种方式理解正义原则的人的激烈争论，即使在关键部分怎样解释《旧约》或另外的极权威的经典以及从一篇文本到另外一篇文本的发展，都能得到一致意见，也没有办法使人们的分歧消解。麦金太尔认为，对福柯来说，学术表述问题作为一个谱系学家所带的面具所经受的压力，比尼采所感受的更为紧张 。官方学术史经常把学术研究的成果作为一种面具，尤其是伦理学或生命伦理学的观念，一经应用者的修饰，就与经典作家的道德愿望相抵触，结果，“事实上没有导致任何对真理和理性的进步”，却因没有意识到局限性而成为要求毁灭和自我毁灭的牺牲品。 这一切都是因为“应用伦理学”导引的错误。拉丁语基督教的教条主义神学是由哲学的理论和伦理学的论证广泛传播的，“并是在其自身对真理和和理性的奥古斯丁主义的理解之内得以落实的” ，而这些理解与很多最好的注释者的理解都不一致，如果对一项生命伦理学原则不进行重新注释和学理性研究，没有道德哲学的讨论与创新就不能最后解决堕胎、克隆人技术的善恶评判，再多的社会调查与讨论都是没有意义的。一种哲学和另一种哲学遭遇，各自都有其评价哲学主张之真理性与合理性之标准，这两套或几套标准明显不可公度，有些互不相容，如何去求证行动的正当性呢？过于强调应用，甚至使其部门化与行业化，势必淡化理性思考与研究，依赖不成功的理论末节去生搬硬套地应用于实践，使这个学问只剩下不变的原则，而没有了“支持原则的理论”。
伦理学不是宗教信仰，宗教信仰必须由神学来求证；信仰常常是没有原因的，反对一项高生命科学技术必须有充分的理论依据，不能用某些人的信仰作为理由禁止科学家不作为。我们为什么认为医生对病人保密或不准堕胎是应用伦理学，而对孩子们说：“你不该说谎”等告诫就是一般的道德问题？叔本华既重视道德实践又不忘记具体训诫的理论来源，他指出：“在科学伦理学中，除意志作用法则外，我们要承认其他支配意志的法则——那些原初的和不以人的命令为转移的法则——以前，我们必须首先证明并且推定他们的实存；也就是说只要是在伦理道德事务方面，我们不仅涉及推荐诚实，而且涉及实践诚实。直到给出那一证明，我将只承认一个可以追朔到关于法则、戒律、责任的概念所由输入到伦理学的来源。” 道德法则的应用只能源于伦理学理论，“认为职业领域存在着不同于一般道德情景的应用伦理学，这是错误的。” 哲学与神学不同，即使是来自“摩西十诫”或上帝的话，也必须进行理论的论证；任何特殊情境的理论伦理学应用都必须合乎逻辑，在方法上也必须使人信服。叔本华开始批评康德的第一个错误步骤在于它对道德学本身的概念，不去关心发生之事的理由，而是只一味寻找“关于纵然从未发生、仍应当发生之事的法则.” 其实，普通人为什么认为许多信条或法则是天经地义的，就是因为”道德发生于神学并且是以作为上帝特殊旨意的神学为根据的。” 康德摧毁不可动摇的思辨神学作为伦理学的基础，而用自己的理论支撑伦理学；伦理学的旧支撑物已经认为是腐朽的难道只是康德那一个时代？当我们再回到神学中去思考欧洲的那次反叛和变革时，我们今天的学术界的基本哲学信念已经再次出现更大的危机。我们为什么不能建立一套新的适合后医学社会和人工生命科学时代的伦理学基本原理或基础，为什么非要制造一个“应用伦理学”，怀有不同心态、持有不同意见、操有不同语言、来自不同职业境遇的人聚在一起，用一些幼稚又行之无效的“原则”、“宣言”、“声明”、“纲要”等等来捍卫人类的所谓自尊？
