马克思主义者最早正式对科玄论战双方作出批评的，是两篇几乎同时出现的文章，即上面谈到的陈独秀的《科学与人生观·序》和邓中夏的《中国现在的思想界》。

邓中夏《中国现在的思想界》于1923年11月24日发表在《中国青年》第6期上。（35） 此文虽然不长，其价值却不容忽视。第一，他对中国思想界三足鼎立的格局作了一种异常清晰的勾画，这种勾画直到今天仍旧适用。第二，他运用唯物史观的原理来对此格局进行了分析，尤其强调了论战的阶级斗争性质。第三，他谈到了唯物史观派与科学方法派之间的异同，强调了两者的一致：“唯物史观派，他们亦根据科学，亦应用科学方法，与上一派原无二致。所不同者，只是他们相信物质变动（老实说，经济变动）则人类思想都要跟着变动，这是他们比上一派尤为有识尤为彻底的所在。”次年1月26日，邓中夏又在《中国青年》第15期上发表了一篇《思想界的联合战线问题》（36），提出：“我们应结成联合战线，向反动的思想势力……向哲学中之梁启超张君劢（张东荪、傅侗等包括在内）梁漱溟；……分头迎击，一致进攻。”

紧接着邓中夏的，就是瞿秋白分别批判科、玄两派的两篇文章：《自由世界与必然世界——驳张君劢》，《实验主义与革命哲学——驳胡适之》。《自由世界与必然世界》作于1923年11月24日，发表于12月20日《新青年》季刊第2期。（37）此文针对玄学派的“自由意志”论，而集中讨论自由与必然的关系问题。全文分五部分：（1）确认自然现象及社会现象的因果性。（2）区分“自由”与“意志”：意志是不自由的；自由在于探索并利用必然规律。“‘自由’不在于想象里能离自然律而独立，却在于能探悉这些公律；因为只有探悉公律之后，方才能利用这些公律，加以有规画的行动，而达某种目的。因此所谓‘意志自由’，当解作：‘确知事实而能处置自如之自由’；若是否认因果律，就算自由，那真是盲目的真理了！人的意志愈根据于事实，则愈有自由；人的意志若超越因果律，愈不根据于事实，则愈不自由。”（3）谈历史的必然与有意识的行动：“那‘附条件的必然’是主观的行动，‘障碍力的必然’是主观的受动。至于‘因果的必然’才是客观的解释。”“历史是人做的；当然，人的意向不能不是历史发展的一因素。可是，人所做成的历史偏偏是这样的而不是那样的，正因为其中亦有个‘必然’在。既有这一‘必然’，便有这‘必然’的果——人的某种意向。此种意向再回过去做社会发展因素。”（4）理想与社会的有定论：由意志而产生社会理想，但理想最终是社会历史之必然性的产物，这就是历史唯物论的决定论。（5）谈社会与个性。用历史唯物主义原理来说明个人意志。《实验主义与革命哲学》发表于1924年8月1日《新青年》季刊第3期。（38）这篇文章是批判科学派、尤其是胡适的实验主义的，其目的在于要说明：实验主义不是真正彻底的科学，只是一种唯心论的改良派哲学；马克思主义才是真正彻底的“科学”、因而才是一种“革命哲学”。

1924年5月25日，陈独秀又作了一篇《答张君劢及梁任公》，发表于8月1日《新青年》季刊第3期。（39）这篇文章最值得我们注意的有以下几点：（1）对于张君劢列举的九项“人生观”问题的驳难：“汇集各种事实而推求其由来，而为之说明，此非科学之方法而何？此方法倘有应用于说明及推求社会现象所由来之可能，则社会现象亦必为因果律所支配，尚何待赘言？社会科学亦得成为科学，又何待赘言？”（2）关于张君劢对于“事实”与“思想”之关系的观点的辩论：“第一先有了物质的世界这个事实，第二才有能思想的人这个事实，第三又有了所思想的对象这个事实，然后思想才会发生，思想明明是这事实底儿孙，如何倒果为因，说思想是事实之母？”（3）关于梁启超对马克思主义的“两个误会”：一个是把马克思主义视为“机械的人生观”；另外一个误会是把马克思主义视为一种“宿命论”。