三、易理备包有无
按照孔疏的思想逻辑，虽然认为卦象对于卦的形成和诠《易》都是不可缺少的，故不能像王弼义理派那样轻易“扫象”，但主张取象的目的并不是为“象”而象，取象的目的在于明义，即所谓“托象以明义”。孔氏选王注作疏，本身就是对义理易学的最大肯定。他对王学赞誉有加，但所持态度为“义理可诠，先以辅嗣为本”，然后“去其华而取其实”，使其“信而有征”。表明了两者在出发点上就存在着差异。
在《序》中，孔疏引述并发挥了《易纬·乾凿度》观点，认为易之三义即简易、变易、不易，都是就“有”而言，“盖易之三义，唯在于有，然有从无出，理则包无”。孔疏进而指出：“是知易理备包有无，而易象唯在于有者，盖以圣人作《易》，本以垂教，教之所备，本备于有。故《系辞》云‘形而上者谓之道’，道即无也； ‘形而下者谓之器’，器即有也”（《序》）。
有和无的范畴首先发轫于老庄哲学，王弼用来解《易》。“有”指卦象和物象，“无”则代表易理和世界的根本法则。王弼曾提出“言不尽意”的观点，认为易理无形，从语言不能完全表达它，只有弃言才能得意，故主张“得意在忘言”。对此，孔疏加以改造，以阴阳二气及其变化之理无有形体，解释“无”的涵义。在他看来，易理包括有与无两个方面，“有”指“器”的领域，器即有形有象的具体事物；“无”指“道”的领域，即无形，“道是无体之名，形是有质之称。凡有从无而生，形由道而立”（卷七）。有无关系如器道关系。孔疏不同意王弼所谓“言不尽意”“得意忘言”“得意忘象”的玄学易学观，认为易理虽无形，因而语言不能完全表达它，但它却可以通过卦爻象显示出来。因为无形的易理与有形的卦爻意是统一的，而卦爻象又是可以语言加以诠释的，因而人们可以运用语言先诠释卦爻象，再进而理解卦爻之理。
“无”虽指无形、无体，但不等同于王弼、韩康伯所谓虚无本体，即“寂然无体”，“不可为象”，而是指尚未成形、尚未成体。所以凡未具备形质的东西，都可称为道。因此，阴阳二气及其变化的法则即为道，其表现为刚柔两画，成为八卦、六十四卦的爻象，即为器。“以气言之，存乎阴阳；以质言之，存乎爻象。”（卷七）“气”即阴阳二气，就是道，“质”与“气”对立，形质就是器。晋人韩康伯本于王弼注《易》，认为气无形而有象，称为“气象”，属于有的领域，是虚无实体派生的东西，不能称为“道”。孔疏将“气”纳入形而上的领域，使之与韩注区别开来，实际上是对王、韩的一种改造。
易理具备有无两方面，在这两方面中孔疏更看重“有”，虽然有从无出，但易之三义唯在于有，因此圣人以《周易》之道教化百姓，必须重视易象和器用，不能空谈易理。《周易正义》在《序》中即开宗明义：“圣人作《易》，本以垂教，教之所备，本备于有。”就是说圣人以《易》教化百姓，必须通过卦爻象的变化，使百姓懂得君臣父子之义，各安其性，如《乾凿度》所云“易者所以断天地，理人伦，而明王道”。这种观点是针对玄学易学鄙视易象、废弃器用而言的，孔疏企图依据汉代象数易学纠正王弼派贵无贱有的偏颇。“江南义疏，十有余家，皆辞尚虚玄，义多浮诞。原夫易理难穷，虽复‘玄之又玄’，至于垂范作则，便是有而教有。”（《序》）。此乃《周易正义》编撰的指导思想。
于是，孔疏在《序》中概括出了其易学观：“夫易者，变化之总名，改换之殊称，自天地开辟，阴阳运行，寒暑往来，日月更出，孚萌庶类，亭毒群品，新新不停，生生相续，莫非资变化之力，换代之功。然变化运行，在阴阳二气，故圣人初画八卦，设刚柔两画，象二气也；布以三位，象三才也。”这种观点强调《周易》是讲阴阳变易的典籍，变易乃《易》之灵魂，并且认为卦爻象的变化来自于阴阳二气的变化；刚柔或奇偶两画，取象于阴阳二气；三画成卦，取象于天地人。
孔疏认为万物皆由阴阳和合而成，其运动变化来源于阴阳二气的相互作用。《周易》既然是对万物及其运动变化的反映，那么易卦的最基本单位——阴阳二爻，即是对阴阳二气的摹拟和形象化。“易之为体，皆仿法阴阳拟议而动，不可远离阴阳物象而妄为也”（卷八），刚柔二爻的上下升降互易之运动变化，体现的是阴阳二气的相互作用。“变化之道在刚柔相推之中。刚柔即阴阳也，论其气即谓之阴阳，语其体即谓之刚柔也。”（卷八）因而可以用阴阳二气的变化解释卦爻义的变化。如孔疏释《坤·六二》“履霜，坚冰至”曰：“初六阴气之微，似若初寒之始，但履践其霜，微而积渐，故坚冰乃至。”（卷一）这是以气的变化解释爻义，阴气从微渐积，乃至积聚为有形之坚冰。
万物生成之理须在阴阳二气俱备，缺一不可。乾坤二卦看起来似纯阳纯阴之气所为，其实不然。“四月纯阳用事，阴在其中，靡草死也；十月纯阴用事，阳在其中，齐麦生也。”（卷三）可见不存在纯阴纯阳之气。
孔疏认为六十四卦所以分为上下二篇也是阴阳观念所致，［4］引《易纬·乾凿度》证明，上篇三十所以象阳也，下篇三十四所以法阴也。上下篇的始终卦也体现了阴阳之道。“乾坤者，阴阳之本始，万物之祖宗。故为上篇之始而尊之也。”（卷首）上篇之终为坎离二卦，代表日月阳阴。下篇明人事，咸恒二卦象征男女夫妇之道故为始，既济未济象征阴阳之转化故为终。
孔疏以阴阳二气解卦象及卦义的例子俯拾即是。如释《屯·彖》文“刚柔始交而难生”曰：“以刚柔二气始欲相交未相通感，情意未得，故难生也。”释《恒·彖》文“雷风相与”曰：“雷之与风，阴阳交感，二气相与，更互而相成，故得恒久也。”等等。
孔疏把阴阳二气及其变化看成是《周易》的基本义理。以此为基础对《系辞传》的“一阴一阳之谓道”作了新的诠释。“一谓无也，无阴无阳乃谓之道。”“道谓自然而生，故乾得自然而为男，坤得自然而为女……”“易”和“简”都是自然无为之义，“故在阴之时而不见为阴之功，在阳之时而不见为阳之力。自然而有阴阳，自然无所营为，此则道之谓也”（卷七）。《系辞传》所谓“阴阳不测之谓神”，孔氏解释为：“不知所以然而然，况之曰神也”（卷九），“天下万物，皆由阴阳或生或成。本其所由之理，不可测量之谓也”（卷八）。孔疏还将王弼“以无为心”或“以无为本”释为无心而为，或自然无为，即万物自生自化。这些说法实际上来自于玄学派中郭象的观点。此种解易倾向，使王弼的易学观逐渐从贵无论中摆脱出来，对后来易学和哲学的发展产生了很大影响。
孔疏诠《易》之义理，一方面借鉴了汉易中的阴阳二气说，另一方面本之于王弼派的玄学易学观。众所周知，这两方面的思维路径是对立的。但孔氏试图将两者调和起来，或者发挥汉易之论，或者保存了以玄诠易的观点和形式，或者对玄学派观点予以合理的解释。孔疏论《周易》义理的基本倾向是，力图扬弃王弼派贵无贱有的思想，以阴阳二气解释易理，标志着从汉易经魏晋易到宋易的过渡。
