在千佛洞西南侧土台遗址上,专家们发现了山体形成的三层坡度。这与吐鲁番柏孜克里克千佛洞的情况相似。而在此周边,专家们发现了许多唐代建筑砖瓦残片。根据千佛洞洞顶后侧有高台遗址,周边有唐代建筑砖瓦残片和历史记载方位,专家们初步推断,吉木萨尔县千佛洞可能是唐代著名的高台寺。据史书《王延德使高昌记》里记载,太平兴国六年(公元981年),宋使王延德自高昌沿道越天山北上,沿途历经“交河州,凡六日,至金岭口,宝货所出。又两日,至汉家砦。又五日,上金岭。过岭即多雨雪,岭上有龙堂,刻石记云,小雪山也。岭上有积雪,行人皆服毛厨。度岭一日至北廷,憩高台寺。而后始至北庭。”而目前发现的千佛洞正好位于这段路上,与史书记载十分一致。
一直以来,学术界一直认为千佛洞就是高台寺,但缺乏客观证据。去年底,专家曾在千佛洞新发现的三个北部佛龛遗址上,对佛龛底座铺设的唐砖、墙体、残留物和佛龛下部留有的烧毁灰迹进行了认真地勘察。加上此次考察发现的壁画残留、高台遗址、山体的三层坡度,都为研究千佛洞是否为高台寺提供了更多的线索,也成为研究千佛洞历史以及文化价值的重要遗存。如果能证实千佛洞就是高台寺的话,将对研究汉唐由车师古道相连的高昌和北庭两地佛教文化有重要意义。