陈寅恪曾说：“世人或谓宗教与政治不同物，是以二者不可参互合论。然自来史实所昭示，宗教与政治终不能无所关涉。”日本净土真宗派所属东本愿寺在近代中国布教的历史，可以说印证了“宗教与政治终不能无所关涉”的断语。
先是同治时期小粟栖香顶提出东方中、日、印三个佛教国家连手，对抗基督国家。此时中国士大夫们关心的是西洋的技术，故中国士人和僧人对此提议没有任何回应。光绪二年(1876年)七月，东本愿寺派出谷了然、小粟栖香顶、河岐显成、仓谷哲僧四名传教干部和日野顺证、崖边贤超两名年轻的留学僧共六名成员到上海创立了净土真宗的寺院，这是日本僧侣到中国布教之始。从他们寄往东本愿寺的报告书，可以看到他们初期的生活主要是学习中国语言，为传教作准备。他们在江苏设置“江苏教校”，但希望在北京设立学校的目标却未达成。而且，在1883年到1885年间曾一度中断在中国的传教。
当时，除了像杨文会因特殊的“因缘”关注东本愿寺的净土真宗外，此事似乎并未引起中国士大夫的关注，他们更注意日本政治、军事方面的动向。1895年后，挟日本军事胜利的余威，东本愿寺在中国的传教摆脱了最初的挫折，开始进入内地各省区布教。与此同时，中国士人也开始关心日本强国之本和思想资源，后来有僧人干脆把佛教视为明治维新的原动力之一。在这种情况下，中国的僧俗两界始以日本佛教为参照，思索与探讨清代佛法衰微的原因。沈曾植认为：
近世禅学不振，盖由不读儒书之过。昔尝与月霞师屡言之，霞师谓然。而其开华严大学，亦未能有所建立。明世寺学徒课用制义，憨山大士实基以兴，而诸大师亦多出身秀才者。日本佛法，在亚东为最后衰者，由其兼习儒教而然。近三十年，缁徒随世转移，重科学，轻儒学。儒学疏，而佛学亦浸衰矣。有俗谛，而后有真谛。有世间法，而后有出世间法。所谓转依者，转世间心理为出世间心理。瞢不识世间心理，将何从转之。
当时士人对日本宗教有两种取向，一是透过政治去解读日本宗教，一是怀着民族情绪对日本宗教持有敌意。针对东本愿寺在中国布教，身在日本的章太炎认为，两国宗教在学理层面可以互取短长，而格于习俗，日僧则不宜在中国开法布教。太炎说：
今南土沙门，多游日本，日本诸师亦欲于支那传教。俗士无知，谓宜取则。详东僧分明经教，实视汉土为优。至于修习禅那，远有不逮。置短取长，未妨互助。若其恣啖有情，喜触不净；家有难陀之天女，人尝帝释之鸽羹，既犯僧残，即难共处。
1900年以后，东本愿寺在中国传教活动有较大的发展，势力从江、浙发展到广东、福建等地，其布教、设学、收徒的对象开始转向中国人。悄无声息来到中国上海布教的东本愿寺此时也成为官方和民间关注的对象，日本僧人每到一处，地方官对其行踪都有详细报告。如1904年日本僧人管真海等到汕头，当地巡检报告说：“汕头人教之人已属不少，并连宵聚饮，结党影相。”
从1842年《南京条约》签订以后，清廷与列强订立的一系列不平等条约中重要的一条就是保护外国宗教。清末庙产兴学运动中，各地方官、绅正积极推行提拔庙产兴学的运动，引起各省寺院僧人的疑惧。一些日本僧人如伊藤贤道等遂利用这类条约诱使中国僧寺受其保护，1905年，江浙一些寺院为自保而寄名东本愿寺，据说杭州等地有三十余座寺庙投归东本愿寺属下，遇事则由日本领事馆出面保护。此事在朝野引起极大震动。士绅对日本人“借教伸权”非常忧心：“中国已成种种束手之交涉，又添一日本教徒，将来何堪设法?”关于东本愿寺在中国的布教的讨论占有当时中国报纸和杂志相当的版面，有人提出：“言佛教而不借他国之国权犹可说也，佛教而借他国之国权，则其为祸必烈。”
两江总督魏光焘在光绪三十一年(1905年)初的奏折中说，“日本僧侣向无准在中国传教之约，乃漳州、泉州一带内地，比来竟有日僧收徒布教，赁屋设堂”，其所借口，是《中日通商行船条约》第二十五款“一体均沾”之语。他说，自己已多次“照会驻厦门日本领事，按约驳阻。并电准外务部核覆”，希望朝廷和地方要“内外坚持，冀可稍伸补救”。他给日本驻厦门领事的照会说：“日本僧人前往闽省内地设堂传教，不能认允，叠经电明贵领事在案。”日本领事援“中日条约”第二十五款，“以为应得一体均沾”。但他列举历次中日条约，说明凡可一体均享的“优例豁除利益” (即今所谓最惠国条款)，均“专为通商行船转运、工艺及财产立说，与传教两不相涉”。而唯一涉及宗教的是光绪二十二年(1896年)的《通商行船条约》第四款，载有“日本臣民准在中国通商口岸所定外国人居住地界之内租地起造礼拜堂、医院、坟茔”等语，是指限定在中国通商口岸外国人居住地界之内“准日本人起建自行礼拜之堂”，若允许日本人“赴内地传教，断无不于约内载明之理”。因此，日本僧侣在中国内地传教属于违约。
北洋大臣袁世凯把日僧传教与日本在东亚势力扩张联系起来分析，他认为：
日俄战争后，日本在东亚势力日增，然彼地狭民贫，垂涎中土，殆非一日。近日日人学汉语者颇多，欲藉日僧设堂传教，在内地长住，以考察中国各行省民情风土，其用心殊为叵测。将来该国通人学士，或隐受政府之命，群托僧侣，而分布中国内地。日使请准日僧传教，竟以利益为言，实已微露其狡猾，不可不预为防范。
袁世凯的眼光显然比魏光焘更锐利，魏氏仅强调传教并非“利益”，而袁氏则从日使对日僧传教“竟以利益为言，实已微露其狡猾”，看出必须“预为防范”的重要性。稍后继任两江总督的周馥也收到外务部要求调查日僧在地方传教情形之函，他在复函中说：
原佛教始入中国，本由天竺而来，其地即今之印度。然两千年历久相安，教徒从外国来，从无仗外国保护之事。今若准日僧设堂传教，僧侣及皈依之人一体归其保护，其愚昧者恃保护而轻犯法，其凶狡者借保护而思抗官。
周馥对日僧传教可能引起的宗教冲突和外交纷争，以及中国佛教徒藉他国国权违法抗官的忧虑并非无的放矢，当时人们对日本佛教在中国传播的目的及传教能产生的后果进行了广泛讨论。有人就说：
日本佛教徒得以肉食娶妻，故在日本得以广行，然此等习惯正与中国社会信用佛教之结果相反，若客其传布中国，能与民间习俗相宜与否，未可必是，其易启争端者一。第二，耶教之传布，其向日之患害既彰彰若此，若再允日本佛教传布中国，目今各省遍立学堂，学界中人成欲以兴学为名，指拨寺产，藉充学费，寺僧当此际会，必急投日本传佛教之徒。以图自保。中国下流社会迷信最深，一乡一镇寺庙林立，动以百十计，设令该寺僧徒咸归日本传教徒保护，则必致无地不有教案，无时不有交涉。
中日两国佛教流派习俗不同，固可能引起冲突，但这里所担心的教案冲突则明显与庙产兴学的举措有了直接的关联。还有人认为，“浙江三十六寺僧所为，实为保利，而非为保护。当各处士绅议改寺院为学堂之时，三十六寺僧依附日本僧，欲藉日本之国权以保众姓所捐之寺产”。由于受到日本传教的威胁，加之此时佛教界领袖人物寄禅、虚云和尚等人也在京积极活动，请求朝廷保护庙产。光绪三十一年三月，朝廷颁布上谕，对十方寺院提留问题作了明确表态：
前因筹办捐款，迭经谕令，不准巧立名目，苛细病民。近闻各省办理学堂工厂诸端，仍多苛扰，甚至捐及方外，殊属不成事体。著各该督抚饬命地方官，有大小寺院，及一切僧众产业，一律由官保护，不准刁绅蠹役，藉端滋扰。至地方要政。亦不得勒捐庙产，以端政体。
很明显，日本东本愿寺传教范围的扩展和中国寺院僧人寻求日本人保护是导致清廷颁布此道上谕最重要的因素。张謇当时认为，庙产兴学政策是“各省寺院，有引外人保护”的原因。佛教界也多有此认知，如《太虚法师年谱》载：“清廷废科举，兴学堂，各地教育会每藉口经费无着，提僧产充学费，假僧舍作学堂。僧界遑遑不可终日，日僧水野梅晓、伊藤贤道等乘机来中国，诱引中国僧寺受其保护。事发，清廷乃有保护佛教、僧众自动兴学、自护教产、另立僧教育会之明令。”《圆瑛大师年谱》也说：1905年“杭州三十余寺归投真宗之本愿寺，遇事即由日本领事馆出为维护。事发，清廷乃有保护佛教、僧众自动兴学、自护教产、另立僧教育会之明令。”
上谕对遏制日本的宗教扩张起到了一定的作用，据时人观察：当初日僧“设布教场，议僧学堂，举浙省官绅之全力以与之抗，几不能胜。及保护寺之上谕降，而三十六寺僧，悉就范围，布教场可以不复设矣，僧学堂可以不议开矣，利既可保，教可不论，绅僧互订条约，而浙僧引日本国之风渐息”。
上谕颁布后，各省提拔寺产之风稍息。但上文所说“绅僧互订条约”提示着这里还有文章，因为各地提拔庙产兴学已经进行了一段时向，形成了广泛的既成事实，不能不有所善后，并非不能、不准等禁令可以当下了结。直隶总督袁世凯对禁止捐及方外上谕的覆奏很能说明问题，也具有一定的代表性。袁世凯的奏折一面对上谕体现的“朝廷轸念民瘼，慎防流弊，感悚莫名”，一面指出：
伏查民间祠庙不在祀典者，由地方官晓谕民间一律改为学堂，早经奉旨通饬在案。又恭阅《钦定学堂章程》内栽，创立中小学堂，皆得借用寺观公所等语。谨绎先后谕旨章程，是地方官应行保护之庙宇，系指列在祀典者而言；其未入祀典各庙宇，率由绅民禀请改设学堂，相安数年，业已允协。诚恐僧众误会圣意，纷起争端，藉开影射之门。致坏已成之局；有不得不分别办理，缕晰声明者也。臣惟兴学育才，为富强根本。军国大计，无逾于斯。直隶学务，经臣竭力经营。现始稍有规模，但终限于财力，赖有不入祀典之庙宇通融修改，早日告成。其或确栽祀典暨僧人手置产业，均不得稍有侵占，必清界限。余如淫祠，本干例禁；私设庵院，律有明条。又绅民先曾布施，原无殊于善举；或僧众情殷报效，未便令其向隅者；均由公正绅耆，分投筹办，应请悉仍其旧，以昭大信。倘有刁绅衙役，藉端滋扰，遵旨从严禁办，不稍宽容。
此前提拨庙产是朝廷自身提倡，且并未制订出一套具体操作规则，已形成既成事实，袁世凯奏折中“相安数年，业已允协”是关键语。他特别指出：僧众也可能因“误会圣意”而“纷起争端”，一旦其借此以“开影射之门”，就可能破坏“已成之局”，故“不得不分别办理”。袁世凯并婉转表明，很多僧产其实是由绅民布施之善举而来，这意味着他所说的“必清界限”是要区分绅民布施之产和“僧人手置产业”：后者才“不得稍有侵占”，前者若有“僧众情殷报效，未便令其向隅”。这一奏折的含义很清楚，对于“相安数年，业已允协”的“已成之局”，只要不是“僧人手置产业”，要维持原状，“以昭大信”。
当年这类奏折不仅是写给朝廷看，同时也是对其治下表明具体将“怎样”执行上谕。换言之，在直隶范围里，此前已提拔之庙产，大约是不能追回的；甚至寺院僧人过往在官、绅面前已认捐、具结之款项数目，恐怕也还要认缴。关于僧众可能因“误会圣意”而“纷起争端”，借上谕以“开影射之门”一语，其实也隐含着某种威胁，并为州县地方官处理类似纠纷做出了提示。因此，保护庙产的上谕颁布后，只是部分遏制和减弱了各省提拔寺产之风，而寺院僧人和地方官绅围绕着对上谕含义的不同解释还有着相当一段时间的纷争，这些内容只能另文探讨了。
