毛南族是壮侗语族诸族中的一族，是古代的百越后裔，这是学术界一致公认的。而毛南族具体源于百越的哪一族群，多年来学术界一直争论不休，比较一致的观点是，毛南族源于百越之僚人。持这一观点的学者们的依据是，毛南族源于僚人可以从史籍、地域、语言、风俗习惯等方面得到充分的证据。有的学者通过对南宋周去非的《岭外代答·地理门》和毛南族的神话传说的追溯、分析，得出毛南族或是百越支系僚人的一支或源自西瓯、骆越的结论。谭鹏星在批驳毛南族外来说的观点后，指出毛南族不是纯粹意义上的土著居民，其源于古代僚人，并在吸收外来民族成分的过程中而形成的。
广西壮族自治区编辑组认为，毛南族的语言与紧邻的黔南水语很接近，与侗语、仫佬语有半数基本词汇相通，也与壮、布依语有密切的亲属关系，而且毛南族与这几个民族在历史联系、社会经济文化、风俗习惯上很相近，反应了他们有共同的历史渊源，可能都是从古代“百越”中发展而来。毛南族从僚人、伶人中分离出来，逐渐形成单一的民族。
近年来分子人类学对Y染色体单倍型频率分布研究显示，由M95T突变衍生的姊妹单倍型H11、H12在百越后裔族群中为主要分布。董永利、杨智丽、石宏等⑨和高路，董永利，郝肇菁等⑩对云南十几个少数民族Y染色体后人线粒体DNA多态性研究的结果，共同验证了百越系诸民族在母系和父系上存在很好的遗传一致性。这也印证了学术界壮侗语族同源于古代百越族的观点。经过对Y染色体DNA的研究与分析，学者们发现百越系统与中国的其他系统差异很大，而与南岛语系民族(马来系统)特别是台湾语族群体相当接近。通过对数据的主成分分析，发现百越民族系统遗传结构呈现出以下三个特点：1.百越有单起源的遗传学迹象，可能大约三、四万年前发源于广东一带，而后慢慢扩散开来；2.百越二分为以浙江为中心的东越和以版纳为中心的西越；3.百越群体在发展过程中曾经由广东向东北、西北、西南三个方向迁徙。百越接触过的许多族群也涵入了部分百越的遗传类型。此外，这些群体彼此间的遗传关系则体现出与语言学和民族学分类不同的格局。[11](如下图，[12]线条表示群体间遗传关系，虚线圈表示文化的分类)
