在我国历史上，知识分子关心国家大事、议论时政的风气是由战国时百家争鸣的局面开创的，百家争鸣不仅繁荣了我国的学术思想，也推进了当时各国的政治改革。秦国就是在这种背景之下，吸收了关东各国众多的知识分子（主要是法家知识分子）进行改革而强大起来，并且统一了中国。但秦始皇统一中国之后，首开打击知识分子的先例，一是公元前213年封建郡县之争时，他听从了李斯的建议进行焚书实行愚民政策；二是公元前212年由方士求药引发的坑儒，屠杀知识分子。

    坑儒事件就其发生原因来讲，本与儒生无关，秦始皇为了发泄个人的私愤，便拿儒生来出气。事情的起因是这样，战国末年，在燕（河北）齐（山东）一带，有一种人叫做方士，他们自称有一种特异功能，可以沟通人与神仙之间的关系，可以预言未来，能够求仙炼丹，使人长生不老，秦始皇统一天下后，车同轨，书同文，志骄意满，幻想长生不死，他四处巡幸天下，刻石记功，除了向臣民宣示自己的威德而外，就是企图寻找这种长生不死之药。秦始皇二十八年（前218年），他到泰山封禅之后，齐国的方士徐市（亦名徐福）就给他上书说，在东海中有三座神山，叫蓬莱、方丈、瀛洲，有仙人居住，并有长生不死之药，我曾到过那里，那里的神仙说，必须贡献童男童女和各种百工，才能拿到长生不死之药。秦始皇就派给徐市童男童女三千人，带着五谷粮食和各种做工的人去了，徐市一去就没有回来，后来传说他到了日本。秦始皇三十二年（前215）秦始皇再次东游，到了碣石（今秦皇岛），派方士卢生去求访仙人羡门，高誓，随后又派方士韩众、候公、石生去求仙人不死之药。不久卢生自称从海上回来，说得到一个图书，上边说“亡秦者胡也”，当时匈奴被称为胡人，秦始皇便认为将来要灭亡秦朝的必是匈奴，于是派将军蒙恬发兵三十万去攻打匈奴，夺取了河套以南的地方。秦始皇三十五年（前212）方士卢生便进一步欺骗秦始皇说：我屡次拜仙求药没有得到，是由于有一种东西妨碍着，方法是人主应该把自己的行动隐秘起来，不要让人知道，以避恶鬼，恶鬼远离了，真人就会到来。真人入水不湿，入火不灼，可以腾云驾雾，与天地长久，希望皇帝生活安静，行动举止不要让人知道，不死之药就会得到.，秦始皇于是自称“真人”。从此以后，若有人说出了他的住处，马上就会被处死。卢生骗过秦始皇之后，便与另一方士候生私下商议说，始皇为人，刚戾自用，贪权多欲，天下事无大小，都由他一人来决定，专任狱吏，以刑杀为威，无人敢言其过。秦法严酷，方术若不应验，就要被处死，我们不必为他去求仙药，之后便逃跑了。

    卢生逃跑之后，秦始皇大发雷霆，说他很厚待方士，让他们去求仙药，韩众去了没有消息，徐市等人耗费金钱巨万，药也没有求到。候生我如此厚待，不但没有给我求到长生不死之药，反而诽谤我，加重我的罪过，我派人暗中察问，很多儒生也跟着议论我，这是妖言惑众。于是他便派御史官对儒生们进行逮捕审问，儒生互相告发，被牵连者四百六十余人，以诽谤罪被秦始皇坑杀于咸阳，这就是震惊整个中国历史的坑儒事件。秦始皇的长子扶苏提出反对说：这些儒生都是孔子的信徒，这样处分他们，恐怕要引起天下不安。秦始皇大怒，派扶苏到上郡（今陕西榆林）去做蒙恬的监军，以疏远他。

由上所述，我们知道，秦始皇想长生不死，让方士给他去求仙药，方士没有求到，反而嘲笑秦始皇的愚蠢，怕被处死而逃掉了。秦始皇羞恼成怒，便用坑杀儒士来泄愤，这是历史上一个大冤案。这一冤案是秦始皇一手造成的。对此唐人章碣《焚书坑》云：“竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。坑灰未冷山东乱，刘项原来不读书。”秦始皇以为他焚了书，坑了儒，就没有人再敢反对他了，就可以万世一系。结果他死后三年（前207），秦朝就灭亡了，灭亡秦朝的刘邦和项羽都不是读书人。