《琦善与鸦片战争》一文在当时及后来都受到一定的批评，然针对史实的批评少，针对史论、史观的批评多。
其一，琦善配不上“远超时人的外交家”这个头衔。无论是支持蒋廷黻的还是反对蒋廷黻的人，基本上都持此论。反对的意见通常认为林则徐之努力了解西方情形，实堪“时人”的先进代表，而仅靠几个低级官员的情报的琦善无论如何也不能“远超”之。其实蒋廷黻本来就没有完全否认林则徐的这一点，他所否认的是持此论者所引申的一个观点，同样也是一定时期内林则徐及相信林则徐的人的观点：既然林则徐对西方的见识已经堪称中国第一，那么只要他继续主政中国就有可能不败。因此他说：“林文忠公在中国近代史上，固有其地位，然其所以为伟人者，不在此。”后来蒋廷黻在《中国近代史》中，加大了对林则徐学习洋务、主张洋务的论述，但依然不放弃他最初的最重要的论断，即：林则徐的错误在于不敢说真话，即便是在被革职后，依然不敢让其他人知道自己心中对中外军事胜负已定的判断。蒋廷黻认为，林则徐尽管已是中国传统文化所能培育出的最好的官僚，但却败在俱咱清议的指摘、为自己的名誉地位而不惜牺牲国家前途这一点上。蒋廷黻在《中国近代史》中尽管不再用“远超时人”来评价琦善的外交观念，但却沿用了“知己知彼”的说法，并且用较为温和简短的语言来表明他对琦善的肯定与同情：他“把中外强弱的悬殊看清楚了，而且公开地宣传了”，但是“士大夫阶级不信他们”。由此看来，蒋廷黻只是放弃了要人们相信琦善有强过林则徐的地方，但并没有放弃他对琦善的肯定。至于他说琦善之“不足责”，说的是他“无自信，对民族亦无信心，只听其自然，不图振作，不图改革”这一点。但是这个观点也是早已有之的。《琦善与鸦片战争》的结尾就说：“他既知中国不如英国之强，他应该提倡自强如同治时代的奕訢、文祥及曾、左、李诸人，但他对于国家的自强竟不提及。”因此，说他对两人的评价换了位，是不够准确的。
其二，琦善应负军事失败的责任。在这个问题上，中外学者已经做了非常细致详尽的研究，结论证明，即便不投降、不妥协，在鸦片战争中中国也不可能取胜，更不用说琦善并没有撤防，林则徐的战果也没有人们想象中的辉煌。蒋廷黻在这个问题上的基本判断是不错的，即琦善在军事上无功亦无过。
其三，《穿鼻草约》与《南京条约》相比，虽然中国的牺牲较少，但称不上是外交上的一个大胜利。陶元珍指出，《穿鼻草约》最大的失败在于没有禁止烟毒继续流害中国，这是有道理的。后来的研究证明，虽然有《穿鼻草约》这样一个内容，但实际上并没有签订生效；对一个没有签字的条约加以肯定或否定，显然没有什么意义。
其四，蒋廷黻为琦善说好话，是出于服务于现实政治的目的。这是邓公玄对蒋廷黻作于1939年的《百年的外交》的批评。《百年的外交》中论琦善的部分与《琦善与鸦片战争》中的论述没有两样。建国后这种观点并且有所发展。对邓公玄的质疑，蒋廷黻的回答是：“历史是种科学，研究历史就是探求真理，与‘志’有什么关系?我们要探求史理还能于史实之外去求吗?离开事实而去发空泛议论，充其量，不过得一篇好八股文章。”
四 蒋廷黻为琦善翻案的动机与目的及其评价
尽管蒋廷黻否认历史学除了史实之外还有投射于史实之上的史观这一条不大站得住脚，但是他这种不无愤懑的表述恰在一定程度上表明了他自信在学术研究上的态度是完全真诚的。
蒋廷黻研究琦善，其目的是研究近代中国应采取怎样的政策对付帝国主义的侵略。肯定琦善，是为了借此抒发自己心中的一个信念：帝国主义这种现象是“国际积势”导致的，要真正战胜帝国主义，方法不是除了抵抗，什么建设也不做，而是应该了解这种“积势”并利用它去寻找中国的出路。鸦片战争是中国与近代世界的第一次严重冲突，由此下手，意义重大。蒋廷黻虽已对国外的观点十分熟悉，但并没有简单沿用之，他说：“实则鸦片战争之远因近因，十分复杂。英人至今不认为鸦片战争也，英人虽不免偏持已见，然非全无理由。……平心论之，烟禁之防害英国之国计民生及义律之耻见挫辱，与夫林氏烟禁之严厉，皆鸦片战争之近因。英国之开辟商场政策，及中国之闭关自大政策，皆其远因也，闭关之政策虽在中外历史上有先例可援，然至19世纪之中叶仍株守之，何不审势之甚耶?”在《琦善与鸦片战争》中他还提出，外交基于两个因素，一个是理，一个就是势。由此可见，他既不从文化的角度来立论，也不从利害的角度来理论，至于道德原则他也是不考虑的。虽然他没有对“势”做出明确定义，但他选择这个词表明他注重的是策略的制定，而非学理或是非的探讨。正因为如此，反对蒋廷黻者往往从道德角度对其发起攻击，实际上意义很小，甚至有时还曲解了蒋廷黻的本意。更何况尽管蒋廷黻不注重道德，但依据较科学的研究方法，他对琦善的一些论断至今看来也还是站得住脚的。而他对林则徐之去职、琦善之失败的看法也有独辟蹊径之处：中国没有因受到鸦片战争的震动而奋起直追，而是在睡梦中又过了二十年。这可以说明蒋廷黻是多么强烈地盼望中国早日走上富强的道路。
当然，选择琦善来抒发他的这种看法，就是另外一个问题了。琦善在主和派中具有代表性，自不待言；但在一些人看来，此琦善又不仅仅是历史上的那个琦善，而是有现实参照物的。王幸均就说：“此时(一九三一年)日人已占领东北，步步紧逼，国人要求抗日之呼声，响彻云霄，学生的爱国运动，风起云涌。战争气氛，弥漫全国。但中日强弱悬殊，外援又不可恃，仓促作战，损失必巨。有识者难免怵然心忧。……故对琦善过高的评价，当系有所感而发，或是一种影射作用。”如果这个参照物真的存在的话，那么依蒋廷黻自己的表述来看，在《琦善与鸦片战争》写作时，应当指的是汪精卫。严重的国难、妥协的立场、愿意牺牲自己的名誉去换得国家民族的利益，都让人想起1931年底及1932年年初的汪精卫来。蒋廷黻在回顾九，一八事变的时候，曾清楚地表明他赞赏汪精卫的原因：“在二十年的冬天及二十一年的春天，他肯在严重国难之中出来任事：这一点颇能使人心服。后来对攻击政府者，他回答总是：如有人愿来负责，他就可以走开。这样一来，反对者还能有什么立场?最近这半年来，他的言词更能负责了。人家批评塘沽协定，他居然说，塘沽协议完全由他负责。人家批评妥协，他就说我们现在不配谈报复。在全政界皆‘聪明人’的时候，汪先生之不愿作‘聪明人’给政府加添了不少的力量。”因此可以说，蒋廷黻由此认为1931年之汪精卫，即为往日之琦善。或者说，历史一而再、再而三的将同一个问题摆在了研究者的面前：到底是主战还是主和?主战的根据是什么?主和的理由又是什么?从这个角度而言，琦善的主张对中国近代史而言有着至关重要的意义，对当时的中国而言也是如此。
而现实与历史的“继演”又提示他，如果盲目排外的情绪不解决，中国人仍然拒绝从国际生活中寻找出路，仅用“打倒帝国主义”这样的口号是解决不了中国的根本问题的。对琦善的研究也促进了蒋廷黻另一个主张的提出，即中国必须实现现代化。这是中国应怎样应对帝国主义侵略问题的另一面。既然主和不是目的，那么为了使暂时的妥协换来力量的积蓄，就必须在妥协的同时实行现代化。不幸的是，日本侵华之剧烈与日本之野心使得蒋廷黻的这套方案越来越缺乏可行性。
综上所述，蒋廷黻确实为历史及现实中的求和主张做了辩护，但其依据仍然是有启发意义的。研究及评价蒋廷黻的这些观点，首要的不在于道德批判，也不在于以攻心之论去质疑其学术的独立性，而应重视其以平等、开放的世界眼光为基础，为中国所指的另一条反抗帝国主义侵略的道路之价值。
