亨利八世时，旧的王室管家机构已经无法适应社会变化形势的需要，由此，16世纪30年代，克伦威尔对国家机构进行了大刀阔斧的更新与改造，被埃尔顿教授称为“都铎政府革命”。
首先，建立脱离宫廷的政府机构枢密院，推动了国家向制度化行为模式的演变。
早在中世纪，英国就存在着国王的枢密委员会，其职能随着不同国王的个性变化不很确定，或为咨询，或为行政，有时二者兼而有之。亨利七世时，整顿了枢密委员会，使之兼有咨询和行政两种职能，参与国家重大问题的决策。此时枢密委员会还不是常设机构，也没有固定成员，枢密官人数众多。据统计，在亨利七世25年的统治期内，有183人参加过枢密会议，最多的一次出席者达40多人[7] (P28)，不但不便召集开会，而且被旧的教俗贵族充斥[8] (P5)。这种庞大松散的局面，影响了政府的办事效率。克伦威尔的前任渥尔塞曾试图改变这种状况，但这次改革未能成功，不过它却为克伦威尔重新组织枢密院、最终使它成为一种制度奠定了基础[9] (P84—85)。
1534—1536年克伦威尔着手促使枢密会议从松散的大议会中独立出来，并使其规范化。他首先重建枢密会议的核心即由部分成员组成的常务顾问班子，不断增强其权力，并把它置于自己的操纵之下[8] (P250)。议会的首脑本为国王，但克伦威尔成为实际上的仲裁者。克伦威尔以首席国务秘书的身份拟定枢密会议的详细议程，对议会草案进行修改和审批，并藉此控制枢密会议[8] (P316)。克伦威尔还设立了一个管理名册和会议记录的官员，使枢密会议进一步程式化，规范化[8] (P349)。至此，枢密院成为独立于王室管家机构之外、具有稳定结构和工作程序的政府行政机构。枢密院的19名成员，全是国家的重要官吏，具有特殊才干和专门特长，掌握着国家或王室的重要部门[8] (P321)。枢密院成员的数额，同后来正式的枢密院成员相同。枢密院定期开会，作为一个整体管理国家事务。这表明此时克伦威尔已经基本上建立起枢密会议[8] (P319)。克伦威尔的这项改革使枢密院成为独立于国王宫廷之外，管理国家公务的常设性行政机构，使国家向着制度化范式转变。
其次，提高国务秘书的地位，扩大其职权范围。国务秘书原是宫廷中低微的职务，担任国务秘书的人一般都是没有贵族爵位的人[4] (P292)。1533年克伦威尔接替伽狄纳主教担任国务秘书。他利用伽狄纳离职之机接近国王，并掌握各部门的大权，使国务秘书一职发生了实质性的变化。
克伦威尔首先夺取了掌玺大臣的权力。克伦威尔当政时期，简化政府办公手续，削弱掌玺大臣的权力，由国务秘书经管各种印玺，负责文件的签发[8] (P339)。以后国王的各种印章在政府公务中都不起实际作用了。在印玺处由国务秘书经管后，印玺处的机构脱离了国王内廷，不再由国王控制，逐渐成为国家机构的一部分。这些印玺不再是国王的私人印玺，第一次为国家政府所有。以后御鉴处代替了御玺处成为行政中心，由作为国务秘书的克伦威尔亲自主持[8] (P5)。克伦威尔的这些改革措施提高了政府的办事效率，扩大了国务秘书的职权，使政府机构更具官僚制度化。
1539年，国务秘书地位已相当显赫，有一项法令，已把秘书与大法官、财政大臣这样的重要官吏相提并论[8] (P126)。克伦威尔不仅建立起首席秘书与政府部门的联系，将它们置于自己的领导之下，还通过与枢密院的关系，对枢密院下设办事机构的具体领导，把自己变成了事实上的枢密院首脑、国王的首席行政大臣。
再次，改革国家财政制度。克伦威尔主持的财政改革是政府改革中最重要的方面之一。财政改革是由宗教改革引起的。16世纪初期，亨利八世由于穷兵黩武，铺张浪费，以及外交活动，急需大笔款项，王室入不敷出，经常性的收入不能满足他的需要。于是王室不得不寻求获得财源的新方式与新策略。这也是宗教改革和国家机构变革的动因之一[10] (P235—236)。
克伦威尔掌握政府要职后，进行了财政改革。改革之前都铎王室的收入基本上由国库、国王特权总稽查与兰开斯特公爵领地三个部门管理。这种多元、混乱的方式一直统治着王室财政管理。宗教改革开始后，由于没收教会地产，财政收入大规模增加。戏剧般增加的巨额收入使原来的财政机制已不适应形势发展的需要，于是亨利八世责成具有丰富理财经验的改革派领导人托马斯·克伦威尔进行财政改革。克伦威尔借助国会通过一系列法案，将教会的财产和收入转入王室手中。克伦威尔通过国会法令成立六个平行的税收机构和普通监察法院(主管亨利七世和渥尔塞时期所获土地的收入)，打破了内廷的一统局面。法案详细规定了这些税收机构的目的、职能、人员和规章[8] (P299)。除国库仍保持以往的管理方式外，其他各财政法院都赋予了近代化的财政管理体制，设立具有高度办事效率的财政大臣，根据其权力掌握现金，直接审查账目，并进行预算，平衡收支，拥有国家印章，有着规定的各种专职人员与权限、账目与结账手续，并有一套专门的从中央到地方的税收机构。改革后的财政部门成为秩序良好、分工明确的常设行政机构，并在政府行政机构与王室管家机构的分离中率先得到独立发展。克伦威尔推行的财政机构改革促使英国朝着有系统有效率的近代国家财政管理制度迈出了关键的一步。
克伦威尔建立了相对稳定的税收制度。1534年，他整顿财政，从国会获得十五分之一税、什一税和补助金的保证[7] (P62)。同年，实施“教士首年薪俸法”，把原来流入教廷的定期收入截留给国家财政。此外又对英国境内的教士薪俸征收1/10的所得税[3] (P358—359)，这些收入与国家关税收入一起，构筑了都铎国家制度化税收的基础。
最后，提高议会下院的地位，促进下院的发展。都铎王朝以前，议会已存在二百余年，它主要是一个批准征税和审理重大司法案件的非常设机构，由教俗贵族组成的上院为主体，而由骑士和城市代表组成的下院则居于从属地位。宗教改革后，议会本身发生了重大变化。
克伦威尔控制“宗教改革议会”。他控制议会的最有效方式是以国务秘书的身份拟定议会的详细议程，并亲自审批议会草案的副稿[8] (P299)。同时他还通过收买、赞助各地头面人物，以及暗示、下达指令等方式，确保国王所内定的候选人当选和政府的动议顺利通过。因此，有人认为他是整个都铎时代“最积极主动的议会选举操纵人”，是“该国第一个议会政治家”[11] (P140)。他控制议会的方式为16、17世纪的国务秘书沿用。
下院地位的提高主要表现在上院立法能力的削弱和下院立法能力的增强。克伦威尔借助宗教改革的有利形势，敦促“宗教改革议会”开创了政府议案必须首先提交下院审议的先例，致使上院保持了多年的立法优势地位一去不返，从此政府议案大多由下院创议。到了玛丽时期，由上院创议的议案已经降至议案总数的1/4。及至伊丽莎白在位晚期，上院提案已不到议会提案总数的1/5[1] (P172—175)。在立法问题上，下院成为国王的合作者，给予国王以巨大支持，使许多法案得以顺利通过，同时，下院从国王那获得许多权力。下院作为国家机构的组成部分得到承认。当然，国王的权力不是绝对的，克伦威尔并不是让亨利八世成为一个独裁者，而是要使国王在议会中享有最高权力。
由于克伦威尔解散修道院，修道院长从上院消失，因而僧侣贵族保守势力被削弱；同时慑于王权的强大，“世俗贵族在议会活动中变得相当温顺随和，绝大多数情况下总能主动配合政府”[12] (P124)。相反，乡绅和新兴资产阶级的经济实力大为增强，政治地位日益提高，他们成为城市或地方的代表，进入下院，逐渐成为下院的核心。这些都有利于下院地位的加强。之后，下院取代上院成为议会的主体，国王在议会中行使最高权力，英国议会正向着现代化的方向发展。
