明朝时期，我国国力又变弱，其管辖范围只能达到西域的部分东部地区。当时，西域的察合台汗国已分裂为东、西两个汗国，西边的后来演化为帖木儿帝国，东边的为东察合台汗国，后来又叫作叶尔羌汗国，也叫做“蒙兀儿斯坦”。明朝政府多通过东察合台汗国与西域各地联系，内地与西域西部地区之间的交流受到了一定影响，但相互的交流始终没有停止过。明代设立的“四夷馆”中的“回回馆”，就是专门负责接待来自西域各地信仰伊斯兰教国家、地区客人的机构。我们从以下这件来自撒马尔干的奏折也可看出当时交流的情况：
“撒马儿罕使臣阿力
大明皇帝前进贡驮二隻玉石
五十斤求讨各色段子热
药望乞
恩赐奏得
圣旨知道”
另外，明朝政府还通过派回族人郑和率船队七次出访，不但弥补了陆路上交流的不足，还使南方海上的“丝绸之路”更加畅通。
到了清朝，在康乾盛世时期，先后平定了准噶尔汗国的叛乱，接着又平息了多起民族分裂活动。哈萨克、布鲁特（柯尔克孜）的部分部落也都表示臣属，使天山南北各地都统一地受辖于清政府。1876年，清政府又粉碎了阿古伯的外来侵犯和在南疆的颠覆罪行。1884年，新疆建省。这对维护祖国统一、增进民族团结和新疆的发展都具有特别重要的意义。新疆省的建立和天山南北的统一，顺应了包括西域各族人民在内的全国人民渴望结束分裂、要求实现祖国统一的愿望和时代发展趋势，它也是两千多年来西域诸地与祖国内地统一关系的发展和必然归宿。这也为近代中国的西北疆域奠定了基础。
在这一时期内，我国与中亚各族人民的往来依然是很频繁的。浩罕汗国的商人经常来我国喀什噶尔等地，我国商人也经常去安集延、奥什等地经商，有些人在当地留居了下来。清朝著名诗人洪亮吉写的一首柯尔克孜人赶着牛群、羊群来伊犁惠远城换购物品的诗，就是描写当时交流盛况的：
“谁跨明驼天半回，
传呼布鲁特人来，
牛羊十万鞭驱至，
三日城西路不开。”
也是在这一时期，西域西部地区发生了许多变化。俄、英等国都在争夺这一地区。沙皇俄国不断向这一地区扩张和侵占，哈萨克、布鲁特的不少部落被先后“合并”进了俄国，希瓦、布哈拉、浩罕三个汗国也被先后一一征服。原先属于我国管辖的巴尔喀什湖以东以南的广大地区，以及帕米尔的某些地方，在沙俄与清朝政府签定了一些不平等条约后也被沙俄占去。中亚的哈萨克、布鲁特及其他民族人民不堪沙俄的奴役，在19世纪20年代初期，掀起了反抗沙俄的大起义，还有不少人跑来新疆，等十月革命后才陆续返回中亚。迄今在民间还流传着一些关于中亚各族难民受到我国新疆各族人民同情、关照的感人故事。
1911年，我国辛亥革命胜利，推翻了封建的清朝政府，建立了中华民国。1917年，俄国也爆发了十月革命，建立了社会主义的苏联。十月革命后，中亚建立了一些自治共和国，后又改为加盟共和国。我国与中亚五个加盟共和国的交流都是通过苏联来进行的。1949年，中华人民共和国建立后的初期，苏联对我国新疆的建设有过一些帮助。从上一个世纪60年代起，中苏两国关系长期处于不正常状态，所以我国与中亚的交流几乎是中断的。在后来的中苏关系正常化不久，苏联就解体了，中亚各加盟共和国纷纷宣布独立。
中亚各国独立后，我国不但立即与它们建立了外交关系，先后与它们解决了边界问题，还大力发展了政治、经济和文化诸方面的合作交流。我们本着“以邻为伴，与邻为善”，“睦邻、安邻、富邻”的精神，做中亚各国的好邻居、好伙伴、好朋友，得到中亚各国政府和人民的信任和好评。
三、中亚研究简况
我国的史料对中亚的记载是最早的。在《史记》、《汉书》、《后汉书》等早期的汉文史书中已经对这一地区的自然、人文概况做了较详细的介绍。更可贵的是，我国历代的史书、游记等著作对中亚的记载是陆续不断的。我国是世界上最早研究中亚地区的国家之一。研究中亚历史，特别是研究中亚古代的历史，离开了汉文史料是难以深入的。
19世纪起，俄国、德国、美国、法国、瑞典等国开始派人到中亚地区“旅游”和调查，特别是沙皇俄国很快就把统治扩大到了中亚，把中亚地区先后“合并”了进去。苏联“十月革命”后，特别是在1924年民族识别、民族区域划界以后，俄国学者及中亚各民族新成长中的学者对中亚各民族的语言、文学、历史、民俗、艺术、宗教、历法、医学、古迹和经济等方面都开展了调查研究工作，发表了不少论文和出版了一批著作，特别是编纂出版了中亚各民族语言的语法、课本、词典及民族学方面的著作等。20世纪40年代，由于反法西斯卫国战争的原因，苏联对中亚的研究稍停了几年。上一世纪50年代，苏联对中亚的研究又达到了一个新的高度，在莫斯科、列宁格勒、塔什干、阿拉木图、伏龙芝、阿什哈巴德、斯大林纳巴德都建立了有关的教学研究机构，培养出了一批又一批研究中亚方方面面的人才，出版了许许多多学术水平较高的著作，在苏联形成了一门专门以研究中亚地区及中亚各族人民为对象的学科——中亚学。
在第二次世界大战以后，世界上曾存在过社会主义国家阵营及与其对立的西方国家阵营，长时间相互对峙，这一段时间被叫作“冷战时代”。西方国家在二战后也对中亚，特别是对中亚各民族与俄罗斯族的关系等方面进行研究，但对中亚更多、更直接的研究还是在苏联解体以后。美国印第安纳、英国伦敦大学亚非学院、法国巴黎第三大学突厥学院、日本京都大学、德国柏林大学、意大利罗马大学等单位都专门设立了研究中亚的机构。法国、日本、韩国等国都在中亚成立了文化研究中心，派人常驻中亚进行调查研究。俄国、美国、土耳其等国还与中亚一些国家合办大学，也对中亚进行调查研究。中亚五国独立以来，国际新形势使各国都非常重视中亚这一地区，世界上出现了一股“中亚热”，又新形成了一门新的学科——当代中亚学，但它目前主要还是为了各自的国家利益而从事的国际政治、国际经济和国际关系方面的研究。
我国早在中亚五国宣布独立前就有学者对中亚历史、语言、文学、民俗等方面进行了研究。近十几年来，我国更加强了有关的研究，因为中亚五国是我国的近邻，是我们的朋友和伙伴，我们不论从贯彻睦邻友好的对外政策和进行经济、文化交流等方面来说，还是从维护祖国统一和保证我国能在和平的周边环境及边疆稳定的条件下落实西部大开发的战略布署来说，都应非常重视中亚这一地区。因此，我国在北京、上海、西安、兰州、乌鲁木齐等地的政府机构和一些大学及科学院中都建立了有关中亚的研究机构，其中，较知名的有：中国现代国际关系研究院、国务院发展研究中心欧亚社会发展研究所、陕西师范大学中亚研究所中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所、中央民族大学东干学研究所、陕西师范大学中亚研究所、新疆社会科学院中亚研究所、新疆大学中亚文化研究所等，它们培养了一批从事中亚教学、研究的博士和硕士。中央民族大学开办了俄语·哈萨克语、俄语·吉尔吉斯语、俄语·乌兹别克语专业，培养通晓中亚语言的人才。我国还成立了有关研究中亚的学术团体，出版了不少有关中亚的著作。
1980年以来，我国出版的一些有关中亚的著作和译作，主要有：V. V. 巴尔托里德著，耿世民译《中亚简史》，新疆人民出版社，1980年；冯承钧原编、陆峻岭增订《西域地名》，中华书局，1980年；泽夫·卡茨主编，费孝通、谢冰心、吴文藻等译《苏联主要民族手册》，人民出版社，1982年；王治来著《中亚史纲》，湖南教育出版社，1986年；刘戈、黄威阳编《西域史地论文资料索引》，新疆人民出版社，1988年；王治来著《中亚近代史》，兰州大学出版社，1989年；潘志平著《中亚浩罕国与清代新疆》，中国社会科学出版社，1991年；新疆科委编《中亚五国手册》，新疆科技卫生出版社，1992年；项英杰著《中亚：马背上的文化》，浙江人民出版社，1993年；张志尧主编《草原丝绸之路与中亚文明》，新疆美术摄影出版社，1994年；加文·汉布里主编《中亚史纲要》，商务印书馆，1994年；国务院发展研究中心欧亚社会发展研究所编《东欧中亚列国志》，当代世界出版社，1994年；满达人著《中亚史地文献综述》，兰州大学出版社，1995年；胡振华编著《柯尔克孜语教程（吉尔吉斯语）》，中央民族大学出版社，1995年；马曼丽主编《中亚研究——中亚与中国同源跨国民族卷》，民族出版社，1995年；铁木尔·达瓦买提著《四国散记》（维文），民族出版社，1996年；《沙俄征服中亚史考叙》，贵州教育出版社，1996年；苏三洛著，郝苏民、高永久译《中亚东干人的历史与文化》，宁夏人民出版社，1996年；邢广程著《中国和新独立的中亚国家关系》，黑龙江教育出版社1996年；孟淑贤主编《中亚各国概况》，世界知识出版社，1997年；王治来等编著《中亚国际关系史》，湖南出版社，1997年；王沛主编《中亚五国概况》，新疆人民出版社，1997年；王国杰著《东干族形成发展史——中亚陕甘回族移民研究》，陕西人民出版社，1997年；吴福环、陈世明主编《中国与中亚研究文集》，新疆大学出版社，1998年；薛君度、邢广程主编《中国与中亚》，社会科学文献出版社，1998年；安维华、吴强、刘庚岑著《中亚穆斯林文化》，中央民族大学出版社，1999年；丁宏著《东干文化研究》，中央民族大学出版社，1999年；赵常庆主编《中亚五国概论》，经济日报出版社，1999年；孙壮志著《中亚五国对外关系》，当代世界出版社，1999年；许序雅著《唐代丝绸之路与中亚历史地理研究》，西北大学出版社，2000年；马大正、冯锡时主编《中亚五国史纲》，新疆人民出版社，2000年；高永久著《西域古代伊斯兰教综论》，民族出版社，2001年；陈联璧、刘庚岑、吴宏伟著《中亚民族与宗教问题》，中央民族大学出版社，2002年；《中亚文明史》第一、第二卷，中国对外翻译公司，2002年；丁宏著《中亚五国民族文化综论》，民族出版社，2003年；海峰著《中亚东干语研究》，新疆大学出版社，2003年；林涛主编《中亚东干语言研究》，香港教育出版社，2003年；赵常庆主编《十年巨变·中亚和外高加索卷》，东方出版社，2003；潘志平主编《中亚的民族关系历史现状与前景》，新疆人民出版社，2003年；潘志平主编《中亚的地缘政治文化》，新疆人民出版社，2003年；李琪著《中亚维吾尔人》，新疆人民出版社，2003年；孙壮志、苏畅、吴宏伟编著《乌兹别克斯坦》，社会科学文献出版社，2004年；赵常庆编著《哈萨克斯坦》，社会科学文献出版社，2004年；王治来著《中亚通史》（古代卷上、下），新疆人民出版社，2004年；王治来著《中亚通史》（近代卷），新疆人民出版社，2004年；丁笃本著《中亚通史》（现代卷），新疆人民出版社，2004年；刘庚岑、徐小云编著《吉尔吉斯斯坦》，社会科学文献出版社，2005年；施玉宇编著《土库曼斯坦》，社会科学文献出版社，2005年；等等。
