日本外务省的文书，主要是“外务省记录”，它是自明治初年到第二次世界大战结束期间关于日本外交活动的记录。按照分类方法的不同，明治、大正时期的记录称为“旧记录”，昭和战前期的记录称为“新记录”。（注：《〈外务省记录〉につぃて》，外务省外交史料馆编：《外交史料馆所蔵 外务省记录目录 戦前期》第2卷(昭和戦前篇)，东京，原书房1992年版。）这些重要文书，在外务省1923年3月建成的钢筋混凝土结构的四层书库里，一直得到很好的保护。1923年8月的关东大地震、1942年1月的外务省大火灾，以及1945年5月的东京大空袭期间，该书库内的记录文书都没有受到很大的损害。（注：臼井胜美：《外务省记录と〈日本外交文书〉》，《みすず》第200号，1976年9—10月，第54页。）
但是，1945年8月15日，日本宣布投降的前后，上述文书却遭到了一次最大的人为的焚毁。
8月7日，在距离投降还有一周时间的时候，外务省做出了“烧毁记录”的重大决定。同日，外务省召开了以外务次官松本俊一为首的干部会议，拟定了《关于外务省文书的处理方针及设置临时外务省文书委员会的文件》；同日，外相东乡茂德对于该文件予以裁定。（注：外务省百年史编纂委员会编：《外务省の百年》下卷，东京，原书房1979年再版，第1295—1297页。）
关于外务省文书的处理方针，决定如下：
一、记录文书中，根据内容、需要绝对防止委诸第三者的文书，迅速予以挑选，然后在任何情况下，都要优先转移到有充裕时间的地方，进行保管；情况更加紧张之时，则予以烧毁。为了达到上述目的，要迅速选定适当的场所。
二、用毕或不要的文书，即刻废弃。
三、不属于上述一、二的重要文书，隐蔽于现在的疏散地方，务求全面保护；根据事态变化，予以烧毁(注)。
四、关于条约原本等作为国际关系基础的文书，如果可能，也按照上述办法处理。
五、未整理的资料，由有关局课合作，迅速处理。
六、电报稿，特别为了保护旧暗号的机密之目的，需要个别处理。
七、文书课暂时保管的天皇亲书及玉照，迅速归还宫内省。
为了迅速且无遗憾地实施上述文书的处理(多数要动用外务省义勇队)，设立以外务次官为委员长的临时外务省文书委员会，详如另纸。
(注)外务省记录文书，不管其内容如何，在任何情况下，都不要委诸第三者利用。然而，现在文书的数量，本省内藏有约三万五千卷、疏散于各地者约四万卷，将其转移到其他场所，依目前的运送力量，实际上不可能。为了不要委诸第三者，可以采取下列方法：1. 充分、尽快地全部烧毁；2. 埋藏于现地附近的土地中；3. 面临紧急事态时，迅速烧毁。绝对有效的方法大致如此，此外其他方法难保完璧。
在上述规定中，“不要委诸第三者”的文书，是要烧毁的重点文书。反之，烧毁这些文书，也就是为了防止“委诸第三者”。可见，日本销毁战争罪证的目的十分明确。
外务省做出上述决定之后，8月14日日本政府在阁议接受波茨坦公告的同时，又决定烧毁重要机密文书。（注：原刚：《陆海军文书の焼却と残存》，《日本历史》第598号，1998年3月，第56页。）这样，“烧毁文书”已经成为日本的国策。据此，8月17日，外务省文书课长专门拟定了《关于文书处理的文件》，规定：属于机密内容的外务省记录，大部分原则上予以烧毁。根据上述决定，日本外务省系统在日本投降前后，烧毁了大量的外务省记录。被烧毁的文书的数量，据说在4000—5000卷左右。（注：小池圣一：《外务省文书·外务省记录の生成过程——外务省文书の文书学的一试论》，《日本历史》第584号，1997年1月，第12页，注(6)。臼井胜美也指出为6698卷的大部分(臼井胜美：《外务省记录と〈日本外交文书〉》，《みすず》第200号，1976年9—10月，第55页)。）这个数量，与烧毁前的外务省记录的总数量75000卷(本省35000卷、疏散于各地40000卷)相比较，约占近1/10。
烧毁文书的数量虽然不多，但关键是被烧毁的文书的质量，因为它们属于“不要委诸第三者”的机密文书。而其中与中国有关的文书，则被大量地烧毁了。
《外务省百年》一书承认：“由于这次战败时期的非常处置，虽然条约文书未被损害，但是其他的明治以来的主要记录，例如‘日英同盟关系’等，包括作为当时所谓‘绝密记录’而特别保管的文书，以日本外交为中心的记录类的多数，已经被非正常烧毁。”（注：《外务省の百年》下卷，第1295—1296页。）
长期在外交史料馆工作并参与编纂《日本外交文书》的日本外交史专家臼井胜美，在文章中补充说：“高度机密的与中国关系的记录类，多数被烧毁，造成了战前外务省记录的重大欠缺。与二十一条、田中外交、满洲事变以及此后的华北问题等等重要事件相关的文书，因之在外务省记录中造成了欠缺”；只有明治20年到大正时期的记录，被烧毁的比较少。（注：臼井胜美：《外务省记录と〈日本外交文书〉》，《みすず》第200号，1976年9—10月，第56、59页。）
大部头的《日本外交文书·满洲事变》于1981年出版之后，该书的编者也坦承：“关于满洲事变的外务省记录，约有半数被烧毁了。”（注：清水秀子：《日本外交文书〈满州事变〉につぃて》，《军事史学》第18卷第2号，1982年9月，第38页。）
外交史料馆也承认：在昭和战前期的外务省“新记录”中，主要消失的是A门(政治、外交)的“对中国关系”等。（注：《〈外务省记录〉につぃて》，外务省外交史料馆编：《外交史料馆所蔵 外务省记录目录 戦前期》第2卷(昭和戦前篇)。）
根据上述权威部门和学者的说法，可以确认：昭和战前期(1925—1945)的关于中国关系的外务省记录，大部分已经被烧毁了。这是现代日中关系史上最大的资料破坏。
二、关于“陆海军文书”的烧毁情况
与烧毁“外务省记录”的同时，作为实施日本国策之一部分，日本军部也进行了陆海军文书的烧毁工作。
关于日本军部的文书，一说是海军内部早在1945年7月26日就下达了烧毁命令。（注：田中宏巳编：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料目录》，东京，东洋书林1995年版，“解说”，第9页。）服部卓四郎在其战史著作中则指出：“在天皇的停战决定颁发以后，马上由参谋本部总务科长和陆军省高级副官向全体陆军部队发下了奉谕焚烧机密文件的通知。”（注：〔日〕服部卓四郎着、易显石等译：《大东亚战争全史》第4卷，商务印书馆1984年版，第1703页。稻叶正夫在该书的《编辑余闻》中，也谈到了军部烧毁文书的情况(第1806—1807页)。）
有关专家的最新研究指出：1945年8月14日，日本政府在阁议决定接受波茨坦公告的同时，决定烧毁重要机密文书。据此，陆海军分别于同日向各自的部队、机关、学校等，发出了烧毁机密文书的命令。根据该命令，8月16日，担任日本九州地区防卫的第16方面军司令部，发出“镇西副电第1048号”电报：
陆军秘密文书等其他认为重要的文书(含原本)，由各保管者予以烧毁。但要采取措施，以至于直到最后仍然可以接收暗号电报。不需要报告烧毁的情况。本电报接受后，要直接烧毁之。
担任萨摩半岛之指宿地区守备的独立混成第125旅团，也有“揖作命甲第27号”的烧毁命令，内称：
各部队要迅速将绝密文书等其他认为重要的文书(含原本)，由保管者予以烧毁。烧毁报告可以电话报告。本命令在受领之后要直接烧毁之。
在这一命令之下，8月14日下午到16日，日本大本营陆军部、陆军省等陆军中枢机关所在的东京市谷台上，焚烧机密文书的浓烟不断。与此同时，在大本营海军部、海军省等海军机关所在的东京霞关地区，也同样烧毁了机密文书。（注：以上最新研究情况及资料，参见原刚《陆海军文书の焼却と残存》，《日本历史》第598号，1998年3月，第56页。作者原系防卫研究所战史部史料班长。）
东京军部中央的这一焚烧文书的举动，其盛况之烈，日本学者后来形容道：遥望军部机关，白昼青烟终日滚滚升天，夜晚上空久久红照。（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料目录》，“解说”，第10页。）
除了军部自身保管的文书之外，还有一类重要的文书，系日本军部首脑人物(陆、海军大臣，参谋总长，军令部长)上奏天皇后留在天皇身边、由天皇的侍从武官府保管的文书。这类文书，也在战败之时，根据侍从武官长莲沼蕃大将的指示，经由侍从武官之手，在坂下门附近的皇宫之内，进行了烧毁。（注：中村隆英、伊藤隆编：《近代日本研究入门》(增补版)，东京，东京大学出版会1983年版，第379页。）
军部这次有组织的大规模的烧毁行动，既没有留下下达的烧毁文书的命令原件，下级烧毁的情况又不需要上报，因此，被烧毁的文书数量，已经难以统计。防卫厅研究所图书馆介绍说：“旧陆海军保存的史料的大半，自战败之后，经由军人之手，被烧毁、散落。”（注：影山好一郎：《防卫厅防卫研究所図书馆》，《军事史学》第29卷第1号，1993年6月，第97页。）其中，参谋本部、军令部的资料，“几乎丧失殆尽”（注：〔日〕加藤阳子撰，川岛真、傅弈铭译：《关于中日战争日方史料的收藏与介绍》，(台北)《近代中国史研究通讯》第21期，1996年3月，第181页。）。另有学者称：“除了决定要保留的文书之外，免遭烧毁的文书的数量，据日本学者称还不到0.1％。”（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料目录》，“解说”，第10页。）也就是说，除了预定要保留的文书，军部机密文书已经被烧毁了99.9％，这几乎就是全部烧毁了该烧毁的文书。
日本军部在投降之际的上述行动，使得旧陆海军的重要文书，在战败时“原则”上被烧毁。这个事实，对日本近现代史研究造成了“最大的障碍”（注：《近代日本研究入门》(增补版)，第379页。）。
在烧毁外务省文书、陆海军文书的同时，按照日本政府8月14日的决定，其他的政府与军队机关单位，应该也会采取烧毁重要机密文书的行动。其中，抗战期间日本对华实行殖民统治的重要机构“兴亚院”以及后来合组的“大东亚省”在东京本部的重要机密文书，也被同样地烧毁了。（注：关于“兴亚院”文书的烧毁情况，参见井村哲郎《〈兴亚院调查报告目录〉解说》，《兴亚院刊行図书·杂志目录》，东京，不二出版1994年版，第7页。“大东亚省”文书被烧毁的情况，暂不详。）
