由上述诸问题，自然可以确认《水浒传》乃中国第一流的小说，第一流的文学，与唯一堪比的《红楼梦》互有轩轾。但由于时代观念的演进，不断有保守或者激进人士对《水浒》提出猛烈批评。兹略举数项。

其一是招安问题，或从革命立场出发，认为招安便是投降，招安便非好汉，投降便是叛徒，先起义后招安更是伪君子，招安后当了朝廷鹰犬，又去屠杀其他起义者，则是坏上加坏，恶贯满盈。此类论述虽然抓住了要害，但未免责人过苛，不能设身处地将心比心。或从朝廷立场出发，认为对于盗贼焉能招安，“务令罪归朝廷，而功归强盗”，（金人瑞《水浒传回评》）颠倒体统，王法何在？授盗贼以高官，岂非诱使天下歹徒皆来效仿？此类问题见仁见智，难以定于一统，端在个人对人生体会之差异耳。

其二是暴力问题，当今许多热烈鼓吹法制建设的人士指出，《水浒传》宣扬暴力，破坏法制精神，通篇充斥着打打杀杀，对少年儿童具有毁灭性的负面影响。例如民营屠户镇关西，生活作风略失检点，但未犯死罪，鲁达作为一名基层警官，凭什么擅自将这位优秀企业家殴打致死，破坏招商引资的大好局面？而且书中用了那么长的篇幅，大肆渲染血腥场面，明显具有变态心理。再如黑旋风李逵动不动手提两把板斧，不分官军百姓，排头砍去，明明是个变态杀人狂，金圣叹却赞他“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”（《读第五才子书法》），还有人赞李逵“谓为梁山泊第一尊活佛”，（怀林《批评水浒传述语》）真不知何等心肠。还有武松打虎，属于杀害珍稀野生动物，手段残忍。李逵更是连幼虎都凶狠杀害，连“动物是人类的好朋友”这一基本公民常识都不懂得。武松杀害阳谷县商会主席西门庆、林冲杀害政府公务员陆虞侯，杨志杀害自由主义青年牛二，都未经过正常的法律程序，一部《水浒传》，就是一部野蛮杀人的教科书，是中国人不如美国人英国人法国人德国人日本人韩国人的罪恶铁证……这类大批判文字其实古已有之，历代统治者焚毁查禁《水浒传》的理由之一也是因其“自掌正义”。不过现在的这类大批判，基本属于不懂文学不懂历史也不懂人性不懂法理的驴唇不对马嘴之言。李逵说得好：“王法王法，若还依得，天下便不乱了。”《水浒传》从来不曾宣扬破坏法制而另行暴力，而是提出了一个法制已经被破坏的情况下如何争取和恢复正义的问题。要求走投无路的起义者投鼠忌器，面面俱到，等于黄世仁要求杨白劳成为圣人。李逵之所以被看作梁山泊第一尊活佛，是由于“为善为恶，彼俱无意”（无名氏《梁山泊一百单八人优劣》），赤条条一颗童心。把法制建设的责任转移到遭受压迫的苦难者身上，正如把环境破坏的责任推卸到发展中国家身上一样，是典型的霸权思维和洋奴思维。一切暴力都既有明暗之分，又有正义和非正义之分，不去反对强势集团的软刀子暗暴力，却一味打压弱势群体反抗强权的明暴力，这种论调本身就是暴力的。倘若该论能够成立，则一切武侠文学、战争文学皆可废矣。

其三，女性问题。20世纪末以来，女权主义在中国烟尘四起，许多巾帼英杰挥笔做刀枪，痛批黑心郎。一些喜言是非又不敢谈论政治的男性公民也寻到了新话题，跟着邹七嫂在人群里乱钻。如同文革期间在所有的作品里发现了阶级斗争的秘密一样，如今在所有的作品里发现了男性压迫女性的罪恶真相。其中罪大恶极的便是《水浒传》，因为一百单八将中，居然只有三个女性，可见女性被压迫到什么地步！更有那无厘头的书商，居然将《水浒传》改名为《3个女人与105个男人的故事》。而且仅有的三个女性，都不在三十六天罡里，最厉害的一丈青扈三娘，在七十二地煞里仅列在第23名，位居她丈夫矮脚虎王英之后，而那矮脚虎明明是被扈三娘“轻舒猿臂”、“提离雕鞍”给活捉的。母大虫顾大嫂位列倒数第八，母夜叉孙二娘位列倒数第六。一百单八将之外的女性，则基本都是淫妇、媒婆和妓女。阎婆惜给宋江杀了，潘金莲给武松杀了，潘巧云给石秀杀了。而这些男性杀害几位美女的动机都是嫉妒人家的自由恋爱，阎婆惜爱上了张三郎，潘金莲爱上了西门庆，潘巧云爱上了裴如海，于是这些封建专制的刽子手就残杀了这些女权运动的先锋。所以，《水浒传》在阶级问题上，在法制问题上，在女性问题上，都被钉到了历史的耻辱柱上。古代朝廷查禁《水浒传》，看来执法力度还太轻了，应该挖开施耐庵罗贯中的坟墓，鞭尸才行。

不难看出，这都是用今天的观念去衡量古代的人情事理所导致的偏狭论点。如此批判，世间将无一部可以读的作品，昨天以前的一切都可以随口否定。这在文艺批评上是犯了“跨元批评”的错误，跟晚清某些学人盛赞《水浒传》具有“女权之思想”、“巾帼压倒须眉”（《中国小说大家施耐庵传》）在思路上是如出一辙的。我们必须先按照对象自身所在范畴的标准去批评对象，然后再与其他标准参照，才能确定对象的价值。否则，总是根据当下流行的观念去批评一切，那我们自己就成了流沙，在无情淹没一切生命之后，最后淹没在自己的烟尘里。

《水浒传》并非没有缺陷，如“说梦、说怪、说阵处”，都有败笔，前后文字不够匀称等，都已有论者点明矣，兹不赘叙。