文天祥到福州后，本来提出要回温州组织舟师，由海道而进收复两浙。陈宜中不同意，文天祥只得作罢。陈宜中的想法，是放弃温州，把大本营全移至闽地，欲依靠张世杰收复两浙以自洗其先前弃都亡命之罪。出于这种私心，他当然不想与自己平起平坐的文天祥立功。于是，陈宜中就把文天祥外派，让他在南剑州（今福建南平）开府，招募士兵。

　　在福州的短暂准备期间，九死一生的文天祥把先前所写的诗歌编为一集，名《指南录》，皆为向南奔君的纪实诗：“臣心一片磁针石，不指南方不肯休。”诗文字字带血，句句含悲，特别是文天祥所写的《指南录后序》，高度而形象地概括了他自德佑二年以来元军兵临城下至他最终逃往永嘉整个过程：

　　德祐二年二月十九日，予除右丞相兼枢密使，都督诸路军马。时北兵已迫修门外，战、守、迁皆不及施。缙绅、大夫、士萃于左丞相府，莫知计所出。会使辙交驰，北邀当国者相见，众谓予一行为可以纾祸。国事至此，予不得爱身；意北亦尚可以口舌动也。初，奉使往来，无留北者，予更欲一觇北，归而求救国之策。于是辞相印不拜，翌日，以资政殿学士行。

　　初至北营，抗辞慷慨，上下颇惊动，北亦未敢遽轻吾国。不幸吕师孟构恶于前，贾余庆献谄于后，予羁縻不得还，国事遂不可收拾。予自度不得脱，则直前诟虏帅失信，数吕师孟叔侄为逆。但欲求死，不复顾利害。北虽貌敬，实则愤怒。二贵酋名曰馆伴，夜则以兵围所寓舍，而予不得归矣。未几，贾余庆等以祈请使诣北；北驱予并往，而不在使者之目。予分当引决，然而隐忍以行。昔人云：“将以有为也。”

　　至京口，得间奔真州，即具以北虚实告东西二阃，约以连兵大举。中兴机会，庶几在此。留二日，维扬帅下逐客之令。不得已，变姓名，诡踪迹，草行露宿，日与北骑相出没于长淮间。穷饿无聊，追购又急，天高地迥，号呼靡及。已而得舟，避渚洲，出北海，然后渡扬子江，入苏州洋，展转四明天台，以至于永嘉。

　　呜呼！予之及于死者不知其几矣！诋大酋当死；骂逆贼当死；与贵酋处二十日，争曲直，屡当死；去京口，挟匕首以备不测，几自刭死；经北舰十余里，为巡船所物色，几从鱼腹死；真州逐之城门外，几徬徨死；如扬州，过瓜洲扬子桥，竟使遇哨，无不死；扬州城下，进退不由，殆例送死；坐桂公塘土围中，骑数千过其门，几落贼手死；贾家庄几为巡徼所陵迫死；夜趋高邮，迷失道，几陷死；质明，避哨竹林中，逻者数十骑，几无所逃死；至高邮，制府檄下，几以捕系死；行城子河，出入乱尸中，舟与哨相后先，几邂逅死；至海陵，如高沙，常恐无辜死；道海安、如皋，凡三百里，北与寇往来其间，无日而非可死；至通州，几以不纳死；以小舟涉鲸波，出无可奈何，而死固付之度外矣！呜呼！死生，昼夜事也，死而死矣；而境界危恶，层见错出，非人世所堪。痛定思痛，痛何如哉！

　　予在患难中，间以诗记所遭，今存其本不忍废，道中手自钞录：使北营，留北关外，为一卷；发北关外，历吴门、毗陵，渡瓜洲，复还京口，为一卷；脱京口，趋真州、扬州、高邮、泰州、通州，为一卷；自海道至永嘉来三山，为一卷。将藏之于家，使来者读之，悲予志焉。

　　不久，文天祥转战至汀州（今福建长汀），派赵时赏率一部军士去取宁都（今江西境内），派吴俊章取雩都（今江西于都），同时，在江西坚持抗元的刘洙等人闻文天祥开府，纷纷提兵来会。

　　景炎二年（公元1277年）五月，文天祥集结部伍，自梅州出江西，吉州、赣州坚持抗元的宋军皆来赴，合军收复会昌县。八月间，文天祥部下赵时赏等人分道攻取了吉、赣周围的不少地区，把赣州包围起来。闻听文天祥在江西声势大震，衡山、抚州等地残余宋军也纷纷加入进来，一时间士气高昂。

　　元廷闻报，非常紧张，忙在江西置行中书省，以塔出为右丞，敏珠尔丹（又译“麦术丁”）为右丞，李恒为参知政事，下决心扑灭江西的反元宋军。

　　九月间，在元军诸道四出江西的同时，元将李恒自将一军精骑，出奇不意地向身在兴国的文天祥发起进攻。文天祥没有料到李恒这么快就杀到，猝不及防，慌忙应战，首战不利。

　　听说邹沨部宋军有数万屯于永丰，文天祥携败兵向永丰方向败退。结果，行至半路，正遇上被元军杀得大败而逃的邹沨部队，双方相遇，慌不择路，便又汇合一处，夺路接着跑。

　　逃至方石岭（今江西吉安东南），率少数兵士殿后的宋将巩信与元兵短兵相接，殊死格斗，相战多时。元将李恒疑有伏兵，鸣金收兵。良久，见山后并无声息，李恒才敢率元兵呐喊杀入。结果，见巩信端坐一巨石之上，仅剩的十余名残兵立其左右，嗔目怒视元军。李恒忙命放箭，箭雨密集，巩信等人屹立不动，中箭如猬，至死不仆。

　　文天祥逃至空坑（仍在吉安境内），军士多散，身边只有杜浒，邹沨等几个人相随。宋将赵时赏为使文天祥等人有时间逃走，他故意令人用肩舆把自己抬上，大摇大摆、不慌不忙地行走。元军大队士兵追至，持枪挺刀，喝向肩舆之上是何人，赵时赏朗声答言：“我姓文”。元军大喜，以为生擒了文丞相。忙令数百人看守，把赵时赏押至隆兴。一路上，多有五花大绑的文天祥僚属被押至肩舆前，元军迫使赵时赏（以为他是文天祥）辩认，皆被赵时赏“不屑”斥喝：“小小牙官，抓这种人做什么！”由此，“得脱者甚众”。即使如此，文天祥本人的妻儿皆被元军抓住，被李恒送往大都。途中，文天祥二子皆不堪折磨，病死于道中。

　　不久，得知被抓的“文天祥”乃赵时赏，李恒气恼，立即斩杀。赵时赏乃宋朝宗室子弟，临刑大笑，慷慨就义。

　　文天祥逃脱后，辗转至南岭（今广东紫金），重新集结队伍。

　　身在石冈州的小皇帝赵昰因奔波惊吓，患病而死，时年十一。众臣便拥卫王赵昺为帝，时年八岁。文天祥闻新主即位，上表自劾江西败兵之罪，并请入朝觐见。恰值军中发生瘟疫，文天祥身边刚刚聚集的残军一下子病死不少，其老母与长子也相继染病而亡，雪上加霜，亡国丧亲，大英雄痛不可堪。

　　公元1278年（帝昺祥兴元年）年底，文天祥屯军于潮阳，邹沨、刘子俊等人率众相会。由于当地盗贼陈懿、刘兴为害一方，形同割据，文天祥便先向这两个巨盗发动进攻，杀掉了刘兴，却漏跑了另一个匪首陈懿。陈懿海盗出身，马上投降了正率舟师由海路入潮州的元军大将张弘范。熟门熟路，这个强盗头子为元军充当向导，在潮阳大举登陆。众寡不敌，文天祥败走海丰。

　　张弘范之弟张弘正率一部精骑，穷追不舍。逃至五坡岭（今海丰以北），文天祥一行人正喘息想吃口饭，张弘正的元军骑兵猝然杀到，宋军来不及接战，多数被杀，文天祥被生擒。情急之下，他忙掏出一直随身携带的冰片自杀，由于存放日久，药效丧失，文天祥自杀未成。宋将邹沨刚烈，未待元兵近身，以佩刀自刭而死。

　　宋将刘子俊在附近也被另一部元军抓获，他忙大叫，自称是文天祥，冀以缓兵，想使文天祥有机会再逃走。结果，两部元军抓了两个“文天祥”，“相遇于途，各争真伪”，都坚称自己是“文天祥”。元将唤至几个宋军俘虏，边问边杀，终于得知了他们要抓的真文天祥。然后，元军在当地架起大锅，烹杀刘子俊。烹刑残酷，使人慢慢煎熬而死，刘子俊一直骂不绝口，至死不屈。

　　文天祥被押送到潮阳，见张弘范。元兵叱之下拜，文天祥不屈。张弘范虽是元朝得力鹰犬，内心也敬佩这样的铮铮男儿，叹赞道：“真忠义人也！”命左右为文天祥释缚，待以客礼。文天祥固求一死，张弘范不许。由于宋军势力还未尽灭，张弘范深知文天祥还“有用”，命人把他拘于军船之上，好吃好喝，严加看管。