过去许多人存在误解，认为《明夷待访录》（以下简称《明》书）曾被清廷列为禁毁书籍。考其根源，大概滥觞于梁启超。梁氏在所著《中国近三百年学术史》（中华书局1936年初版）第五节关于《明》书的一个注解说：“此书乾隆间入禁书类。”其后，侯外庐先生在所著《中国早期启蒙思想史》（人民出版社1956年版）中也说该书在“清乾隆间列为禁书”。由于梁、侯都是学术大师，所以许多人采纳其说，将《明》书列为清廷“禁书”而不加深考了。

　　笔者曾对此作了多方考证，现在可以明确地回答说：《明夷待访录》从来没有被清廷列为“禁书”，所谓“乾隆间入禁书类”之说并无根据，属于臆测之辞。其理由有四：第一，乾隆时代成书的《四库全书》并无一字提及《明夷待访录》书名及内容；第二，近代学者邓实、孙殿起等在清道光年间姚觐元汇刻的《禁燬书目》基础上编定的《清代禁燬书目（补遗）》和《清代禁书知见录》（商务印书馆1957年版），所列四库馆臣上奏乾隆皇帝并经乾隆御批认可的“禁燬书目”，包括黄宗羲的《明文案》、《行朝录》、《南雷文定》、《南雷文约》四种，但都没有《明》书；第三，根据四库馆总裁官于乾隆四十七年的奏请以及浙江巡抚于乾隆五十三年的奏议等资料可知，当时朝廷查禁书籍的重点放在浙江，但所请销毁、禁止的书目中均未提到《明》书；第四，当时浙江根据朝廷命令负责采集遗书、编写进呈总目录的“总裁官”是黄宗羲的五世孙黄璋，而今存浙江图书馆藏乾隆三十九年由黄璋等人校定并进呈朝廷的《浙江採集遗书总录》中也不见《明》书踪影。

　　综合以上证据可以断定，《明夷待访录》一书，虽然在朝廷三令五申查缴禁书的淫威之下，却始终没有被进呈到四库馆臣那里，即便聪明博览如弘历者，也无缘读到这部大骂君主的奇书，否则乾隆皇帝就要大骂黄宗羲“非圣无法”，甚至可能像雍正对待吕留良父子那样加以剖棺戮尸的刑罚了。

　　《明》书之未列禁书而得以流传下来，虽然可谓侥幸，但也可证明文化的软实力是专制暴力所无法摧毁的。《明夷待访录》虽未正式遭禁，但清代康、雍、乾时期，在浙江发生了多起文字狱案，尤以康熙二年的归安（今湖州）庄廷鑨“史案”、雍正七年的石门（今桐乡）吕留良文字狱案最为惨烈，不但主角被剖棺戮尸，而且株连颇广，死者数十。故乾隆时期查缴“禁书”以浙江最严。黄宗羲也有四种著作被四库馆臣列为“禁燬书”，其《南雷文定》被列为“全燬书”，因“内有《钱肃乐传》及诗，均有违碍，并多钱谦益名”，其《南雷文约》被列为“荒诞悖逆、语多狂吠”之书，其《明文案》被称“中间多有干碍字面，应请销毁”。在这种背景下，《明夷待访录》也就成了“不禁之禁书”而鲜为人知。后世学者误以为此书与《南雷文定》、《行朝录》同列禁书也是可以理解的了。

　　但到道光年间，文网松弛，风气渐开，一些所谓“禁书”陆续被人重抄或刊刻翻印，尤其是光绪、宣统年间，维新运动兴起，革命潮流风起云涌，黄宗羲具有强烈反清、反专制思想倾向的著作大受重视而得到大量刊行，《明》书也特别受到维新派青睐，影响巨大。