公元1578年(明万历六年),藏传佛教格鲁派(也称黄教)首领索南嘉措去青海、内蒙古一带传教。他是格鲁派创始人宗喀巴的第四世传人,格鲁派活佛转世就是从他这里开始的。宗喀巴的大弟子根敦珠巴是拉萨三大寺之首哲蚌寺的寺主,根敦珠巴圆寂后,根敦嘉措继任,根据宗喀巴的遗愿,格鲁派上层决定根敦嘉措圆寂后转世,于是年仅3岁的索南嘉措被迎请到哲蚌寺,成为格鲁派第一位转世的活佛。
索南嘉措在蒙古地区传教期间,与土默特部首领俺答汗相会于青海湖边。俺答汗赠送他一个称号:“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。“圣”在佛教中表示超出凡间;“识一切”是普遍通晓之意,认为是显宗方面取得最高成就的人;“瓦齐尔达喇”为梵文,意为执金刚,是对密宗方面有最高成就的人物的尊称;“达赖”是蒙语“大海”;“喇嘛”是藏语“大师”。合起来说,就是在显宗和密宗两方面都修到最高成就的、超凡入圣而学问渊博犹如大海一样的上师。而这个尊号此时仅是蒙藏代表人物私人之间的互赠,尚不具有政治及法律意义。
俺答汗当时已受明朝册封为顺义王。索南嘉措便托俺答汗代他向明朝皇帝请求册封;他本人也向明朝宰相张居正致函,要求朝廷给他赐封。不久,明朝万历皇帝降旨,赐给他的封文中就有“达赖”的字样。
1587年明朝政府正式承认这一称号,并派使节加以敕封。索南嘉措得此称号之始,为三世达赖喇嘛。前两世达赖喇嘛为后人追认。由此往前追溯,宗喀巴的弟子根敦珠巴为一世达赖喇嘛,根敦嘉措为二世达赖喇嘛。
1653年(清顺治十年),五世达赖喇嘛应清帝之邀来到北京。顺治皇帝沿用了俺答汗对三世达赖喇嘛的尊号,正式册封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”,并授予金册和金印(金印刻有汉、满、藏三种文字)。从此,“达赖喇嘛”封号开始具有政治意义和法律效力。
1751年,清朝政府为了更好地治理西藏,又令七世达赖喇嘛掌管地方政权,开始政教合一。
达赖和班禅是藏传佛教格鲁派领袖宗喀巴的两大传承弟子,他们均采用独特的活佛转世制度。至今,达赖传承十四世,班禅传承十一世。
在活佛转世中,有时找来的“灵童”不止是一个,为了避免出现纠纷和争执,1792年(乾隆五十七年),清乾隆皇帝特颁发两个金瓶:一个置于北京雍和宫、一个置于拉萨大昭寺。凡在理藩院注册的藏传佛教蒙、藏大活佛,如章嘉呼图克图、哲布尊丹巴、达赖、班禅等转世时,均须将寻得的若干“灵童”的名字写在象牙签上,置于金瓶中,由理藩院尚书在雍和宫或由驻藏大臣在大昭寺监督掣签来确定“灵童”,然后经过“坐床”仪式,便正式成为“转世活佛”。
如果只选到一名“灵童”,那就必须请驻藏大臣报请中央政府,请予免去“掣签”而直接册封。
目前逃亡在印度的十四世达赖喇嘛就是由当时的中华民国政府主席颁令批准的。
