综合上述，五蕴和十二因缘的着眼点颇为不同：虽然都是意在说明现象的因果关系，但是，一个是横向的“共时”的因果，一个是纵向的“历时”的因果。以哲学的观点看，这里的关键在于有无“时间”这个维度：五蕴说是没有时间维度的，它是一种纯粹逻辑的因果关系，所以，五蕴之间实质上是并没有先后顺序问题的，它们只是并列的五种因素；十二因缘说则不然，这十二支乃是一个时间序列，“三世”（过去、现在、未来）及其内在因素之间的顺序乃是不可改变的。这是因为五蕴只是关于现象的一种逻辑分类，仅仅旨在说明现象成立的五类因素而已；而十二因缘则更进一步，意在说明这些因素之间在时间顺序上的因果关联，从而才能成为其“轮回”说的理论基础。

总观五蕴，是对一切现象的解释，因而更具有一般存在论的意义。《俱舍论》卷一说：“诸有为法和合聚义是‘蕴’义。”可见五蕴乃是对“有为法”、即对一切具有“生住异灭”特征的现象的解释，包括了物质现象、精神现象在内。[8]所谓“有为法”（Samskrtadharma）其实也是对一切现象的概括，只不过是突出了它们的“造作”的一面：“因缘造作名‘为’；色、心等法从因缘生，有彼为故，名曰‘有为’。”[9]亦即色法、心法、心所有法、心不相应行法都是有为法。所以，“蕴”和“有为法”在外延上是对等的，泛指一切现象。这与十二因缘集中考虑人生现象是明显不同的。当然，这是对“蕴”的一种广义的理解。五蕴属于“三科”[10]之一，三科意在破除“我执”而立“无我”之理。《俱舍论》卷一说：“所化有情有三品，故世尊为说‘蕴’等三门。传说有情愚有三种：或愚心所总执为‘我’，或愚色，或愚色、心。根亦有三，谓利、中、钝。乐亦三种，谓乐、略、中。如其次第，世尊为说蕴、处、界。”早期小乘旨在通过对五蕴的分析得出“人无我”的结论，亦即破除“我执”，其关怀的重心仍然在于“人”本身。所以《俱舍论》卷二十九说：“总依诸蕴，假施设有‘补特伽罗’（Pudgala）[11] ，……是假非实。”《成唯识论述记》卷二本说：“补特伽罗，数取趣也。”[12]意谓“我”不过是屡往五趣轮回的主体，然而这种主体只是为宣传教义之需要而“假施设”的而已。故《杂集论》卷十三说：“补特伽罗虽非实有，由四种缘是故建立，谓：言说易故，顺世间故，离怖畏故，显示自他具德失故。”这是因为，一切现象的成立都取决于人心的执定。“人无我”既是“法无我”的充分必要的逻辑条件，也是后者的旨归：归根到底，是要解决人生的问题。不过，虽然大乘和小乘都是要解决人生问题，但是十二因缘说毕竟更精致、更明确地针对人生问题；而五蕴说则更朴素、更模糊。佛教早期的五蕴理论试图揭示一切现象的原因，它对“色”究竟是物质性的还是精神性的并没有明确的说明，还是一种接近自然哲学的朴素的、但是具有一般存在论意义的世界观；而十二因缘说则是标准的人生哲学。所以，从五蕴说到十二因缘说，佛教哲学显然发生了一种致思进路（approach）的转变：从朴素存在论向精致人生论的转向。

十二因缘是比五蕴更为精致的理论，把人生三世看做是一个因果系列：“现在五果”对于“现在三因”来说则是原因，但对于过去来说是结果，故称为“果”；“现在三因”对于“现在五果”来说是结果，但对于“未来二果”来说则是原因，故称为“因”。又进而把今世人生划分为两大阶段，即针对过去的“现在五果”和针对未来的“现在三因”。其中除“现在”的第一支“识”和第八支“有”以外，今世人生被划分为六个阶段：四个阶段（名色、六入、触、受）为“现在果”，两个阶段（爱、取）为“现在因”。前者又划分为出生之前的名色、六入，出生之后的触、受。就出生后的情况来看，又可视为四个阶段：幼年（触）、童年（受）、青年（爱）、成年（取）。这种因果关系如表所示：