到目前为止，对科学主义的批评主要集中在三个方面：一是科学主义理论基础方面，主要集中在科学本身的规定性上，或者说，集中在科学的划界问题上。这方面的批评首先是从科学主义流派内部开始的。二是集中在科学与人的关系上。这方面的批评来自人文主义思潮，历史悠久，很有影响。三是来自科学本身的发展。如果说，科学主义的形成受惠于某个阶段的科学发展，那么科学的进一步发展，它的最新内容显示出来的特性与科学主义的本性就不那么相容了。换言之，科学主义已经受到了来自科学本身的批评。本文且按照这三方面的归纳展开进一步的评述和研究。
一 、来自科学主义内部的对科学主义的批评
科学主义首先是将科学塑造成“超级大国”而后再向外扩张的。逻辑经验主义作为科学主义的成熟形态，首先力图使科学以纯粹的形式存在，而后以此为标准努力同化、整合其它文化形式。科学本体的绝对存在，或者说，确立科学与非科学划界的绝对标准，是科学主义的首要任务，也是逻辑经验主义始终一贯的中心议题。在逻辑经验主义那里，除了分析命题以外，凡是能为经验证实或证伪的命题，就是科学的命题。这一诉诸经验的划界标准是绝对的、不容置疑的。
然而，从50年代起，这一标准受到了批评。这方面的批评源于科学主义发展的内在逻辑，主要从科学哲学的内部引发，大体可以以下三种类型的批评为代表。
1、奎因的整体论批评。
逻辑经验主义认为，一个孤立的命题能被经验所验证，通过这种验证划分科学与非科学；奎因认为，这是一个做不到的教条。
奎因思想的最早形式见于1906年法国哲学家皮埃尔•杜赫姆。杜赫姆认为不存在所谓能验证命题真伪的判决性实验。举个例子说，假定有这样一个假设H：一股2安培的电流正在通过一条导线，那么可以预言的实验结果O：安培计指针指向表盘刻度第2格。即H→O。若有O，则H真；若无O，则H假。这就是所谓的判决性实验。但是，这样的判决实际无法做出。因为包含在这一过程中的真正的逻辑关系是：(H、A1、A2……)→O。其中A1可能代表安培计构造原理，A2代表通电导线的电磁原理，A3代表仪器是正常的等等。这样，即使无O，我们也不能得到H为假的结论。即我们不能证实或证伪H，无法判断H的科学性。
奎因进一步提出了整体论看法。他认为整个知识体系是一个以经验为边界条件的力场。一旦这个体系在其外围跟经验发生了冲突，受检验的是一个整体而不是某个部分。冲突的结果是导致力场内部的重新调整，真值也就在场中的一些陈述中重新分配。这样，证实或证伪都成为相对的了，因为“在任何情况下任何陈述都能够被决定是真的，如果我们在系统的其它部分作出足够剧烈的调整的话”。力场部分作调整受“革命原则”和“保守原则”指导。“革命原则”主要指“探索的简易性”；“保守原则”主要指原理的熟悉性。 于是，我们是否接受一个假设为真，不再仅仅诉诸经验，还取决于整体论条件和上述的理论原则。科学与非科学划界的标准开始模糊，走向相对化。
2、库恩的范式批评。
库恩用范式概念进一步使科学划界标准相对化。他认为科学与非科学的划界标准仅限于某个范式之中。范式是历史的，范式与范式之间是不可通约的，因而不存在适用于所有范式的普适的划界标准。库恩说，一个范式是科学共同体共同信奉的价值标准的集合，是教科书中反复灌输的共同方法、准则和基本假设的集合。在这范式之中，根据这些标准共同体判断什么是科学的，什么是非科学的。如果离开了这一范式而到了另一范式之中，评价标准就发生了变化。为一个范式认为是科学的理论可能为另外范式的共同体所拒斥。因此，范式之间不存在统一的规范标准用以划分科学与非科学。 科学与非科学，只存在某种相对的划分。
进一步看，尽管范式可以成为科学划界的相对标准，但由于范式本身包含形而上学的信念和其它社会的、心理的、价值的因素，也就是说标准本身渗入了非科学成分，因而我们在根本上是不可能绝对划清科学与非科学界限的。由于科学被非科学的因素污染，所以，科学崇拜难以成立。
3、费耶阿本德的反规范主义的批评。
费耶阿本德比奎因和库恩走得更远，走向了彻底的相对主义。其基本观点是：“科学与非科学的分离不仅是人为的，而且对知识的进展是有害的。如果我们要理解自然界，如果我们要支配我们的物质环境，那么我们一定要使用一切的思想，一切的方法，而不仅仅使用其中的一小部分。但关于科学之外无知识的断定却不过是另一个最方便的神话故事罢了。”
这就是说，科学与非科学之间不存在绝对界限。天文学得益于毕达哥拉斯主义和柏拉图对圆周的喜爱。医学得益于草药学、巫婆和江湖医生的心理学、形而上学与生理学。“科学处处为非科学方法和非科学成果所丰富”。 “伟大的科学是不知道有任何界限的，是一种不承认任何规则、甚至包括逻辑规则的理智的冒险。” 科学不承认任何规则的普适性。一切方法都有局限性。剩下来的唯一规则是“什么都行”。一切方法都可以放到方法论的工具箱里。“任何解决问题者，并不像一个小孩那样，要等候方法论爸爸或理性主义爸爸给他提供一些规则。他不依赖任何明显的规则而行动，并且以他的行动构成合理性，否则科学就从来不会出现，科学革命就从来不会发生。”
费耶阿本德进一步对科学的神圣地位进行挑战。他认为科学不是神圣不可侵犯的。就其地位而言，“科学只是人所发明用以应付他的环境的工具之一。它不是唯一的工具，不是绝对可靠的。”它是“有许多优点但也有许多缺点的一个有趣的但决非唯一的知识形式”。 科学也是一种意识形态。科学与其它意识形态的争论没有结束。费耶阿本德在对科学主义的批评过程中已经转到人文主义的立场。他认为评价科学的标准是：在何种程度上，个人的幸福和自由增加了?按照这一标准衡量，科学有许多缺陷。如把人变成没有魅力和幽默感的、可怜的、不友好的、自以为是的机械装置；使人处于紧张忙碌的野蛮状态，以一种“最新近的最有挑衅性的、最独断的宗教制度”的形式出现，通过科学与国家的一体化，推行科学沙文主义等等。
至此，科学主义内部的批评者们走向了科学主义的反面，成为人文主义的同盟者。
二 人文主义对科学主义的批评
人文主义对科学主义较早的批评可以卢梭为代表。卢梭在应法国第戎科学院悬奖征文而撰写的《论科学和艺术的复兴是否促进了风俗的淳厚》一文中，指责科学和艺术巩固了专制社会，扼杀了人们固有的自由感情；随着科学艺术近于完善，人的灵魂被腐化了。科学的创立者敌视人类安宁，它们生于游手好闲，反过来又培养游手好闲。卢梭观点的重要之处在于，他从反面看待科学的社会作用。这与科学主义观点是格格不入的。
之后，康德提出“人是自然界的立法者”的命题，以理论理性与实践理性的两分法论证科学解决不了道德问题，设立了上帝存在、灵魂不死、意志自由的律令，为信仰留下了地盘，触及了科学全能观的要害。在此之后，著名作家列夫•托尔斯泰也向科学全能观发问：“人们希望科学教给他们如何生活，如何同家人、邻居和外国人相处，如何在感情交战中把握住该相信什么和不该相信什么，以及其它更多的东西。但是，科学把这一切告诉人们了吗?” 尼采在这方面更是前无古人，他代表人文主义对科学全能观进行了全面讨伐。尼采因此成为人文主义现代崛起的主要代表。尼采提出了以下三个方面的理由论证科学不是全能的：其一，科学理性存在极限。任何科学体系都不能完全以科学因素而自足，都存在着“命令式的无条件的原理”。 科学不能解决人生问题，它“缺乏爱，也不懂得任何不满和渴望的深情”。 其二，科学理性源于非理性，后者是前者的发生基础。生命本能是第一位的，理性是派生的，并且是为生命服务的。真理是人用来保存自己的条件和工具。其三，科学认识不可能达到“真正的世界”。 实际上，这种理性宣称的“自在之物”是不存在的，是用一种彼岸的生活向生命复仇。
如果说，尼采已经就科学理性对人的负面影响进行了谴责，那么在他之后，此种声音不仅不绝于耳，而且屡屡响起。爱因斯坦在二次大战后指出；“我认为今天人们的伦理之所以沦丧到如此令人恐惧的地步，首先主要是因为我们的生活的机械化和非人性化，这是科学技术思想发展的一个灾难性的副产品”。 爱因斯坦认为，科学是既能行善也能行恶的双刃宝剑。科学不能提供目标，只能提供手段、方法。罗素也对人的科学性解释指责说；“人竟是毫无准备的因果产物，他的起源、他的希望和恐惧，他的爱和他的信仰竟然只是原子偶然搭配的结果，竞没有热情，没有英雄气概，没有深刻的思想和强烈的感情，这怎能不使人的生活坠入野蛮”。 当代的法兰克福学派也在这方面对科学主义进行了系统的批评。阿多尔诺和霍克海默认为，随着人对自然控制能力的提高，人类越来越依赖于科学技术，使人的目的和手段倒置，人沦为物——机器的奴仆，成为无感情、无灵魂的工具。因此，人类要努力摆脱逻辑和数学的“专制主义”。 马尔库塞断言，理性必然成为统治和奴役人的工具，在科学理性基础上建立的现代社会是“单向度”的社会，产生的是“单向度”的人。 这是社会技术化的后果。
对科学主义非人性化的思想批判已发展为某种群众性的社会批判。典型的事例是绿色和平运动。这一运动提出我们只拥有一个地球的口号，反对无休止地发展科学技术用以开发能源，消耗资源，牟取暴利；反对把科技无条件地运用于工业生产，以免制造污染，破坏生态平衡。这一运动产生了很大的社会影响，以致人们得出了这样的结论：几乎所有的政治家都在变绿。
