更加危险的是科学实验对环境所构成的危险。如剑桥大学教授马丁•芮斯（Martin J. Rees）在《我们最后的时刻》（Our Final Hour）中认为，现代科技使得个人或者小团体的力量得到了高度放大，以至于实验室里的一次错误就可以产生一场大浩劫，带来只有上个世纪的核战争狂人才能想象得到的严重破坏。事实上他就曾以一千美元打赌，在2020年之前就会有一场生物恐怖攻击或者生物意外，会导致一百万人丧生。芮斯的估计未必很准确，但是科学实验以及相关的设施、材料可能是危险的来源，这应该是无疑的。
芮斯认为某些物理学实验的风险甚至更大，这些实验原则上可以扰动时空本身，引起物理学法则骤然转变成新的形式，就像水突然变成冰一样，摧毁我们的原子和此外的所有东西。因为在非常非常冷的温度下物质如何变化，我们没有“经过实践检验”的理论。他说，当我们把一个检测引力波的仪器上的一个金属棒冷却到接近绝对零度，使它成为斯坦福大学的彼得•米切尔森所说的“宇宙里最冷的大型物体”时，感到担忧是有道理的。[17]
2004年春季SARS病例在北京再次出现，原因居然是中国疾病控制中心实验室的病毒外泄，新加坡和台湾实验室2003年也都曾发生过SARS病毒泄漏事故，类似的事情过去在其他国家和地区的研究机构也曾一再出现过[18]。又如，为了研究发射探测卫星，虽然不会直接导致对人的伤害，但是卫星是靠钚电池驱动的，如果发射失败，卫星所携带的剧毒的钚有可能从空中散落在广阔的地面上，这将产生灾难性后果。([11],p107)
科学考察作为科学实践的一种形态，同样也可能对所考查的环境产生破坏影响。更何况科学考察活动很少是孤立进行的，它常常是进一步开发的前奏和有机组成部分。并且常常伴随着电视等媒体的报道、资源的开发、旅游工业的宣传等等。对此，吴国盛教授提出了质疑、警告和建议，“今天的科考工作者应当如何规定自己的角色？今天的科考目标是否要无限地指向新的荒野地和人迹罕至的原始地带？我不认为人们应该抑制自己的求知热情，但是，科学家应当更多的清楚自己的科学工作的社会后果和社会责任，以及为无告的大自然所应该承担的责任。如果科考实际上导致或加速了某一个物种的灭绝，如果科考实际上帮助破坏了一个地区的生态环境，那么，我们应该质疑我们的科考动机，应该考虑改变我们的科考方式。”[19]
科学实验可能对作为试验者的科学家的健康产生危害。例如长期在实验室工作，就有可能被迫呼吸实验室中受到污染的空气、接受辐射、感染病菌、病毒等等。而作为实践的物质性作用因果链条中不可缺少的一环，甚至要被迫“主动”地受到试验规范的影响。如有些实验持续时间很长，试验者要检测，就必须长时间泡在实验室中，可能要熬夜乃至许多天不可以离开实验室。像居里夫人在炼制镭元素时，作为炼废矿渣的动力提供者，就首先充当了重体力劳动的角色。长期低头观察显微镜的试验者，则易患颈椎病、视力疲劳等等。例如，居里夫人就是在长期接触放射性物质的实验中饱受辐射，最后罹患癌症不治身亡的。[20]
在现代大科学时代，科学研究所消耗的社会财富是一个天文数字。例如，超级超导对撞机项目预计要耗费100到150亿美元，由于费用过于巨大，所以虽然已经耗用了20亿美元，1993年最后还是被美国国会断然下马。卡尔•萨根认为这一计划失败的关键因素是，资金管理不善，财政有限和政治上不称职。科学家们没有能向公众和政治家们说清楚，耗费如此多的金钱建造这一设施的意义。[21]
科学研究活动需要大量的社会资源的投入，如果不顾社会的承受能力，不顾轻重缓急，一味加大对科学研究投入的力度，就可能影响到社会其他方面的资源投入，可能会有失社会公平，从而影响到社会长期、全面、均衡发展。
四、科学活动应该受到控制
科学研究活动的风险和负面影响不是偶然的，而是普遍存在和内在的。以冠状病毒的研究为例，它意味着中国疾病控制中心实验室必须要长期保存、繁殖冠状病毒，研究人员要经常接触冠状病毒，要拿它来做实验，所有这些过程都有出错的可能，都可能带来我们不想要的消极后果。而这种风险本质上是不可能彻底消除的，除非我们放弃相关研究。
否认科学活动存在的负面影响的学者，担心承认科学研究存在负面影响就会得出禁止科学发展的结论。这是不必要的担心，科学活动存在负面影响，并不意味着就必须禁止科学的发展，但是的确要对科学活动进行调整和控制，甚至在必要时对某些科学研究活动要划定禁区。
韩跃红以日本731部队和纳粹德国法西斯医生的残暴科学研究为例，指出科学研究也应该有禁区。“当科学实验所选取的对象、材料、方法、过程、规则等方面有违不伤害、有利、尊重、公正等科技伦理的基本原则时，这一项科学研究的正当性、合法性就要受到质疑；当这种不正当性、不合法性大于其研究意义时，就应当禁止该项科学研究。”
她明确指出，科学研究的禁区与技术的禁区不同，前者可能是目的违规，也可能是手段违规，而科学禁区主要是手段违规。科学禁区不能被理解成禁止对某些自然奥秘的揭示，以防止这种知识被用于邪恶目的，而应被理解为科学研究行为同样要遵循人类基本的道德法律规范。她主张，科技伦理应当鲜明地主张：人的生命健康价值高于学术价值，科学研究中的人本精神应当高于追求真理的科学精神，科学研究中受试者的生命健康利益应始终优先于发展科学的利益及其它利益（如政治、军事利益）。[22]
针对学者以思想自由，对科学活动设限的说法。卢风坚持科学研究有禁区，并非是对科学家思想自由的限制。“思想自由是人的基本权利，任何力量都无权剥夺人的此项权利，但现代科研不是纯粹思想，纯粹思想可以是纯粹个人性的，但现代科研一来需要大量经费，二来与技术密不可分。”所以科学研究活动应该向社会负责，受到社会的监督管理。
卢风认为，“如果社会各界认为这项技术的应用后果不仅会严重破坏社会的伦理规范、侵犯人的尊严，而且会对人类安全构成威胁，那便应该通过行政或立法程序加以禁止，这与尊重科学家的思想自由没有矛盾。科学家可以有关于克隆人的科学思想，可以就此著书立说，但如果国家已明令禁止克隆人，那么若有科学家团体暗中筹集经费进行试验研究，那便是违法的。”[23]
我们认为，对于科学研究活动中可能产生的负面影响，首先应该正视，充分认识，以科学的精神，并按照尊重人的尊严和福利，保护环境、敬畏生命、珍惜资源等现代伦理原则进行全面评估和控制，尤其是涉及到微生物学实验、涉及到有毒化学物质的实验、乃至现在争议很大的野外转基因作物种植的实验等等。科学共同体早就从经验中认识到了这种可能的危险，往往也会制定严格的规定以防范危险。例如，在著名的阿西洛马国际会议上，一些有良知的科学家们对刚开始兴起的基因工程实验可能的带来的危险事先发出了预警信号，对相关研究进行自律[24]。
在进行人体实验时，应尽可能避免对人体的伤害，尽量选用替代方法，在无法替代，且实验对于促进人体健康具有重大意义的前提下，受试者应该是知情自愿的。动物实验应遵循3R原则，即尽可能地减少使用数量（reduce），优化实验和生存条件（refine）减少痛苦，使用替代手段（replace）[25]。在野外科考时，要严格保护环境。放射性、有毒物质、恶性传染细菌和病毒等研究，应该高度注意防止对周围环境以及居民的影响。耗用大量社会以及生态资源的科学研究活动，则应该量力而行，设法与公众做到充分的协商，兼顾各方利益。对于具有重大影响的科学活动，要制定严格的条例、规定甚至制定法律，违背规定者视情节严重程度，据相关规定予以惩处。在相关风险评估、条例制定、以及违规者进行处罚等一系列活动中，除了有科学家与科研机构、相关基金代表之外，还应该有相关伦理学家、利益相关人士等公众代表参加，依据事先制订的相关程序操作，这样才能保证公平合理，不会成为走过场的黑箱操作。
总之，基本的原则和精神应该是：科学活动的终极目标应该是造福人类，促进生态和谐发展的，决不能借口科学探索无禁区，而放任科学的负面影响不管，那样最终会损害科学发展的社会环境，也违背了科学发展的根本目的。（当然这样做的前提又必须是尊重科学共同体的相对独立性，避免政府或者其他外在力量对于科学内部事务的粗暴干涉。）正是在这层意义上，劳斯认为，“我们不能把科学事业与我们赖以把自己定义为人类存在者的其他实践割裂开来”，所以我们“应该走向科学的政治哲学”。([7],p264)
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