哈克富特提出这样一些问题：科学主义的多维观点可以推出什么编史学的建议和问题呢？当我们把观念、社会利益和心理力能整合起来时，我们可以就科学主义在近代西方文化中的发展说些什么呢？在17和18世纪，近代科学、它的边界和它的权威还正在涌现。科学在早期还嵌入在哲学之中，科学的权威支持作为一个整体的哲学的权威。因此，正在出现的科学主义是哲学、尤其是自然哲学的固有作用的十分大的部分。科学与神学的关系发生了新变化，神学（自然神学）和无神论也利用科学权威作为论证的论据。在社会上和心理上，哲学和科学的权威正在变化，并被新群体用来促进他们自己的利益，此外，科学主义也开始被用来服务于个人和群体的心理需要（自然神学的布道可能是早期的例子）。在19和20世纪，科学主义的概念结构变化了，因为科学成长为职业化的建制。科学的概念和方法被直接移植到其他领域，尽管通过哲学的间接路线有时还使用。与这个过程平行，科学的权威因为其成功（以及与之相关的技术的成功）而加强了。而且，传统宗教的局部衰落以及像自由主义、社会主义、民族主义之类的意识形态运动的兴起，大规模地转变了文化和社会的前景。作为所有这些变化的结果，科学被嵌入上述各种信仰的变种。此外，科学作为宗教的完备的心理替代物的概念被系统阐明。这个过程在19和20世纪之交前后几十年找到它的最明晰、最广泛的表达；履行不同社会功能和心理需要的社会达尔文主义的各种表现，构成了众所周知的例子。这位作者接着列举了科学主义的编史学要求回答两个基本的历史问题：
第一，如果我们接受科学权威是科学主义的关键因素的信念，那么就应该描述科学如何变得理智上独特和建制化，从而自17世纪以后在西方文化中获得了理智地位和社会地位。第二，我们应该描述和分析，科学的理智边界和社会边界是如何被构造为工作的科学家的行为以及亲科学的和反科学的公众关系的结果的。
哈克富特深知，由于科学主义是像宗教一样的质地丰富的历史现象，因此要勾勒其历史的本来面目是相当困难的。本-戴维曾经试图这样做。不过，迄今为止，有关科学主义的社会史方面的新文献，还没有产生出近代西方文化中的科学主义的一般历史图像，科学主义的社会史以及思想史也没有导致长期的历史综合。 要满意地完成这一课题，绝非一朝一夕之功，更不可能可唾手而得。鉴于本章的立意以及文献搜集诸方面的原因，我们在这里只打算粗略勾勒一下西方科学主义思潮的历史轨迹，顺便涉及一下20世纪初科学主义在中国。对相关问题的解读和回答，也只能偶尔为之，难免浅尝辄止、浅希近求。
在不少研究文献中，作者往往把科学主义的思想源头追溯到弗兰西斯•培根（1561-1626）和笛卡儿（1596-1650），认为他们二人是科学主义的滥觞，乃至是不折不扣的科学主义者。这种看法是不够准确的。要知道，培根和笛卡儿所处的时代（培根与伽利略、开普勒是同代人，笛卡儿稍后一些），近代科学犹如刚刚露头的孱弱嫩芽，艰难地争取自己的生存权利，还成不了什么气候。在这种与境下，根本没有科学的肥沃土壤，怎么会凭空冒出以科学作为坚强后盾和雄厚资本的科学主义呢？更重要的是，培根和笛卡儿虽然分别是经验论和理性论的典型代表，但是他们并没有完全偏执于一个极端 。尤其是，他们的科学观即对科学的总的看法，还是比较公允的和谨慎的，并没有陷入科学主义的泥潭。这里仅以争议较大的培根为例加以说明。
培根固然强调人类支配自然，但是又坚持人类应该服从自然。这二者之间并不存在真正的矛盾。他说：“人类知识和人类权力归于一，因为凡不知原因时即不能产生结果。要支配自然就须服从自然。”“因为我们若不服从自然，我们就不能支配自然。” 在这里，培根并不像流行观点误解的那样，是高傲地凌驾于自然之上、随心所欲地征服自然的暴君。特别需要明白的是，培根心目中的科学是慈善的科学——科学赞颂上帝的光荣，也增进人的舒适。他说：
我愿向大家提出一个普遍的告诫。他们考虑科学的真正目的是什么？他们不是为了心智愉悦追求它，也不是为竞争、或为比其他人优越、或为收益、或为名声、或为权势、或为这些下等事物中的无论哪一个追求它；而是为生活的利益和用处；他们作为上帝之爱的表示，完善和支配它。因为追逐者垮台总是由于权势的欲望，人堕落是出于知识的欲望；但是，关于上帝之爱，不会有过度，无论追逐者还是人，永远不会因它而陷入危险。
培根担心，新科学如果脱离博爱发展的话，会导致一种新的傲慢和新的堕落。诚如《新约》所言：“知识使人狂妄自大，爱心使人受到启发。”培根认为，人类的王国和上帝的王国是紧紧地联系在一起的。新的科学意味着我们重新获得在第二次堕落中失去的对自然的支配权；这意味着要清除悟性中的一切高傲和谬误；这也是对自然中已经给定的一切东西的谦恭地接受，“因为进入那建立在科学之上的人类王国，与进入那只有作为小孩才能进去的天国相比，并无很大的不同。”因此，培根所提出的科学与神学的分离，绝不是指科学与宗教的分离。 培根像他的虔诚的、炼金术的先驱一样，深刻地感到上帝创世之爱，对人的痛苦的怜悯和为清白、人性、博爱而努力，他认为虚荣是最致命的罪恶。他描绘了不正当地对待技艺和科学所导致的邪恶状态：“我们从我们的始祖亚当和夏娃那里复制了罪恶，同时我们为此而遭受苦难。他们希望像上帝一样，但是他们的后代甚至希望更大。因为我们创造了世界，所以我们指挥自然，对自然飞扬跋扈。我们将表明，所有的事物像我们愚蠢地认为它们应该是的样子，而不像似乎是最适合于神圣的智慧的样子，或者不像它们被发现事实上所是的样子。”正如培根看到的，对所有这一切的惩罚是无知和软弱无能。培根是一个精明人，充分敏感到人的理智和精神的弱点，意识到日常思想和论说的肤浅，也不相信在宗教或政治上异乎寻常的热心人，因为这些人也能造成损害。他一生努力在某种程度上克服这种矛盾，并引起技艺和自然科学中的真正的和有价值的革新。对他来说，这是圣洁的工作，是与精神赎救不可分割的实际博爱的工作。
培根没有把科学与科学的有效应用截然分开。在他看来，二者如同信仰与德行一样紧密地联系在一起。他再三强调，没有一种真正的、科学的认识，就无法实现减轻人类生活的苦难这一目标。 培根虽然倡导科学的经验和功利精神，但是并未否认科学的理性和理想精神，尽管他没有认识到数学精神对科学的重要意义，也低估了想象和假设的必要性。培根也没有在科学中给予理性以惟我独尊的地位。对他来说，真正的哲学有两部分即理性的和道德的，它对应于人的两种官能——理性和意志。真正的科学把这两种官能结合起来，使它自己既不满足于被动的理性之光，也不满足于迟钝的经验。 培根注意到理性研究也会受到困扰，并揭示其中的缘由：“人的知性像虚假的平面镜一样不规则地接受光线，由于把它自己的本性与事物的本性混合起来，从而歪曲和污染了事物的本性。”“在科学中几乎所有弊病的原因和根子是这样的：在我们虚假地赞美和颂扬人的心智的威力时，我们忽视了寻求它的真正的帮助。” 当科学正在兴起时，培根就坚持认为，它的所有分支应该结合成一个基本知识的本体。而且，自然的统一性能够被证明，科学通过基本的学说即对所有科学来说共同的第一哲学，能够被结合到一个普遍的本体中。 显然，培根的科学统一并不是要把所有科学分支统一于物理学，更不是要把其他知识部门统一于科学。不管哲学眼界的巨大变化，培根指出的统一方向成为科学统一的传统进路，至今还有一定的启发意义。
由此可见，培根的科学视野和科学理想是比较开阔和明智的，在他那个时代能系统提出这样的思想是很不容易的。波普尔对培根的科学观评价颇高：“培根的乌托邦就像许多乌托邦一样，努力把地球变为天堂。就它所承诺的，即通过自身奋斗以增长力量和财富，通过新知识以达致自我解放的方面来看，它可能是惟一实现其诺言的乌托邦。的确，它几乎达到了让人难以相信的地步。” 当然，培根和笛卡儿对科学的赞颂，对科学伟大复兴的自信，对科学功能的乐观预言，以及他们各自对科学方法论的两翼即归纳法（广而言之经验方法）和演绎法（广而言之理性方法）的推崇，加之其他一些具体的看法和观点（比如培根的学术分类：诗和历史是具有有限范围的第二类科目，自然科学是无比广泛、原则上更有价值的科目；笛卡儿的机械论哲学，以及关于人像机器，物理学是科学的主干的观点），都给科学主义者留下有用的口实和发挥的余地。因此，如果非要把科学主义与他们二人挂钩的话，我们也许至多只能说，培根和笛卡儿是科学主义的引线和酵素——他们本人并不是科学主义者。
准确地讲，科学主义萌生和成长于17世纪，它是伴随着科学建制化和近代科学的孕育和诞生出现的，并随着科学革命的大功告成（以牛顿1687年的《自然哲学的数学原理》的出版为标志）而得以确立。在这个世纪破晓，在意大利罗马出现了山猫学会（1601），伽利略是该科学学会的会员。1662年，英国国王颁发特许状，正式成立皇家学会，其全称是“伦敦促进自然知识皇家学会” ——这是科学建制化的正式标志。紧接着，巴黎皇家科学院（Academie des Sciences）也于1666年成立。与伦敦皇家学会不同的是，它的会员从政府领取薪俸，以研究为职业。 17世纪中期前后，是科学建制化的酝酿、准备和完成的时期，这种社会背景为科学主义的萌生和发展准备了外部条件。因为科学建制化意味着人们已经认识到，科学取得了相对自主的地位，科学独立于其他探索领域，科学规范不同于其他规范，经验的科学方法是获得客观知识的有效途径。
本-戴维揭橥，在巴黎科学院成立之前，在法国就出现了一些鼓吹科学的非正式的学术圈子和学会，为设立科学院奔走呼号。这些团体赞成积极支持科学的政策，也赞成采纳新的科学哲学，要求承认科学是一个自主的、在神学上中立的智力活动领域。在这种社会与境和理智氛围中，所谓的“科学主义运动”（scientism movement）应运而生。参加该运动的一群人相信：
科学是求得真理和有效控制自然以及解答个人及其所在社会中的问题的一种正确途径，尽管这些人大都不懂科学。在这种观点中，经验科学和数学科学是解决普通问题的一种模式，也是世界无限完美的一个象征。
这个运动“赋予科学以广泛的社会和技术含义”，“视科学为进步的象征”。“运动”这个词的涵义是指该集团努力奋斗以传播自己的观点，并使其成员作为一个整体被社会接受。当这个运动达到它的目标，并且社会实际上采纳了它的价值观时，体制化就开始了。但是，在科学院成立时，这个运动的代表没有进入，因为科学院的成员是一小批声望很高的科学家，而英国皇家学会的成员既有杰出成就的科学家，也有业余爱好者和科学政治家。不过，那时人们对科学仍然抱有戒心，认为科学是一种具有潜在危险的颠覆哲学，必须严格控制和缩小它对政治、经济、宗教和道德的影响。法国王室未让非科学家进入科学院，也有离间科学和科学主义运动的意图，把科学与社会隔绝起来。在这种情况下，科学的支持者有时也不得不抑制自己对科学的热情，科学方法向公众和社会的任何扩张都要冒着被教会和政府控告的危险。当时，“在法国知识分子看来，科学主义运动的成员是知识分子的激进派，他们对政治和经济有实际的兴趣。他们使用科学的主要目的是把科学作为在经济、政治等事务中提供客观而‘科学’的根据的一种模式，以证明进行他们所期望的变革的必要性，而且这种变革不可能或不会得到传统观点的支持。他们的思想常常是不严密的和肤浅的，在事实的陈述和价值的判断之间有大量的混乱。在整个18世纪和19世纪，这种混乱一直存在于关于人与社会的大部分哲学思想中。”
从上述陈述和分析来看，此时的科学主义已经初步具备了它的主要内涵、结构和表现形式。不过，它还不可能成为强大的文化思潮，更不可能在社会上大行其道，基本停留在热中科学的小圈子内。但是，
到17世纪下半叶，由于牛顿力学体系的确立，把原先视为高贵的天空的力学现象与低贱的地面的力学现象和谐地统一起来，给予宇宙以完美的因果说明。进而，牛顿力学的范式也立即被应用到有关学科和领域的研究，而且小试牛刀即初见成效。这大大增强了人们对科学的信赖和信心，同时赋予科学以超越自身的更大权威性，从而为科学主义的成长准备了肥沃的土壤。
诚如本-戴维所言，在时人看来，由实验和经验获得的科学真理的有效性等同乃至超过了《圣经》。在英格兰，这种新的科学概念和机械论的世界观，被一些最重要的科学家看做是与他们的不信国教的和自由主义的宗教世界观珠联璧合、相得益彰。产生前所未有的科学发现的杰出科学创造与这种深刻感受到的宗教结合起来，激励人们深信，科学研究能为所有理智努力提供共同的效果和视野，并可能导致基督教各个派别的再联合，甚或所有一神教的统一。科学努力在任何地方都未局限于它的建制化的学术界之内，对科学研究在理智上优于其他认知传统的信念，势必把科学方法扩展到对人类社会的探索。对社会问题的探索在自信方面尽管有所不同，但是却被普遍地加以尝试。
本-戴维的见解与其他学者的看法可以互证。索雷尔认为，自17世纪以来，哲学家就夸大科学在学问组合中的价值和理论理性在人的能力组合中的价值。频频发生这样的情况：当哲学家要求把道德、或历史、或政治、或美学、或人的心智的研究做成科学时，他们理所当然地认为，一个科目变成科学就能在世界上把它提出来。科学地位的获得总是值得向往的，因为科学的价值高于其他。 本顿也表明，以为科学应该包括社会知识和心理学知识在内的所有知识分支的看法，在17世纪处于支配地位。科学知识的扩展不仅会保证物质福利的增长，而且会支持成长中的美学、道德和政治的启蒙运动。新的社会、经济和政治组织会随着人类本性和潜力的理性研究而出现。
可以说，在内外因素的双重作用下，18世纪成为科学主义高扬和凯旋的世纪。在科学内部，法国百科全书派的哲人科学家以自己创造的分析力学和天体力学给牛顿力学披上精致的数学外衣，将其推向科学的顶峰；流体力学和刚体力学是忠实模仿牛顿力学（质点力学）的伟大成果；牛顿的概念框架和范式也渗透在热学、电学和磁学的研究中。在科学外部，英国工业革命（1760-1830）以及在欧洲其他国家的波及使科学的物质功能初显端倪，法国的启蒙运动（1680-1789）使科学的精神功能斩露头角。这一切，为科学主义在欧洲的繁荣兴旺提供了特别优越的环境氛围。
在启蒙运动故乡的法国，以狄德罗为首的法国百科全书派成为科学主义以及各种新思潮的大本营，皇皇35卷大开本巨著《百科全书，或科学、艺术和手工艺分类词典》（1751-1780）为启蒙思想家和科学主义者树立起一座永恒的纪念碑，也使科学和哲学走出学者的书斋，成为广大民众的思想和行动向导。哈耶克对此评论道：法国启蒙运动的特点，在于它对自然科学表现出来的一种前所未有的普遍热情。伏尔泰堪称牛顿崇拜的鼻祖，后来圣西门又把崇拜推到荒唐可笑的地步。伟大的《百科全书》是把新科学统一和通俗化的一次重要尝试，达朗伯为其所写的序言（1754）不仅是该书的导论，而且也是整个时代的序言。 索雷尔不仅把旧的哲学中的科学主义的一种形式与培根的学术分类联系起来，而且也认为另一种形式与狄德罗、达朗伯的《百科全书》密切相关：人们给出详尽无遗的科学描述的理性使人更有见识，从而更有德行；宗教不是反复灌输道德知识的方法，实际上激励人心的艺术是能使人开始干得多、而不是感知得多的艺术，即它们是基于科学的机械的技艺（arts），而不是美术（fine arts）。 I. B.科恩也栩栩如生地描绘了当时的社会现状：狄德罗主编的《百科全书》向广大读者赞美科学及其成就，而且18世纪的通俗杂志用显著的篇幅说明科学的样态，描述最新的科学发现。报纸也大量报道科学的信息，科学甚至成为咖啡厅争论的话题。尤其是，
科学把意义赋予进步，这在任何其他努力领域是不存在的。……科学不仅提供了人们能够在社会中和人际关系中希望的一种进步类型的榜样，而且人们也开始思考，科学及其最终应用的进展会改善人本身。这样的改善甚至可以用能度量的术语构想——无限延长寿命，摆脱疾病等。……孔多塞看到，科学与人类发展中的每一个进步阶段密切相关。多亏科学，不仅使国家变得更完善，使社会本身变得更公平，而且甚至死亡也会如此远离，以至它会被看做是一种难以理解的偶然事件。这种几乎是永恒的生命和幸福是科学的结果。因此，在18世纪结束时，对科学和必然来自科学的好处的陈述，在这里达到无以复加的地步。
哈耶克揭示了科学的物质功能有助于科学主义声势的强固和蔓延。在法国大革命（1879）时期，由于科学家能够在军事和生产上提供急需而必要的帮助，导致对训练有素的工程师的赞赏态度，主要从事应用教育的巴黎综合工科学校（1794）应运而生。这所学校招募到一批声名卓著的科学精英作为教员，仅仅在数年内就声名大噪，并培养出有自己典型观念、抱负和局限性的实用工程师类型的人才。他们具有不承认任何未经建构的事物有意义的综合精神，偏爱自觉建立的事物而不是自然生长的事物，并为他们在一切政治、宗教和社会问题上持有的更为简明、更为满意的解决方案而自豪。这种社会状况滋长了一种盛极一时的普遍精神，并且给人造成这样一种印象：人类的理性能力不存在局限性，人类有望驾驭和控制过去一直威胁和恐吓它们的一切力量。尽管巴黎综合工科学校的大科学家没有把他们的技能和思维习惯毫无道理地扩展到不属于它们的领域，他们也很少关心社会和人的问题，但是科学之外的知识群体却被科学主义的大潮吞没。不过，与医学院有关的生物学、生理学、心理学群体的科学家，却多以意识形态学者闻名于世。其中，比较解剖学的创始人居维叶阐述的生物科学的进步，可能大大地助长了科学方法万能论的信念。 史蒂文森洞察到，18世纪科学的凯旋，成为科学主义兴盛的强大动力。他说，各种乌托邦思想家受到新科学在天文学和力学中的成功的激励，提出应用科学方法来研究和控制人的行为。法国启蒙思想家霍尔巴赫在他的宇宙体系中，描述了相当刻板的机械论哲学版本。他追随伽利略、笛卡儿在上世纪预示的世界观，把物质论和决定论作为牛顿力学对自然新理解的结果。他把自然视为一个巨大的机器，人的心智无非是大脑的变型，是原子的结构和运动的结果。按照他的看法，自由仅仅是幻像：“如果人相信他是自由的，只能显示他的危险的错觉和理智的软弱。形成他的是原子结构，原子的运动推动他向前。”他提供的幸福的处方是：学会按照理性生活！
19世纪是科学世纪，也是科学主义逐渐从社会思潮走向观念体系的世纪。在这个世纪，热力学、光学和电动力学得以迅猛发展，并最终建立起严整的理论体系。达尔文生物进化论思想迅速传播，成为人们观察各种社会问题的一个独特视角。科学的方法和思维模式也被移植到社会科学的研究中，促进了相关学科的建立和发展。丹皮尔说得好：如果我们有正当的理由把19世纪看做是科学时代开始的话，那么原因并不仅仅在于，甚至主要不在于我们对自然的认识在19世纪有了迅速的发展，而在于
人们对于自然的宇宙的整个观念改变了，因为我们认识到，人类与其周围的世界一样服从相同的物理定律与过程，不能与世界分开来考虑，而观察、归纳、演绎与实验的科学方法，不但可以应用于纯粹科学原来的题材，而且在人类思想与行动的各种不同领域里差不多都可以应用。
在这种背景下，科学主义思潮也逐渐向观念体系行进。在19世纪初，圣西门（1760-1825）就推荐用科学的进路解决所有问题，例如把关于社会组织的科学概念化为所谓的“社会物理学”。他具有异乎寻常的抱负，相信可以在理性和科学的基础上，由科学家、艺术家和实业家这些社会精英组成统治中心，改组和重构整个社会。圣西门提出把万有引力作为“所有物理现象和道德现象的惟一原因”，认为社会、政治、人的生活一般地都可以还原为引力吸引。借助新的科学宗教，通过牛顿委员会的运作，人类种族可以完善社会，达到新的黄金时代。在这里，他明确地把科学作为宗教来信仰，把牛顿当做基督来崇拜。 哈耶克的叙述比史蒂文森更为详尽：圣西门以夸大的方式复活了伏尔泰对牛顿的崇拜，他设计了在各地建立“牛顿委员会”的计划，这些委员会必须组织对牛顿顶礼膜拜的仪式，在牛顿庙中从事研究和授课。他认为在科学能够组织社会之前，必须先对科学自身进行组织：“找到一种科学的综合，它把这些对新要素的信条统一在一起，成为重组欧洲的基础。”为此，他提出把牛顿委员会变成伟大的新《百科全书》编委会，把全部知识加以系统化并统一起来：“我们必须以物理主义的观点对其进行全面的评估和整合。”这种物理主义不仅是一种新的一般科学方法，它还要成为一种新宗教，虽然最初只适用于有教养的阶层。它要成为宗教从多神论经过自然神论向物理主义进化的第三阶段。为了伟大的皇帝拿破仑——“人间的科学教主，就像他是它的政治教主一样”——“这个时代最能动的人”，要把科学体系组织在一部与拿破伦的名望相称的百科全书中。在他的领导下，“科学教会”中的“物理学教团”将撰写一部著作，它将使物理主义条理化，利用推理和观察，找出永远指导人类的原则。除了皇帝之外，他这个最伟大的人给自己安排的任务是做皇帝的科学助理，做笛卡儿第二，在他的领导下，这个新学派的工作将会惊天动地。圣西门的著作首次把现代科学组织者的特点集于一身。对物理主义和采用物理语言的热情，统一科学并使其成为道德基础的努力，对一切神学的即拟人论的推理方式的蔑视，组织别人工作的欲望，用普遍的科学方式规划生活的愿望，无不体现在其中。他特别强调用自然科学的方法研究生理学，使之能够在从猜测阶段向实证阶段的进步中跟上科学的步伐。道德和政治科学作为生理学的一部分和它的最高峰，也必须和人的科学一起成为实证科学，因此必须“从思考支配自然科学的不同分支中的现象的众多特殊规律，向思考支配所有这些现象的惟一规律过渡”。做到了这一点，从而所有的专业科学都变成实证科学之后，普遍性的科学即哲学也会成为实证的。利用这种“实证体系”的组织，我们将明确进入人类历史的第三个伟大的时代或实证的时代，第一个或初级的时代已随苏格拉底而结束，而第二个时代或猜测的时代一直延续至今。
在圣西门的科学主义思想中，已经包含了孔德实证哲学、社会和科学的改造、人类精神演进的三阶段论等学说的萌芽，也蕴涵着20世纪初的逻辑经验论的一些见解。圣西门的思想尽管是天才的、早惠的、热烈的，但却比较杂乱和松散，根本不成体系。在圣西门之后，他的秘书孔德继承和发展了老师的思想。孔德不满意他的前辈庞杂的万花筒思想习惯，他的治学风格严谨而有系统，从而把科学主义推向观念体系化的阶段——他的六卷本《实证哲学教程》（1830-1842）、四卷本的《实证政治体系》（1851-1854）等就是明证。这些鸿篇巨制很快流行开来，不仅成为法国的正统思想，而且从1850年至少到1880年也在德国、英国、俄国等欧洲国家居于思想舞台的光环之下。孔德科学主义的核心观念是强调，实证主义的科学方法不仅提供知识统一、认识人性和社会的惟一有效途径，而且提供社会改革的价值源泉，以物理学为范型的、对社会的结构和发展做实证研究的“社会物理学”（社会学），是完成这一任务所必需的具体知识。哈耶克认为，孔德的全部哲学建立在他的著名的三阶段（神学阶段、形而上学阶段、实证阶段）规律之上。他的使命是由这样的规律决定的：一切较为简单的科学，例如物理学、化学和生物学，都已经达到实证阶段，有待于孔德来做的事情，就是让研究人类的科学也达到这一完美境界，以此完成人类的理性的主要发展。诚如孔德所说：
实证哲学的基本性质，就是把一切现象看成服从一些不变的自然规律；精确地发现这些规律，并把它们的数目压缩到最低限度，乃是我们一切努力的目标，因为我们认为，探索那些所谓的始因或目的因，对于我们来说，乃是绝对办不到的，也是毫无意义的。
也就是说，一切无法被归结为特殊或普遍事实的简单说明的命题，都不具有真实的或合理的意义。孔德承诺要证明“存在支配人类发展的规律，就像决定石头下落的规律一样确定。”要把历史改造成一门科学，一切科学的本质是能够预测。 梯利指出，孔德的理想是要改造社会，为此得改造政治和社会科学以及哲学，以便认识社会规律。为了完成这个任务，他从科学的进步看到，科学方法是新任务要遵循的方法，只有实证科学所证实的实证知识，才能成功地运用到人类实践的各个领域。凡是没有把握这种知识的地方，我们的任务是要靠模仿高等自然科学所用的方法，来获取这种知识。
孔德的实证主义和科学主义的观念体系，几乎主宰了19世纪后半叶的科学和社会思潮。斯特龙贝格深中肯綮地评论道，西方文明此刻变得越来越具有实证主义色彩，形而上学和宗教的思维方式受到排斥。日常生活充斥着科学技术，受到机械论模式和解释的影响。因此，对大多数人来说，自觉的精神生活当然应该恪守实证主义的规范，反对任何没有直接经过实验或论证来检验的真理。 在这个时期，达尔文进化论的提出，被过度诠释的社会达尔文主义的流行，加上能量守恒原理和细胞学说的发现，再次激起还原论者和机械决定论者的热情，这一切，对科学主义的观念体系在社会上的传播和风行，起到了推波助澜的作用。
达尔文读过孔德的著作，汲取了用实证科学方法研究生物的观念，摆脱了神学的羁绊。1859年，他出版了囊括他的生物进化学说的集大成著作《物种起源》。达尔文的划时代成就，直接导致和强化了所谓的社会达尔文主义——在生物进化论思想的基础上孳生的社会和文化进化理论——的兴盛。社会达尔文主义把生物进化学说，尤其是把生物生存斗争、自然选择、适者生存的规律机械地搬运到人类社会，用来诠释或阐明其发展和结构。它不仅在科学上理据不足，更重要的是把科学思想和方法无限制地外推到社会，强行用比较简单的生物过程说明错综复杂的社会过程，轻率地断定社会进化是机械地沿着固定的直线轨迹运行的。这种率尔操觚的社会理论一度成为政治保守主义、自由资本主义、帝国主义、种族主义和法西斯主义的思想基础，产生了诸多消极后果。像斯宾塞（1820-1903）和海克尔（1834-1919），就是社会达尔文主义的鼓吹者和科学主义的代言人。雅基表示，斯宾塞虽然被奉为科学的无可争辩的解释者，但是他没有在一个科学分支受过系统的训练。几乎从他成功地步入他所处时代的大智者开始，他就把科学知识视为最珍贵的知识，把科学比作最高法庭，把在所有领域中的最高权能赋予科学，甚至把科学评论为独裁者（dictator）。海克尔的洋溢着科学主义气息的普及科学，被切斯特顿看做是盲目决定论和智力帝国主义（intellectual imperialism）的先行官，即使没有明显的暴政和令人窒息的无望。
斯宾塞是像孔德一样的实证主义者，他先于达尔文提出生物进化思想和适者生存的概念。他最早把进化论用于社会领域的研究，用生物机体的构造和机能类比社会的结构和功能，以生存斗争贯穿在社会的各种关系之中，并以此作为社会进化的动力。也就是说，他把自然界和人类社会都归结为遵守同样的原理，这在他的《社会静力学》（1850）中得以集中体现。从1870年到1890年，斯宾塞的更多地带有拉马克色彩（当然也带有达尔文色彩）的社会进化思想曾经风靡一时。斯宾塞对科学知识价值的估价也夸大其词：
什么知识最有价值？一致的答案就是科学，这是所有方面得来的结论。为了直接保全自己和维护生命的健康，最重要的知识是科学。为了那个叫做谋生的间接保全自己，有最大价值的是科学。为了正当地完成父母的职责，正确指导的是科学。为了解决过去和现在的国家生活，使每个公民都合理地调节他的行为所必须的不可或缺的是科学。同样，为了各种艺术的完美创作和最高欣赏所需要准备的也是科学。而为了智慧、道德、宗教训练的目的，最有成效的学习还是科学。
海克尔把达尔文的学说发展成一种哲学信条，建立了一种完备的一元论哲学：“全宇宙，包括人类在内，作为一个奇妙的统一体，都被永恒不变的定律所支配。”他认为有机和无机世界是统一的。碳的化学性质是生命运动的惟一原因，有生命的原形质的最简单的形态必然是碳与氢的无机化合物，经过自然发生的过程产生出来的。心灵的活动只不过是一组完全决定于原形质的物质变化的生命现象。每个活动的细胞都有心灵的特性，而由单细胞原生动物的简单的“细胞心灵”演化而来的人类心灵的最高能力，只是脑细胞心灵功能的总和而已。
进入20世纪，维也纳学派在其逻辑经验论中，把科学主义的观念体系理论化和系统化，推向哲学思想的颠峰。尽管哲学中的科学主义并不是由逻辑经验论或科学经验论开始的，但是诚如索雷尔所说，哲学中的科学主义在20世纪达到高峰，则是不争的事实。自从1920年代维也纳学派构想科学统一纲领以来，使哲学转化为自然科学的分支，要求伦理学的自然化和生物学的基础等声音不断高涨。当时，最有影响的科学主义代言人是卡尔纳普、赖兴巴赫和纽拉特。这些哲学家相信，没有一个研究领域在实证科学之外，或不能从实证科学的方法中受益。这些人坚持的科学经验论具有五个显著的特征：科学是统一的，科学没有限度，科学在预言、说明和控制中是大大成功的，科学方法把客观性赋予科学的结果，科学对人是有益的——这些特征或多或少都具有科学主义的色彩。这种新的哲学中的科学主义是一种类型的自然主义。它不是有组织的运动的教条，关注地扩展到文化的整体。它是对过时的和专横的学院哲学类型的反应的集合。对于经验证据具有清楚意义的问题，它反对对其做先验研究的假定；对于科学完全能够说明的事物，它反对为使其有意义而乞求形而上学的专横。
逻辑经验论没有公认的思想和行动纲领，在这面旗帜下聚集的哲学家亦非铁板一块，即使在维也纳学派内部，也存在诸多见解分歧。但是，在坚持和发展科学主义方面，却是取向一致的，这主要表现在他们的彻底的经验论原则、反形而上学、统一科学和用科学的世界概念改造社会上。在由纽拉特执笔、于1929年联名以小册子出版的维也纳学派宣言中，集中表达了维也纳学派和逻辑经验论的科学主义的系统观点，提出用科学的世界概念统一科学、改造社会、塑造人生的宏伟愿景——这在某种意义上可以说是一篇科学主义的宣言书。该宣言倡导与“形而上学思想和神学思想”对立的“科学的世界概念的精神”——“启蒙精神和反形而上学的实际研究”，“以经验为基础的思维方式和对思辨的厌恶”。宣言指出，“科学的世界概念的特点并不在于其特有的一些论点，而在于其基本的态度、观点和研究方向。”“第一，它是经验主义的和实证主义的，只有来自经验的知识，这种知识是建立在直接所予的基础上的。第二，它是以一定的方法即逻辑分析的运用为标志的。科学工作努力的目标是通过将逻辑分析应用于经验材料达到科学统一的。”科学的世界概念“其目的是统一科学。”科学的世界概念认为，“没有不可解之谜。传统哲学问题的澄清使我们部分地揭示了它们是一些似是而非的问题，部分地把它们转变为经验问题，从而使它们服从经验科学的判断。”这种澄清的方法就是逻辑分析方法，该方法通过鉴别一个陈述是否能够还原为关于经验所予的最简单的陈述，从而分清有意义的经验科学的陈述和无意义的形而上学之类的陈述。“作为并列于或超越于各门经验科学的一种基础科学或普通科学的哲学是没有的；除了经验方法以外，没有任何一种方法可以达到真正的知识；经验之外和经验之上的思想领域是不存在的。”不仅要把哲学还原科学，而且在社会科学中也要“清除形而上学的杂质”，使之“净化到物理科学所达到的那种程度”。与此同时，“科学的世界概念是和现代生活密切相关的”，应该以其“塑造公共生活和私人生活”，“改造社会秩序和经济秩序”，“致力于人类的联合”。宣言最后这样写道：
科学的世界概念的精神正日益渗透在个人生活和公共生活以及学校课程、教育、建筑艺术之中，也有助于按照理性原则改造经济生活和社会生活。科学的世界概念服务于生活，生活也接受这种科学的世界概念。
值得注意的是，维也纳学派和逻辑经验论基于科学的世界概念张扬科学主义的文化价值观，并在推进科学化 的过程中实现自己的科学主义理想。这种意向和见解在其代表人物的论著中俯拾即是。该学派的领袖石里克揭示，形而上学的没落并不是因为它研究的问题是人的理性不可解决的，而是它所提出的问题本来就是假问题。他说：“没有什么原则上不能回答的问题，没有什么原则上不能解决的课题。人们一向认为不能回答、不能解决的，并不是真正的问题，而是无意义的语词排列。”他提出的意义标准是：“一个命题的意义，就是证实它的方法。” 石里克在这里所说的方法，意谓逻辑分析加经验证实（verification）的科学方法，后来卡尔纳普用“确认（confiemation）代替证实” ，对经验论原则有所冲淡。赖兴巴赫则力图把哲学纳入科学的框架予以改造：“哲学思辨是一种过渡阶段的产物，发生在哲学问题被提出，但还不具备逻辑手段来解答它们的时候。一种对哲学进行科学研究的方法不仅现在有，而且一直就有。从这个基础上出现了一种科学的哲学，这种哲学在我们时代的科学研究里找到了工具，去解决那些在早先只是猜测对象的问题。”他最后的结论是：“哲学已从思辨进展而为科学了。” 卡尔纳普甚至昌言物理主义的科学统一观：“每一心理句子都能用物理语言来表达”，“物理语言是普遍的和主体间的”，因此“物理语言是一种普遍语言” 。费格尔这样诠释物理主义的两个主旨：
物理主义的第一个论题，或关于科学语言的统一性的论题，基本上就是建议把能否在主体间证实看做有无意义的标准。在这第一个论题中，“统一科学”实质上意味着自然科学和社会科学中一切实际认识的（即非分析的）陈述的证实基础是统一的。从这个论题中必然得出的结果，就是肯定科学方法的统一性。……物理主义的第二个论题断言：自然科学和社会科学中的种种事实和规律，至少从原则上说都可以从物理学的理论假设中推演出来。我们可以把这第二个论题表述为：这是相信有可能建立一个统一的解释系统。
对此，普尔评论道：逻辑实证论振臂一呼，以科学的名义，把所有道德的、神学的和形而上学的陈述作为无意义的东西打发掉。科学被过度地奉为神明，被吹捧为能够相信的理性仲裁人。他们还把科学语言或物理语言提升到元语言的地位，所有其他语言都要以它为参照做出判断。 逻辑经验论岂止以物理主义作为统一科学的基础和元语言，它甚至以物理科学解决问题的方式寻求社会问题的“直线”解答呢。
虽然维也纳学派和逻辑经验论的科学主义在理论化和系统化方面达到思想体系的顶峰，但是并没有在学界起太大作用，也没有在社会上造成太大声势。其原因在于，19和20世纪之交，批判学派的代表人物马赫、彭加勒、迪昂等对经典力学的批判、对经典科学观的反叛以及提出的某些超越时代智慧的后现代思想 ，严重地消损了科学主义思潮 ；20世纪初以相对论和量子力学为标志的科学革命的凯旋，现代科学的认识论和方法论出现的某些新动向和有益启示 ，与科学主义形成抗衡之势；世纪伟人爱因斯坦的开明的人文的科学主义和科学的人文主义思想 逐渐深入人心，使科学主义难以俘获人们的心灵；1960 年代以来，在科学哲学和科学社会学领域涌现的对逻辑经验论的反动，一浪高过一浪。因此，尽管逻辑经验论的科学主义思想相当严密和精致，也不可能在科学共同体和学术思想界一呼百应。同时，由于这种版本的科学主义属于“阳春白雪”之列，自然曲高和寡，亦不可能在社会上广为流行。
虽说逻辑经验论的哲学和理智上的科学主义不可能声势高涨，但是科学主义作为一种社会思潮和心理厚望还是有机会找到它的市场的。从19世纪后期开始，随着染料工业、电气工业的发展，科学成为新工业基础的作用日益受到重视。特别是进入20世纪，科学成功地发现了许多微生物病原，又研制出新的疗法和药品。化肥、农药、作物育种的普遍使用，大大提高了农产品的产量，缓解了饥饿的威胁。科恩对此评论说，这一切给人们以深刻的印象，对科学的功能的崇拜开始发展了。这种崇拜使人们深信，科学家能够解决任何问题，只要他们把思想转向它。几乎与此同时，一种希望在人们心中骤然升起：科学家不仅在与科学的硬核同源的领域（医学、技术、农业等）能做出有益的变革，而且在人类事务中也能如此。对许多人来说，科学似乎对人类所有的问题都能提供答案，不论是住房、国际关系或城市问题。 本-戴维看到，尤其是在二战之后，科学在西方变成社会的世界观的中心要素，科学方法被看做是能够处理社会生活和物质生活的进路，理性的和经验的研究被视为对付经济和社会问题普遍可应用的和可接受的工具，这种工具能够在不诉诸武力和暴力的情况下，调停社会冲突和政治冲突，并推进人们向更好的未来迈进。二战后20多年，科学被置于中心（science-centered）的世界观导致教条主义的科学主义（dogmatic scientism）。这种科学主义的要素能够在西方、特别是在美国观察到，其对科学的权力和权威的信仰时常是教条的。
这种教条主义的科学主义显著不同于早期形式的科学主义。科学的有效追求与政府和经济的分散化的自由形式联系起来，而先前17世纪的科学世界观偏爱集中化的计划和权威政府。“科学作为无止境的前沿”的新培根的乌托邦也变得与自由的民主联系在一起。人们广泛地相信，通过研究，所有社会的、政治的、经济的问题都会迎刃而解，并期望美国总统约翰逊允诺的“伟大的社会”如约而至，在这个社会中，民主的政府会对事业和研究所要求的自由提供领导和保障，以便存在不断改善社会福利的手段。在科学家和科学代言人中间，惊人地确信（在许多场合接近于过分确信和傲慢）他们在帮助导致这种乌托邦的实现中有重大的作用和能力。
