只有学术自由、言论自由、出版自由才能保障这一切，即保证科学的坚实基础和发展。否则，以任何理由（“站在人民、工人阶级的立场”，“科学为无产阶级政治服务”和“社会主义建设的需要”）改造（抹杀）严肃认真学者的不同的思想和声音，就能够以同样的理由改造、抹杀不合于主流理论、思想的实验结果和新理论、推论、实验，这样就使科学的坚实根基与发展都被破坏。

　　在思想改造运动中，虽然基本上是在个人的政治思想领域，但随后很快就以同样的理由自然而然地越过了这个界限，进入了科学领域如经济学、遗传学等。对知识分子的思想改造破坏了学术自由，阉割了科学赖以存在和发展的学术自由。一旦学术自由受到限制或丧失，科学就能够以“立场”、“态度”、“科学为无产阶级政治服务”和“社会主义建设的需要”的理由，变成“社会主义的科学”和“资本主义经济学”、“资产阶级遗传学”等一系列冠以“资本主义”、“资产阶级”的各种科学理论、推论和实验，就不再是科学。不为求真的目的、仅仅满足权力要求，无视科学研究基本要求的“科学研究”也就是注经，甚至是恶劣的学术打手，而不再是科学研究。

　　从历史结果上看，对知识分子进行社会主义思想改造，运用政治权力要求（强迫）知识分子表明与政治权力相同的立场和态度，而且是非此即彼的立场与态度，伴随着组织清理（即强迫不服从的知识分子失业），就用政治权力在思想理论上决定了中国知识分子的资产阶级知识分子的地位，知识分子必须改造自己以及自己的思想以符合社会主义的要求，也就是权力的要求，隐含着权力决定了学术，而后的对知识分子“脱帽加冕”等措施只不过是出于形势需要的来自政治权力的随时可以收回的恩赐。这场运动，也是中国知识界“官本位”的开始。

　　当我在史料上看到，对知识分子进行思想改造运动的“始作俑”的倡议者，竟然是老中央研究院院士，时任北大校长的马寅初先生时，我略为吃惊，为那一代科学家和中国科学的命运感到悲哀。马寅初先生在新人口论上，不惜一切代价坚守住了科学的底线，还是令人尊敬的；但他所遭受的大批判的待遇，却与他当年为了改造中国的理想所倡议发起的思想改造运动有一定的关系。为什么马寅初先生后来能够为科学而不惜一切代价，当初却提议进行破坏科学的坚实基础和发展的“思想改造运动”，并砍断了北大的自由主义传统？

　　（注：我之所以对马寅初先生的行为仅仅是略为吃惊，起因于我对胡适著名的“大胆假设，小心求证”的思考，胡适对科学方法的约简到了不准确的地步，我认为这样不够科学的约简是不允许的。科学方法因不同的研究类型而不同，主要的应当是在已确立的经验基础上作出大胆的假设，通过严密的推理或计算得到结论，用全面的实验来验证。如此的文人式表述如此著名，使得我怀疑那时中国社会科学界的科学素养。当然，这主要是因我本人深受爱因斯坦的影响，从自然科学的角度得到的结论。并且我看不到胡适先生的文集，不知道胡适先生的全面表述。可能我的判断有误。我认为较准确的简约表述应为“经验为基础，大胆作假设，推理并求证。”）

　　中国人的历史意识非常强，这本是一大优点，能够吸取创造者、杰出者的经验教训，学习别人的长处，避免不必要的损失。文明的进步和历史上人类的光辉闪耀之处在于创造者、杰出者的奋斗与成功，而不是别的。历史就是创造史，否则不过是人类愚蠢和灾难的记载。但对于鸦片战争之后的中国人来说，最大的困难、痛苦是：中国落后于西方太多，并且几百年来，西方才是创造者，各方面的创造都是西方所作出的，中国人只有很少的创造。

　　因此，从中华文明、中国历史的创新、发展这个角度来看，近代、现代中国的历史，发生在西方。令中国人痛心、加剧困难的是：让中国人明白这一切的情况，少数是靠善意的交流、学习，大多数则是西方人包括日本人用枪炮和无数民众的死难、用屈辱的不平等条约和掠夺，才迫使中国人认识到中华文明的落后。