在方法论上，整体论者对还原论的众多攻击经美国学者D.C.菲立普总结为三类整体论：整体论I、整体论II与整体论III。它们主要集中在彼此相联系的三个论断上：1)整体不等于部分之和，整体的各组成部分具有紧密的内在联系，任何分割都会损害这些联系；2)对一个整体，我们不能根据对部分的研究获得对整体的完全解释，因为分割已损害整体，分割后的整体已不再是原来的整体；3)对整体的研究应以整体为研究对象，使用整体的专门术语与理论。强的整体论要求完全满足这三个论断。弱的还原论与弱的整体论在此并无本质区别，它们都基本能接受论断1)与论断3)。论断2)是整体论与还原论的真正对立点。焦点汇聚在这样一个问题上：如果分割必定会损害整体，我们是否还可以依据分割后的部分来认识整体？

　　强整体论者在此走入了绝对主义，对此是坚决否定的。然而，这一理想是难以实现的。如前所述，任何现实中的整体都是局域性的，都是更大整体的部分。世界上也根本不存在一个所谓未经分割的绝对整体。人类所有的科学知识都是局域的，不存在针对这样一个所谓绝对整体的完整解释。罗素曾指出：“假使一切知识都是关于整体宇宙的知识，那么就不会有任何知识了。”在科学方法论上，强整体主义与强还原主义一样都是一种简单化，前者把一切都归结为整体，后者把一切都归为部分。事实上，即便面对这样一个局域整体，科学无需也无法穷尽一切联系。科学实践的重要任务在于探求组分间关键的内在关联，舍弃一些不必要的联系，以部分整合世界。由此，整体论方法的关键是要善于必要的简化，以局域整体的观点在关节处切割自然，而不是以整体拒斥任何分割，走向简单化。

　　综合上述，整体论方法对还原论方法的超越不是抛弃与决裂，而是扬弃与综合。

 

    整体论方法的局限：分割困惑与演化难题

 

　　当我们把整体论方法限定于“合理分割”基础之上时，一个困惑出现了:是否任何对象都具有可分解性？存在不可分解的对象吗？或者即便勉强能分解，我们也难以由分解的部分来认识整体？这样的对象确实存在，它就是“演化”。

　　演化是整体论思想的一个重要来源，人们很早就认识到了有机生命个体的创生、成长、进化和消亡是一个整体的过程。但在方法论上，演化从未纳入其体系。1945年贝塔朗菲首次提出建立一般系统论的设想，这可视为整体论发展中的一个里程碑。作为生物学家，贝塔朗菲更是注意到了演化的重要性，但演化在一般系统论中依然是一种理念，而不是其理论的必然组成。这是因为，无论整体论方法如何发展，分割必须是对同一实体的分割，分割后的部分必须是同质的，这才能保证由部分上升到整体的逻辑可能。分割的同一性、部分的同质性凸显整体论方法的实质是基于实体论之上的构成论，它难以将演化纳入其理论内核。面对一个实体，如一只西瓜，我们可以较为轻松地分割为几块并由部分回到整体，因为在分割过程中作为实体的西瓜并未改变，其每一块都是同质的；而面对一个演化过程，我们是难于分割的。演化对象总是处在流变中，昨天的毛毛虫与今天的蝴蝶从构成论的视野来看它们完全是异质的，是无法以构成方式拼合的，可它们却共同形成一个简单生命体的整体过程。对于演化来说，“整体”与“部分”这一对范畴是远远不够的。演化过程是由个体所生成的，但个体并不就是过程的部分；演化整体与个体还常常分跨多个层级，不仅各层级间是难以通约的，并且层间联系与各层级内部联系也完全不同。演化的核心问题不再是整体由何构成，而是演化过程如何生成。一些哲学家认为我们应由整体论走向生成论。在科学上，目前虽然对于一些简单的、异质性变化不大的演化通常可通过一定程度的粗粒化（coarse graining），转换为同质对象的状态改变在宽泛的整体论框架内解决，但这必然是十分有限的。特别是面对经济、社会、生态等领域日益增加的复杂演化系统来说，这种局限尤为明显。

复杂系统的演化难题在20世纪70—80年代得到了科学的回应，由一批处于科学前沿的自然科学家开道、推进，而掀起了复杂性研究的浪潮。由巨量组分组成的复杂系统是如何涌现的？生命如何诞生？如何解释自组织临界现象？这些问题都吸引着人们不断探索。复杂性科学的边界迄今还处在迅猛发展中，“超越还原论”同样是其方法论的主要目标。与整体论方法显著不同的是，复杂性科学不再执著于“分割”，而由实体转向过程，由存在走向演化。我们对世界的理解也由还原论装配似的世界向涌现的、自组织的世界转变。这一研究进路究竟只是整体论方法的深化，还是会引发科学方法论上的哥白尼革命呢？我们拭目以待。