前面论述了当代西方哲学有关事实与价值关系的一些基本观点，这些观点为我们合理解决社会科学研究中的价值问题提供了借鉴。
就本来意义而言，社会科学是以社会为对象的系统的知识探究，因此它在实质上与意识形态等主观价值体系有所区别。其区别主要表现在基本立场、态度和方法上。从基本立场来看，社会科学以追求关于社会的事实知识或确切知识为基本任务，因而一般不预设立场。真正的社会科学是真诚而无畏的，无须迎合某些特定的个人或社会集团的口味，因而所采取的态度是合理的怀疑。研究无禁区，一切似乎已成定论或天经地义的东西或结论，都可能成为社会科学家的怀疑对象。即使有可能在研究的过程中否定自己的先前结论或成见，也在所不惜，真正的社会科学家是“无我的”，不怕否定自己。因此，解放思想、实事求是，正是社会科学的题中应有之义。在方法论上，社会科学多用归纳法、统计法等科学方法，以便从具体的社会现象中得出规律性的东西。尽管归纳法是不可靠的方法，但为了探究事实，社会科学家仍然频繁地使用，包括统计法等科学的归纳方法。
意识形态等主观价值的追随者则与此不同。他们固执地追求信仰，从抽象的观念、原则、口号出发，竭力为某些特定社会集团的利益服务，因而他们采取的是教条主义的顽固态度，对既成的传统和信念不敢怀疑或质疑。其方法大多为演绎法，即从抽象的大前提出发，推演出脱离现实的结论，所以意识形态等主观价值体系尽管也打着科学的旗号，但其论证方式却十分繁琐，追求华丽的词句或动听的口号，实质则空洞无物，思维也不讲究逻辑，经常出尔反尔。归纳法和统计方法在意识形态那里只具有纯粹工具的意义，事实成了任人打扮的女孩子。
社会科学和人文学科还存在一定的区别 ，前者指的是像政治学、经济学、人类学等与自然科学更为接近的学科，可以采用经验研究和统计学等手段，后者指的是文学、历史、哲学、艺术学等更具有文化特点和包含更多价值判断的学科，往往与特定文化的价值观分不开。然而，当代的一个发展趋势是日益要求人文学科也具有客观性和科学性，即采用更多的科学方法和论证方式。比如，伦理学曾被认为只是关于规范价值的学问，但是，20世纪的科学主义者提出了伦理学不能与现实生活相脱离的任务，伦理价值前提应从实际生活的伦理中得出。因此，人文学科如仍停留在传统的相对价值的水平，永远自说自话，无法像科学那样可作广泛而重复的比较和讨论，那显然是一种落伍的表现。
将人文和社会科学只当作特定社会集团的学问，是其利益的集中表现，甚至提出所谓民族特色的科学、经济学、政治学等等，这实际上是将这些学科降至不具普遍意义的私学的水平，与占星术、风水术没有多少区别了。一门学科只有在成为可跨文化共同研究、讨论和验证的学问时，才能成为公认的科学。社会科学也许因为研究对象的文化特色而加入了某些价值因素的考虑，从而有可能影响研究者对具体社会问题的看法，但每门科学都有一些共同的、基本的公理、原则、范畴或概念，以及公认的研究和验证方法，包括共同的逻辑工具。比如政治学中的国家、政体、民主制、权利等概念及相关学说，用于民意调查的统计方法和一般数学及逻辑方法，便属于这种共同基础性的东西。
当然，如前所述，纯粹的绝对的价值中立在科学研究中也只是一种难以实现的理想，类似于乌托邦，而且正如普特南所说，从更高的境界来看，脱离客观性的价值只是主观价值，并不具有真正的价值意义。然而，这仍然不能说明科学研究丝毫不需要警惕主观价值的束缚或影响，妨碍认识客观性的实现。而且，人的认识与科学发展的高低阶段之分，在时间上也有侧重点先后的区别。可以说，只有在较低层次上解决了事实与价值相对区分的问题之后，才能实现较高层次上统一的任务。
由此来看我国当前的社会科学研究，仍然在相当程度上处于较低层次的主客不分、科学与意识形态混淆的状况。举例来说，伦理学几乎还没有脱离规范伦理的阶段，对于当前人们实际上如何处理或对待人伦关系，较少作实事求是的描述性研究，一般仍停留在从抽象规范向下推演的水平。诚然，规范伦理是伦理学的重要内容之一，但作为科学的伦理学还要从事认定事实的工作，这就需要进行某种程度上价值中立的研究，避免把伦理的“应当”误作“是”。在传统伦理的研究上更存在事实与规范不分的情况，例如有人把写在经典中的规范伦理与中国社会实际处理人伦关系的事实混为一谈，几乎不指出两者间的区别；更有人将战后日本等东亚社会的成功归结为孔孟之道，对于这些国家在长期传统中形成的带有自身特点的伦理道德作如此轻率的概括，更显出概括者社会科学研究常识的欠缺。
至于像社会学、政治学、法学等社会科学，也程度不等地存在着事实与价值混淆、应然判断与实然判断不分的情况。一些人不懂政策宣传与事实认定之间的区别，硬是把“应当”当作“是”，不懂得意识形态与科学并不是一回事。立场相对中立的问调查和事实报告，特别是在涉及政治、性等敏感问题上，做得还相当不够。有时候则以感情代替法律判断。例如，某个新兴小城市近年在吸引外资和城市建设及环境卫生方面做出了显著的成绩，但其干部在工作作风上却存在着明显的缺陷，长期要求机关干部普遍加班加点，休息时间极少，在维护城市卫生时采取了一些明显违反法律规定的严厉惩罚措施等。这些都是涉嫌违反现有法律、侵犯公民权利的问题。但有研究者写文章把这些归结为“善良违法”，试图以其行为结果的某些成绩来论证其违法行为的合理性。请注意这里的“善良违法”这一提法，这是用伦理价值判断来限定事实判断。如果有点现代科学的常识，便不会这样来认识问题。因为事实首先是，这些规定违反了我国现行法律的基本精神，至于行动者的动机是否善意，则完全是另外的问题。以对动机的价值判断来为违法的行为作辩护，显然是难以服人的。
造成这些情况的原因是多方面的。历史上的中国社会在“百家争呜”时期多种学派并存竞争，源于民间的学问可以被某些统治者所利用，但尚未出现官方垄断学术的局面。只是到了汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”以后，一切学问才被打上了官方的烙印。其结果是历史、文学、哲学都摆脱不了官方意识形态的束缚，成为广义的统治术的一部分，更不用说法学和政治学了。这种情况甚至蔓延到自然科学，如天文学为皇帝订立历法服务。当西学经过外国传教士之手传到中国时，官方思想已严重僵化和落后，采取了抗拒的态度。直到20世纪初的政治和文化变革，才最终冲破了官方意识形态的束缚，现代自然科学和社会科学才得以在在中国生根。然而，近百年史仍然是科学、特别是社会科学争取相对独立的奋斗史。实事求是的原则在社会科学研究中真正得到贯彻，经历了百般曲折，至今仍然是项艰巨的任务。一些人习惯于唯上、唯书，偏偏不唯实， 连面对现实的勇气都没有，制造了许多指鹿为马、改事实、严重脱离实际的“研究成果”，以“遵命为术”为己任。因此，解放思想是项长期的任务，需要克服传统的体制弊端，使研究者真正摆脱各种束缚，取得真知。
由此可见，我国社会科学研究存在着较普遍的事实与价值不分的问题。当然，社会科学中的事实与价值，客观性与价值判断之间的区别不是绝对的、一成不变的。二者在更高层次上可以统一起来。但在较低层次，在社会科学发展的初级阶段，注意两者之间的区别则是更为重要的任务。只有解决了低层次的区分问题，才能解决更高层次的统一问题。另一方面，绝对化地理解科学的价值中立，在两者之间划出截然分明的界限，同样也会陷入乌托邦主义，因为我们只能做到大致的区分。
因此，问题正在于掌握一个合适的度。如果把纯粹的绝对的客观性与完全的主观价值当作两个极端，那么实际的研究者总是处在两者之间的某个位置上。我们的社会科学研究在相当程度上还处在靠近主观价值的一端，有必要经过艰苦的努力，更接近客观性那一端，当然，谁也无法奢望达到彻底的客观性这一理想状态，只能尽力做到比较高的客观性。反之，毫无客观性的自觉要求，让科学与主观价值混淆不清，那就连起码的科学性也无法保证。
