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明确实在观念与实在论的真实涵义后，倘若主张科学实在论，则将意味着：首先，在本体论上预设或承诺一个在感性具体的事物之外的超验和永恒不变的理念、形式或共相世界；其次，在认识论上主张科学理论正是对这样一个实在世界的真实描述；再次，在方法论上也相应地追求某种能够把科学导向这个实在世界的先验逻辑，从而可以使之同实在论内在地融合成为一个统一的整体。显然这只是一种基于语义分析形成的科学实在论。虽然它仅仅是纯思辨的产物，却相当准确地体现了本来意义上的科学实在论，不妨称之为科学实在论Ⅰ。不过人们通常已经习惯于把这种实在论称为形而上学实在论，并认为它同科学无关或者对立。然而事实上，这种长期被作为形而上学加以拒斥的实在论，在现代科学中已开始凸现出来。这是一个不容当前各种现实的科学实在论Ⅱ忽视的重要事实。

爱因斯坦的科学，作为传统宗教的一种替代品，显然是对于他所信仰的和谐的宇宙的描绘。自然规律的绝对性、形式体系的相对性、数学物理化与物理学数学化等〔2〕，在认识论和本体论相统一的基础上忠实地继承了柏拉图主义的科学传统，从而构成一种真正的科学实在论。尽管这种科学观在科学史上不占主流。然而随着现代科学向两极领域的不断扩张，这种观念的市场似乎是越来越大，甚至连实证主义的追随者海森堡等人，也明显感觉到现代物理学正在向柏拉图主义复归。只是何以证明这样一种描绘恰恰就是宇宙的本来面目，在认识论范围内是不可能得到真正解决的。

    科学实在论Ⅰ预设或承诺一个理念、形式或共相世界，并要求科学理论描述这个实在世界。既然现象世界受外在于自己的理念支配，科学要解释和说明现象就必须准确地把握理念，而这样的科学显然是不可能在现象世界中纯逻辑地归纳，它必须到精神世界中纯理性地建构。科学实在论Ⅰ的方法论基础是理智的直觉、思辨与审美能力，包括科学创造中的直觉、猜测、想象和推理，理论评价中的简单性等，在本质上是一种形而上学的理性实在论。然而何以保证科学理论所描绘的正是实在世界，在方法论的范围内也是无法解决的。所以这样的理论与其说是科学，还不如说是哲学或神学。不过爱因斯坦事实上也正是一个融神学、哲学与科学为一体的奇才。他的相对论巧夺天工居然没能获得诺贝尔奖，也说明了科学界对于“科学究竟是什么？”，还是具有自己的内在尺度的。

从历史上看，以实验作为特征的近代科学是在唯名论的旗帜下兴起、在经验论的传统中获得大踏步发展、并在实证论的怀抱中走向成熟的。同科学实在论Ⅰ相比，科学实在论Ⅱ更好地继承并体现了这样一种哲学的和科学的传统。它所关注的始终都只是现象、质料或殊相等现实的和感性具体的物质世界。近现代科学基本上是在这样一个物质世界中展开的。只是这个世界还存在着复杂的结构和层次。从人类自身的时空尺度看，它至少可以被划分为两大部分：一部分是人们借助于现有的技术手段可以感知的，不妨记为A；另一部分则是在原则上应当能被感知而目前借助于各种技术手段尚未被感知的，也不妨记为B。从认识论的层面看，人们既可以用A解释B，也可以用B解释A。大凡是从现象世界中的任何一个层次出发对其相邻层次所作的各种因果解释，都可以直接地构成现实的科学实在论Ⅱ的思想基础。不过从当代科学实在论发展的实际看，它们大都是以还原论作为其方法论基础的。

近代科学是在从A到B进行还原的，它以B作为A的内在原因和根据。具体说来，一个科学理论要想正确解释和说明A，就必须首先如实地描述B。近现代科学主要是在这种思想支配下层层还原、并最终从原子走向夸克的。极端的还原论总是要在本体论上预设一种实体，并在认识论上要求科学理论描述这种实体。它们认为成熟的科学理论中的所有名词术语及其中所包含的理论实体应当在现象世界中有确定的指称。W.塞拉斯和普特南的逼真实在论就是以此作为蓝本建构起来的。温和的还原论通常只是在本体论上承诺一种实体，夏佩尔的科学实在论、杰利的建构实在论和哈金的实验实在论等大体是属于这种类型。它们没有预设或承诺超验的实在，却预设或承诺了超感的实体，并且坚持认为科学理论或科学实验中所反映的就是真实的存在。

随着现代科学向纵深发展，尤其是伴随现代系统科学的兴起，整体论正取代还原论而成为一种新的科学范式。丰富多彩的现象世界实际上也绝没有还原论者所想象的那样简单。人们在其中发现了自然界的层次结构并揭示了它非同寻常的意义。整体论以A作为B的外在原因和条件，从而使“关系”取代“实体”而成为科学解释和说明的基础。它是现代科学正在摆脱古希腊自然哲学传统走向亚里士多德主义的一种进步。现代西方哲学中亚里山大的突现进化论、怀特海的过程哲学、哈特曼的批判实在论、拉兹洛的系统哲学和邦格的科学唯物主义等，也都具有这样一种极为明显的思想倾向。

科学实在论Ⅱ本是在反实在论的框架中建构起来的。它是以现象世界中各种感性具体的属性作为经验基础的理性实在论，在本质上是反柏拉图主义实在论的。近代科学以还原论作为方法论基础，试图将属性归结到物质实体上；现代科学则以整体论作为方法论基础，试图将属性归结到关系中并从而完全消解物质实体。这种实体的淡出和关系的凸现使形形色色以还原论作为蓝本的科学实在论Ⅱ普遍陷入困境。科学实在论Ⅰ预设或承诺实在，却无法保证科学正确地把握实在；科学实在论Ⅱ放弃这种实在而执着于描述现象，却最终连现象也把握不住。这就难怪现代科学哲学中现象主义、约定主义、工具主义和实用主义思潮要非常盛行。马赫、阿芬那留斯、彭加勒、迪昂、布里奇曼、奎因、拉卡托斯、库恩、费耶阿本德、劳丹、范·弗拉森、詹宁斯、黑崎宏等人都是颇有影响的反科学实在论者。即使是始终以科学实在论著称的普特南，到后期提出的所谓内在实在论，实质也是反科学实在论的。科学实在论不仅在逻辑上困难重重，而且在历史上也漏洞百出。倘若从整个科学发展的历史看，无论古代的托勒密，还是近代以来的哥白尼、伽利略、开普勒、牛顿、法拉第、麦克斯韦、玻尔和海森堡等一流的科学家，虽然说不能完全抗拒科学实在论的诱惑，然而他们总体上似乎都是在从事一种拯救现象的工作。

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    科学理论是人类认识发展到一定历史阶段的产物。从认识论的观点看，它作为主客体相互作用的产物，其中必然内在地凝结着根源于客体、然而却是由主体来规定、并因而具有主体间性的客观性现象，以及根源于主体、却必须由客体来规定的主观性理念。所以撇开它的语言、逻辑、数学表述形式就其经验内容来看，科学理论显然是由现象知识与理念知识这样两大类知识构成的。前者从现象世界出发，是人类关于物质世界感性具体的经验知识的归纳和总结，是实在论一直试图超越的“虚”与唯名论极力维护的“实”；后者从理念世界出发，是人类关于精神世界理性抽象的经验知识的反思和概括，是实在论始终所向往的“实”与唯名论坚决拒斥的“虚”。它们分别凝聚和体现了历史上能工巧匠的技术传统和人文学者的思辨传统。科学理论正是人类在这两种不同的知识传统中所积累起来的两种类型的知识在一定的语言、逻辑、数学形式构成的框架和体系中同化与融合的产物〔3〕。

    近代科学是从现象世界中展开的。物质实体、属性及其相互关系是科学理论中所涉及到的主要经验内容，它构成了科学理论中最为重要的外部经验基础。按照唯名论的观点，现象世界中这些感性具体的东西正是唯一真实的存在。然而从现代哲学和科学认识发展所获得的结论看，实在论否认它们的真实性并不是没有道理的。

    首先，从哲学认识论方面看，现象作为从属于主客体关系的范畴，是不可能脱离主体来规定的。既然主体是人，现象也必然是属人的。倘若把主体换成某一微生物，现象也必然要属于这种微生物。事实上，人类迄今为止所获得的全部认识成果，都始终是以人类自身的存在尺度作为基准的。罗素当年曾经谈到过这个问题。卡尔纳普、刘易斯和克里普克的可能世界理论也都涉及到这个问题。也就是说，现实的现象世界其实只是无数逻辑上可能的世界中的一个。实际上它完全是人类按照自己特殊的生理构造选择出来的。也正是这种特定的生理构造把“自在之物”拒斥到自己的视野之外。人类要把握这种自在之物，必须根本改变自己的生理结构和时空尺度，以便把多种可能世界同时纳入自己的视野。这恐怕只有上帝才能做到。

    其次，从科学认识论方面看，人们对于微观世界的认识不可避免地带着人类认识活动的烙印。人们不可能观测到所谓微观客体的本来面目，而只能观测到微观客体同测量仪器发生相互作用的整体效应。并且观测结果是呈现为粒子还是波，还要取决于人们所设置的观测条件。具体说来，人们带着粒子的眼镜观测，客体呈现为粒子，带着波的眼镜观测，客体则呈现为波。真实存在的或许既不是粒子也不是波，而是某种不可知的“自在之物”。也就是说，人类对微观世界的认识仿佛盲人摸象，我们永远看不到大象的本来面目，而只能通过彼此的触摸建构一个适合于主体间的大象。这里自在之物虽然也不可知，然而却并不在彼岸世界。它作为现象的总和或整体构成人类认识的极限。量子力学中的测不准关系和互补原理在微观世界里深刻地揭示了这种隐藏在人类客观性科学认识深层不可消解的主体性。

    再次，从现代科学所获得的具体结论看，作为现象世界载体的“物质”在微观世界中不断地化“虚”。近代物理学把实物还原为原子，现代物理学进一步把它还原为亚原子粒子、夸克、甚至亚夸克等微观粒子，最后发现这些充当宇宙砖块的所谓微观粒子原来只不过是一些根源于数学方程式的虚构。狭义相对论以连续的场取代作为普遍基质的以太，量子场论的发展把现象世界中的实物粒子归结为空间中能量集中的区域，靴袢理论甚至把强子等实物粒子归结为与其相沟通的反应道中的束缚态。广义相对论中作为引力场载体的似乎不再是质量而变成了能量。系统科学更是强化了这种非实体化的倾向，从而使关系实在论逐渐取代实体实在论成为一种现代思潮。与此同时，现代宇宙学也在大尺度时空范围内解构了宇观天体的实体实在观。

    实在论所以要否定感性具体的物质世界，显然是因为它开始就已经发现这个世界仅仅是“人”的世界。它要超越这样一个世界寻求某种适合于所有不同生理构造和时空尺度的非人的认识，这无疑是一种典型的神目观。科学实在论把科学当成这样一种尺度，把所谓“科学的影像”看成真实的存在，也显然是忽视了科学的属人属性。从现代认识论的观点看，包括科学认识在内的人类一切思想认识，作为主客体相互作用的产物都具有属人性。甚至于连日常语言中所谓的“虚”与“实”，也都不存在任何可以脱离人的纯客观的绝对尺度。所谓客观世界中唯一能够确定的，只有由人的感觉器官所选择的这个现象世界。人类在两极世界中所获得的一切认识结论，最终都必须能够被直接或间接地还原到人的感性世界中。即使主张“科学是万物的尺度”的W.塞拉斯，也并不否认“常识的影像”的基础地位。从这种意义上讲，现象世界不仅是存在的，而且必须重新回返到常识中，把它权且看成是终极的和实在的。中世纪唯名论的思想价值正在于此。

    科学理论中不仅有根源于物质世界中的现象知识，而且具有大量根源于精神世界中的理念知识。理论实体、属性及其相互关系也是科学理论中不可抗拒的重要组成部分，是科学理论中不可缺少的内部经验基础。从唯名论的观点看，它们大都属于应当从科学中清除出去的形而上学因素，而实在论的科学观总是要把它们看成某种真实的存在。实在论关于现象世界的虚无主义思想是人类认识超越自身感觉器官的必然，它体现了人类理智发育的成熟和完善，对于人类快速高效地拓展自己的生活世界具有极为重要的指导意义。然而并非它们在这个超越的世界中所获得的任何结论都有价值。科学发展的历史表明，科学实在论在理念世界中所构筑起来的各种“实在”，远远不如唯名论在现象世界中直接感知到的那些现象更为可靠。近现代科学中所预设或承诺的理论实体、属性及其相互关系，虽说有像原子论这样一些极为成功的假说，然而更多则还是像以太和燃素这样一类失败的猜测。

    既然现象世界中的物质实体、属性及其相互关系是由人的感觉器官直接规定的实在，那么它显然是用不着分有所谓实在世界中的理念。相反，理念世界中所形成的理论实体、属性及其相互关系倒必须返回到现象世界中才能最终确定其真伪。正是近现代科学中的这样一种现实，使科学实在论Ⅱ误以为现象世界构成了科学理论的实在基础。它主张把抽象的理论实体还原为具体的物质实体，把以理论实体为载体的属性及其相互关系还原为以物质实体为载体的属性及其相互关系。而科学实在论Ⅰ坚持理念世界的实在地位，其实质上是要把精神世界中所形成的某种抽象关系客观化，把各种实体归结为这种绝对和永恒的关系，从而企图在这种关系中来俯视整个现象世界。然而无论是科学实在论Ⅰ还是科学实在论Ⅱ，都无非是来自哲学家的一厢情愿。科学史上那些一流的科学家大都坚持一种反实在论的科学观。人们所谓“牛顿不是牛顿主义者”〔4〕反映的正是这种情况。事实上，无论现象世界还是理念世界都是属人的，它们都不能构成科学理论的实在基础，只有人本身才能为科学理论提供现实的基础，尽管它也未必是实在的。只可惜在整个科学哲学研究中，它始终都没有在场。