此种分歧与危机，不仅表现在外部，即科学共同体与人文共同体之间难以交流，而且更深刻地表现在内部，即科学作为求知体系，其客观基础与主观的人文历史因素之间的张力已经表面化，而使科学的理性基础受到质疑。尽管近年来人类的技术力量呈空前的膨胀式发展，然而科学的自信，科学在学术中的尊严，却已空前低落。十八世纪诗人颇普所谓“上帝说要有牛顿，于是有了光。”的那种对科学的崇敬，十九世纪对科学文明进步的信念，以及本世纪中期以前对科学可靠基础的信心，皆已受到种种批判而发生动摇。
科学的概念更迭
虽然对基础主义的批判发韧于科学哲学家如卡尔·波帕，然而科学内部的理论概念发生重大更迭，则属先行。1905年爱因斯坦已完成狭义相对论。1915年他发表的数学理论已将相对论推广到引力加速运动。量子力学的基本完成时期约在1900至1927年之间。哥德尔定理发表于三十年代初期。诸如此类的理论所提出的新观念，已足以扰乱既有的科学秩序。
本来，就物理科学而言，新理论所更迭的只是古典的物理学概念，如：绝对时空、以太、引力即时效应、欧几里德空间普遍有效、光按直线投向空间、物体无最大限度速度，诸如此类。而且新理论并不能取代古典力学在一般领域里的应用。比如海森伯格测不准原理的方程为：
D c ·D r ³ ¾ p
其中 D c 为一电子位置测定误差，D r 为其动量测定误差，h为普朗克常数。电子位置测定越准确，则动量测定越不准确。由于直线动量为质量乘速度，故不可能同时测定电子的位置与速度。同理，亦不可能同时测定电子的能量与具有此能量的时间。然而由于普朗克常数的值极低，约为6.625×10 尔格/秒，故这个原理仅适用于原子以下的微观领域，对牛顿力学领域的计算并无实际意义。但是在哲学观念上，其意义则远不只此。传统上认为，逻辑的普遍性在于，逻辑的基本原理、公理、定理适用于一切可能世界。如果在一个领域里某基本原理已不适用，则逻辑的普遍性便已成为问题。海森伯格方程、薛定鄂方程、玻尔理论对同一律、排中律提出挑战。因而对整体与局部的关系这个概念，以及非此即彼的传统分类法，甚至对物质及其客观性，也提出质疑。而这一切又与相对论扬弃绝对时空有关。传统分类法以排中律为基础，事物非此即彼。但粒子的位置与速度不能这样简单分类。传统所谓整体包涵局部，指一实体在空间或时间上包涵之。相对论和海森伯格方程则认为，一实体处于另一实体的时空域之内，为包涵关系。玻尔认为，电子既是粒子又是波，在逻辑上矛盾，但在经验中是事实。海森伯格的测不准原理可以理解为，粒子仅有统计性的位置；但也可以理解为，仅当有人观察它的时候才有位置。相对论的质量依据在运动中的速度相对于观察者，也说明物质的形态依赖于观察者。对原子结构的认识，无论汤姆逊、卢瑟福、玻尔模型，皆是理论建构，而非原子本身。粒子是适合薛定鄂方程之物。物质的外延不清，客观性模糊。
更有兴味的是，纯数学理论也得出类似结果。非欧几里德几何的出现，使几个几何体系适用于同一人类空间经验。汉密尔敦的四元数理论证明a×b ¹ b×a。略文海姆-斯寇姆理论证明，一个公理的集合可以导出本质上不同的解释理论。哥德尔定理认为：一，在任何一个数论的形式体系中，皆有一个真公式，即不可确定性公式，其本身不可证明，其否定式亦不可证明；二，在数论的形式体系中，其一致性不可能在该体系中证明。如果推而广之，彷佛可以说，一个理论体系，求其一致则不完整，求其完整则不一致；一个理论体系的一致性只能在体系以外得到证明。也就是对矛盾律的普遍性提出质疑。亚里士多德的科学理想，便是在同一律、矛盾律、排中律和词项定义不变的基础上，根据自明的理性前提推导出知识体系。直到现代逻辑经验论亦认为，理性与直觉经验是知识的可靠保证，而理性便是逻辑性。如果逻辑性受到质疑，则作为求知可靠基础的理性便已发生动摇。
