首先，就理气观来说，多数研究者认为二程把自己的全部学说建立在“天理”这块理论基石之上，这对宋明理学具有开创性意义。针对程颢说的：“吾学虽有所受，天理二字却是自家体贴出来的。”有人认为，“天理”二字古已有之，并非二程提出；亦有人认为，问题不在谁先说出“天理”二字，问题在于使理（或天理）变成最高的哲学范畴。这一点，庄子等人不是这样，二程倒是做到了。关于二程“天理”的含义，研究者一致认为其具有本体论的哲学意义，但对天理作为宇宙本体，是否成为万物的本原而产生万物，见解则有异。一种观点认为理是最高的精神实体，是产生宇宙万物的根源。另一种观点则认为天理作为最高的、唯一的本体，并不能派生万物，因此，本体不等同于“始基”。对于“气”，多数研究者认为，“气”在二程的本体论中具有相当重要的地位，它是构成天地万物的原始材料。万物的形成和演化，都经历了由气化至形化的发展过程。在理气关系上。二程认为理不离气，理为气本和理先气后。就朱熹的理气观来说，观点较一致，均认为理、太极、道作为同一层次的范畴是朱熹哲学逻辑结构的形而上本体，它不仅是宇宙万物存在的根据，而且是人类社会最高的伦理道德原则。气则是理的“挂搭处”、“安顿处”、“附着处”。“理”是通过“气”化生万物。就理气先后而言，理气浑沦不可分，不可说先后。
其次，人性论是程朱理学的重要内容之一。对于人性论的来源，许多学者认为除了来源于《中庸》中“天命之谓性”的说法以外，还来源于告子以及张载关于“天地之性”和“气质之性”的观点。对于程颐“性即理”的命题，一些学者将其归结为“心性之学”，认为如果仅从“性理”之义上去理解“性即理”的命题的含义，就不能概括“本心即性”的意义，所以应该联系心性问题去理解“性理”之学。朱熹的人性论是二程人性论的继承和深入，张载、程颐“发明气质之性”可谓“极有功于圣门，有补于后学”。通过反复论证“人性即天理”，从这一理论出发，就得出“率性就是循天理”的结论。
再次，知行问题也是程朱理学的一个重要问题。从总体上说，二程强调重知，知先行后。有学者认为，程颐的全部知行学说，表现出极鲜明的重知的特点，知先行后便是重知的体现。另有学者则在肯定二程的知行观是以知为本，把知与行统一起来的基础上，又指出二程的知行统一观是重知说和乐行说的结合。并认为二程的知行统一观开启了后来王阳明“知行合一”说的先河。朱熹和二程一样认为知先行后，只有先知晓事物的当然之则，才能做出合乎当然之则的行为，否则，人们的道德实践就是一种缺乏理论指导的盲目行为。但先知并非达到“知至才去力行”，而是主张在具体实践中“知行互发”。就知行孰轻孰重的问题上，学者普遍认为朱熹也重视“行”，也有学者明确指出朱熹以为行重于知，他强调对封建伦理道德的“履”的重要性。
最后，程朱理学的理欲观尤其是二程的理欲观对后世影响极大。有学者指出，中国历史上的理欲之辨大致有三种情况：一是“理存乎欲”；二是“以理节欲”；三是“存理灭欲”。认为二程的理欲观是对历史上理欲之辨的总结和继承，同时又深深地烙上了时代的烙印，他们坚决反对带有唯物主义倾向的“理存乎欲”的观点，极力主张“存理灭欲”，同时也多少吸取了“以理节欲”的部分见解，形成了他们自己的特有的理欲观。这一关于二程理欲观的看法，和许多学者对朱熹理欲观的看法相近，认为朱熹“存天理，灭人欲”的观点，把“天理”和“人欲”对立起来，把封建伦理看至善至美的东西，而不许人们对之有任何异议。但也有学者提出异议，认为程朱理学的理欲观肯定饮食男女的基本欲望，他们正是在这个基础上坚决反对佛教的禁欲主义的。“存天理，灭人欲”在直接的意义上，“天理”指社会的普遍道德法则，而“人欲”并不是泛指一切感性欲望，而是指与道德法则相冲突的感性欲望，理学所要去除的“人欲”并非象现代文学过敏地理解的那样特指性欲，更不是指人的一切自然生理欲望，因此，把理学家叫做禁欲主义者是完全不恰当的。
