首先，近年来一些出土文献的发现有可能改写先秦哲学的学术谱系。
在郭店楚简中，道家文献有竹简本《老子》和《太一生水》，前者的字数只占传世本《老子》的2/5，后者为前所未见。儒家文献有《缁衣》、《五行》，以及前所未见的《性自命出》、《唐虞之道》、《穷达以时》、《六德》、《忠信之道》等。《上海博物馆藏战国楚竹书》已出四册，第一册有前所未见的《孔子诗论》和见于郭店楚简的《缁衣》、《性自命出》等，第二册有内容见于《礼记·孔子闲居》的《民之父母》和前所未见的《从政》、《子羔》、《容成氏》等，第三册有迄今发现最早的古本《周易》和前所未见的《中弓》、《恒先》、《彭祖》等，第四册有前所未见的《采风曲目》、《逸诗》、《昭王毁室》、《相邦之道》、《曹沫之陈》等。这些文献的成书年代及其与传世本的关系等问题，学术界的认识不一，而不同的认识便涉及先秦哲学的学术谱系。
如竹简本《老子》与帛书本、传世本《老子》的关系问题，学界形成几种不同的认识，这就把一直有争论的“孔老先后”问题发展到一个新的阶段。关于儒、道关系问题的新探讨，也必然涉及如何判定竹简本《老子》的性质。这些问题目前还不可能取得比较一致的意见，但近期已有多篇关于如何认识竹简本《老子》的学术综述，这反映了学界对此问题的关注，可望对这一问题的认识能有所进展。《上博简（二）》中的《民之父母》有“无声之乐，无体之礼，无服之丧”的表述，其内容见于《礼记》的《孔子闲居》，以前认为这是儒家受到道家“无”之本体论影响的结果，但《民之父母》的出现，使学者们重新考虑儒家自身的“形而上”思想。郭店楚简的几篇儒家文献，学界一般认为其成书年代在“孔孟之间”，但也有不同观点。因这些文献与孔门七十二子、子思、孟子、《礼记》等有密切的关系，所以先秦儒家的学术谱系也是学界需要解决而正在深入探讨的问题。
其次，通过出土文献的研究，对先秦思想史上的许多观念进行了新的诠释探讨。
“性与天道”的问题。此问题属儒家的“形而上”思想，传世的先秦儒家文献虽有之，但为孔子所“罕言”，一般认为至宋明理学才把这一问题突出出来。但郭店楚简中的《五行》、《性自命出》等篇，集中论述的就是“性与天道”。因此，学界对此问题在先秦儒家思想中所占有的重要地位有了新的认识。
“性与情”的关系。郭店楚简中的“性与天道”思想重视“情”，《上博简（一）》将《性自命出》改名为《性情论》。对“情”以及对“乐”之作用的重视，反映了先秦儒家思想与社会生活和人的情感的密切关系，这与宋明理学的重“性”贬“情”有着不同的思想倾向。因此，“理性与情感”遂成为先秦儒学以及宋明理学研究中的一个重要问题。
儒学与经学的关系。儒家的“六经”体系以前一般认为至汉代才形成，但郭店楚简中的《六德》和《语丛一》已将《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》并列。郭店简文中频繁地引《诗》、《书》，有的是引所谓“《古文尚书》”的内容，几篇文献与《礼记》（包括《大学》与《中庸》）有密切关系，《上博简（一）》中有前所未见的《孔子诗论》，这些都使学界更为重视对先秦儒学与经学关系的重新认识。
儒学与治道的问题。郭店简《唐虞之道》篇集中论述“禅而不传”的思想，认为君位的继承若不是“禅让”而是“传子”，则不能“化民”。《上博简（二）》中的《子羔》和《容成氏》也是主张“禅而不传”，大意是说“至于禹而德衰”，这与孟子所说禅让与传子“其义一也”以及荀子否认“禅让”说有明显的不同。因此，对于儒学的民本主义与君主制“家天下”的关系问题，学界已有新的认识。另外，郭店儒家文献强调君主自身要率先做到“忠信”，君对臣应该“忠敬”，父子关系高于君臣关系，这对于重新认识儒家的“以德治国”思想和君臣关系理论也提供了新的认识视角。
2、秦汉思想史研究
秦汉时代的思想、制度、文化转型奠定了此后两千年中国历史的格局，因此探讨秦汉思想及其历史地位颇具重要意义。近年来，由于现代新儒家的“三期发展说”略过了秦汉，遂使秦汉思想的研究处于相对比较沉寂的状态。不过，即使在新儒家内部对于秦汉思想的历史地位也有不同看法，如徐复观的《两汉思想史》便给予了两汉思想以极高的历史评价。此外，钱穆先生的西汉今古文经学的研究，特别是《刘向歆父子年谱》一书，基本上澄清了清代以来关于汉代经学的误解。近年来，在台湾关于历代经学文献的研究逐渐盛行，林庆彰曾主持编集了经学的研究资料，同时组织了多次经学讨论会。另外，近年来关于汉代思想整体的研究，台湾的龚鹏程曾撰有《汉代思潮》一书。
在大陆，关于汉代经学的研究近年来也被一些学者所重视。如陈苏镇曾就汉代春秋学与汉代政治的关系，撰有《汉代春秋学与政治》一书，着重于探讨汉代经学特别是春秋学与汉代政治格局的关系。在汉代经学系统的研究上，王葆玹成果突出，他曾出版了《西汉经学源流》一书，对西汉经学的系统和文献源流进行细密的考证研究，在此基础上又扩展为《今古文经学新论》一书，成为近年来经学研究的代表性著作。
汉代思想的显著特色是对先秦时期诸家思想的整理和综合，经学便是儒家采纳道、法、墨、阴阳等家思想，而融贯成的新的儒家思想体系。同样，在汉代同时还发生着从其他思想立场出发的综合融会工作，《淮南子》一书便是这种工作的代表，即所谓杂家。对于杂家的研究，一方面可以将其作为先秦思想的集成，而从中爬梳追溯先秦思想的材料及其在秦汉时期的变化，而另一方面则可以为我们理解汉代对先秦思想的总结和综合的整体面貌及其气度，提供经学之外的另一条路径。陈静的《淮南子》研究是汉代杂家研究的最新进展，她的新著《自由与秩序的困惑》一书填补了汉代杂家特别是《淮南子》研究的空白。
3、魏晋思想研究
魏晋玄学研究自汤用彤先生开辟以来，一直是中国哲学史学科中的一个重要方面。其与佛学之传入和中国化之关系，其与宋明道学之兴起的内在思想史逻辑，都曾是前辈学者反复致思之所在。90年代以来，魏晋玄学研究曾经出现了一次不小的研究高峰。王葆玹在90年代出版了《玄学通论》一书，将此前他对正始玄学的研究扩充到整个玄学系统的研究。最近他又计划在以前的玄学研究基础上继续扩展，完成《魏晋隋唐时期的文化与玄学》一书。2004年底，余敦康先生出版了总结其多年玄学研究成果的精心之作《魏晋玄学史》，该书兼重玄学的思想系统和历史发展，是近年来玄学研究的代表作。
4、宋元明清思想研究
宋元明清时期，据日本学者的历史分期，称之为中国的近世，或中国的前近代。唐宋文化转型后的中国是近代中国历史的基础，因此，其在思想史和社会政治史上的重要性毋庸置疑。以往这一时期的思想史研究，习惯上宋、明连续，这主要是出于将宋明理学作为一个完整而连续的系统来对待，清代思想史则被视为对宋明理学的反动。
近年来，由于对宋明思想史的研究已经大致打破了仅以宋明理学为研究对象的研究范式，因此出现了两种倾向：一是北宋思想史的地位日益重要，这意味着宋学而非仅宋明理学成为了研究宋代思想史的出发点。这种转变并不意味着理学或道学的重要性降低，而是更关注于道学兴起的历史动因及其政治文化功能。近年，余敦康著《内圣外王的贯通》、卢国龙著《宋儒微言》等，都是对宋学中几种不同话语与北宋政治的关系加以研究，基本上将宋学作为不同政治论纲的思想来看待。李存山关于范仲淹与宋代儒学复兴的研究，也是着眼于对宋学兴起的动因及对宋学整体和道学之精神实质的理解。在余英时的《朱熹的历史世界》一书在大陆出版以后，李存山发表《宋学与〈宋论〉》一文，除了对余英时把道学与宋代士大夫政治文化相联系的主要观点给予肯定之外，还对王夫之和余英时有关宋学的某些论说进行了商榷。
二是明清思想史的连续性得到了重视，钱穆和余英时的清代思想史研究着眼于清代思想与道学的内在关联，把清代的考证学取向作为道学逻辑中对“道问学”的强调来看待，以有别于明代王学的“尊德性”。鉴于宋元明清时期思想史的重要性，大陆已有学者将这一时期的思想史称之为近世思想史，如陈来即把其专论此一时期思想史的论著命名为《中国近世思想史研究》。
在宋元明清思想史研究的复杂变换之中，坚持道学研究的传统仍然是主流。陈来最近出版了研究王船山道学思想的大著《诠释与重建———王船山哲学的精神》，重新将王船山放置在宋明道学思想的谱系中来加以定位，是王船山研究的重要新成果。彭国翔的《良知学的展开》勾画了晚明心学的整体图景，是近年来晚明心学研究的重要著作。马晓英的颜钧和泰州学派研究，也填补了晚明思想史研究的空白。
5、道家和道教研究
90年代以来的道家、道教研究，具有道家与道教合流的趋势，出现了“道学”的提法。这方面的代表有胡孚琛、吴光、宫哲兵等学者。同时在道家哲学研究中出现了两种趋向：一是西方学者对道家的生态哲学关注很多，试图从道家思想中发展出一种一般的生态哲学；二是在道家、道教思想的基础上提出“新道学”，将其作为一种适应现代社会的普世性的思想系统，胡孚琛在《道学通论》等著述中对此有多种论述。关于运用“道学”或“新道学”来描述在现代社会中展开道家思想的努力是否恰当，学界仍有争论。董光璧、陈鼓应、冯达文等都主张运用“新道家”的提法。
在道教研究方面，养生学日渐受到重视。在美国的波士顿成立了养生学中心，德国慕尼黑正在筹办养生学的国际研讨会。与此相联系，内丹学研究也渐成为国际道教研究的热点，内丹学中的身心哲学问题受到国内外学者的重视，同时也出现了“身体哲学”的提法，“可思维的身体”观取消了身心之间的二元对立，而将身体视作是物质与精神的中间层次。在这些方面，中国社科院哲学所胡孚琛的研究居于国内外领先水平。
近年来，道家道教研究的一个基础工程是编修了《中华道藏》。该项目由中国道教协会、中国社科院道家道教研究中心和华夏出版社共同发起，随后又得到了国家宗教事务局的正式批复，得到了国家古籍整理小组的鼓励，被列为“十五国家重点出版规划项目”。2003年，煌煌49册的《中华道藏》终于完成。
