二十世纪中国文化史表明，儒学的危机除了社会转型必然带来的基础之改变外，主要来自于国人在功能坐标中判定儒学不能富国强兵、救亡自强，以及知识分子在启蒙思潮影响下已不再认同儒家伦理的价值。因此，二十世纪儒学的危机归根到底是文化的危机、价值信念的危机。从这个观点来看，像马一浮、熊十力、冯友兰等人的现代儒家哲学，虽然在学术和哲学层面可以看作儒家在现代文化中的存在，但马、熊、冯等未真正面对五四以来儒学的文化的危机。他们的哲学是在五四以来激进主义反孔运动的遗产未得清理的情况下，在民族危机特殊时代的氛围中产生的。而儒学的文化危机则本质上是“近代化”所带来的，只是抗战使得这一根本主题暂时淡化而已。因此新文化运动对孔教的批判哪些是合理的，哪些是不合理的，儒学及其价值传统在近代化社会文化中究竟有无意义，这些问题不解决，儒学就只能存活在少数思想家的头脑之中，不能落实在社会文化的空间与个人的精神人格，而无法改变反传统主义和反儒思潮带来的社会失序与价值混乱，这也正是我们不仅在八十年代经历而且九十年代仍然面对的儒学的困境。而这不仅是儒学的困境，也是中国文化的困境。
因此，“作为哲学的儒学”，不同于“作为文化的儒教”，前者是学术思想的存在，而后者则是社会化、制度化、世俗化的整合的文化形态。马、熊、冯及近年在大陆研究介绍较多的当代新儒家的哲学贡献相当可观，在这个意义上，“作为哲学的儒学”在二十世纪不仅不能说是衰微，反倒可以说是较为活跃的。但是这样一种儒学对社会文化的影响与宋元以来的儒学根本不能相比，这除了制度性的基础已经不同之外，主要原因是缺少“作为文化的儒教”以为基础。而由于知识分子拒绝儒家价值，民众及青年缺乏稳定的道德权威和价值信念，无法形成“刚健有为、厚德载物”的统一的国民精神，文化病症与道德危机在市场经济发展和社会转型时期变得越来越严重。
因此，拨除中国近代因习用富有岐义的“体用”概念造成的讨论上的混乱，就现代化过程中主体应当或是否需要从传统保留什么、从西方吸取什么来看，20世纪造成有关儒学的论争的最强有力的根源，可以说始终围绕在现代社会的公民道德与伦理秩序和人生理想的问题。无论佐久间象山“东洋道德西洋艺”，或张之洞“中学治身心，西学应世事”乃至前述冯友兰、贺麟的思想，都决不是一种文化情感上的对传统的怀恋，而是基于对传统道德性之普遍性格的信念及对现代化经验对道德性侵害之提防。所谓文化保守主义或道德保守主义与文化激进主义的分歧并不在要不要社会改革，要不要吸收西方近代文明。而是，文化激进主义和自由主义要求彻底摈弃传统以拥抱市场工商业、城市文明、个人主义、自由、民主、资本主义竞争性、功利主义等为内容的现代性。而所谓保守主义则始终认为科学、民主、市场经济、民主政治都不能自发产生公民道德或导致共同体的伦理秩序，不能满足人生价值的需要，并认为近代社会抑制不力的个人主义和功利主义适足以危害群体生活和社会道德。现代性是现代社会之所以不同于传统社会的要素，但实存的现代社会并不能仅靠现代性而存在。近代以来主张正面理解儒学价值呼声一致认为，现代社会中公民道德与伦理秩序的维护和贞定决不能采取反儒批孔的方式，必须守护价值传统和道德权威，从而体现为各个时期各种形式的对儒学普遍性道德价值的肯定和呼唤。这一切是在哲学层面上发展儒家哲学的社会—文化的基础。
在中国大陆，长期以来，妨碍正确理解儒学的历史价值与现代意义的力量，不仅来自于自由主义对儒学的激进否定，极左的假马克思主义在近几十年的批判儒学的运动中扮演重要角色。这种批判在批林批孔时代四人帮的提法中表现得最为典型和充分。而批林批孔时期的极左文化观在文革后并没有得到彻底清理，以至其影响在今天仍可常常看到它的表现。如果说80年代的全盘反儒思潮主要来自于以自由主义为背景的文化激进主义，而90年代中期，一个正在兴起的、小规模的批儒运动主要来自教条主义和假马克思主义。他们认为孔子学说是一个非常封建的学说，认为马克思主义与孔子的教义，无论如何是两个对立的体系，认为马克思主义和儒学的关系应该是批判性的否定关系，把儒学仅仅看成一种维护封建专制统治的地主阶级的意识形态；为了把马克思主义与中国文化对立起来，用虚幻的手法提出“如果我们天真地以为从‘国学’中可以找到立国之本或重建民族精神的支柱，而马克思主义作为外来文化可以置之一边，那么未免太迂腐了”，“不排除有人企图用‘国学’这一可疑的概念来达到摈弃社会主义新文化于中国文化之外的目的”。24 教条主义和假马克思主义无视中华民族的历史主体性，无视民族利益和民族前途，无视历史转型中的现实困难，假意识形态的威权，把赞成正确理解儒学和要求善用传统资源以对治现实问题的主张扣以“复古主义”的帽子，企图以政治化的话语打击不同的学术意见，这无疑是90年代改革开放潮流中的一种倒退的表现。同时，也可看出，在把儒学视作“农业文明”、“专制意识形态”方面，教条主义与文化激进主义是是受同一种启蒙话语所支配的。
儒学并未死亡，它在离散之后作为文化心理的传统仍不自觉地以隐性的方式存寓于文化和人的行为之中。但是也正是因为它是支离的、隐性的，其表现便不能整全和健康，当前中国世态与文化的病症悉由于此。只有在去除儒学不合时代的内容的同时，理直气壮地正面肯定其对于现代社会生活有价值的精神和原理，使之合法化地作用于国民教育和文化建设，才能重建统一的国民道德与稳健的国民精神，走向合理的现代社会。而排除政治化的干扰，克服一元化的思维方式和片面的启蒙心态，辩证地理解道德性与现代性的互动，在文化层面纠正种种对儒学的偏见，是健康发展儒学积极精神的基础与前提。
